PDB-5a9i: Crystal structure of the extracellular domain of PepT2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a9i

タイトル

Crystal structure of the extracellular domain of PepT2

要素

SOLUTE CARRIER FAMILY 15 MEMBER 2

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / PEPT2 / EXTRACELLULAR DOMAIN / MFS

機能・相同性

機能・相同性情報

high-affinity oligopeptide transmembrane transporter activity / tripeptide import across plasma membrane / dipeptide transport / peptidoglycan transport / tripeptide transmembrane transporter activity / dipeptide import across plasma membrane / oligopeptide transport / peptide:proton symporter activity / metanephric proximal tubule development / dipeptide transmembrane transporter activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.84 Å

データ登録者

Beale, J.H. / Newstead, S.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Crystal Structures of the Extracellular Domain from Pept1 and Pept2 Provide Novel Insights Into Mammalian Peptide Transport
著者: Beale, J.H. / Parker, J.L. / Samsudin, F. / Barrett, A.L. / Senan, A. / Bird, L.E. / Scott, D. / Owens, R.J. / Sanson, M.S.P. / Tucker, S.J. / Meredith, D. / Fowler, P.W. / Newstead, S.

履歴

登録	2015年7月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月21日	Group: Database references
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2019年10月9日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / reflns / reflns_shell Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf ..._exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_CC_half / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5a9i.cif.gz	239.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5a9i.ent.gz	197.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5a9i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/5a9i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/5a9i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5a9dC 5a9hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5a9h-d 1ts2-2 4pqh-2 1jqr-d 2tss-2 3omz-2 5z11-d 4gix-d 3omz-1 1ts5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SOLUTE CARRIER FAMILY 15 MEMBER 2

B: SOLUTE CARRIER FAMILY 15 MEMBER 2

C: SOLUTE CARRIER FAMILY 15 MEMBER 2

ヘテロ分子

65.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SOLUTE CARRIER FAMILY 15 MEMBER 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SOLUTE CARRIER FAMILY 15 MEMBER 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: SOLUTE CARRIER FAMILY 15 MEMBER 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.750, 95.750, 165.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.70812, -0.58968, 0.38839), (-0.59794, -0.79334, -0.11433), (0.37555, -0.15128, -0.91437)	-31.15241, 121.04666, 327.13208
2	given	(0.90784, -0.29069, -0.3022), (0.18368, -0.3722, 0.9098), (-0.37695, -0.88146, -0.2845)	100.91999, -103.9085, 284.10938

#1: タンパク質	SOLUTE CARRIER FAMILY 15 MEMBER 2 / PEPT2 / KIDNEY H(+)/PEPTIDE COTRANSPORTER / OLIGOPEPTIDE TRANSPORTER / KIDNEY ISOFORM / PEPTIDE TRANSPORTER 2 分子量: 21694.936 Da / 分子数: 3 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 410-601 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PLOU3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q63424
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	CITRATE (CIT): FROM CRYSTALLISATION CONDITION

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 64 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M (NH4)3 CITRATE PH 5.8, 21 % PEG 3350. 10 MG.ML AT 20 DEGREES CELCIUS

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.81→58 Å / Num. obs: 21317 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14 % / B_iso Wilson estimate: 86.74 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 2.81→2.96 Å / 冗長度: 10 % / R_merge(I) obs: 1.04 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / CC_1/2: 0.697 / % possible all: 69.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.5	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.84→47.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9371 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU R Cruickshank DPI: 0.733 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.76 / SU R_free Blow DPI: 0.324 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.328
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2464	1090	5.11 %	RANDOM
R_work	0.1928	-	-	-
obs	0.1954	21317	99.65 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.13 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.1653 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.1653 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.3307 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.465 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.84→47.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4545	0	32	93	4670

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	4664	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.29	6319	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1631	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		129	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		671	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		4664	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.35
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	22.23
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		616	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		4916	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.84→2.98 Å / Total num. of bins used: 11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3104	130	4.78 %
R_work	0.2394	2592	-
all	0.2426	2722	-
obs	-	-	99.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7246	0.6688	-0.6469	7.2066	1.4376	2.7721	-0.264	0.2467	0.1821	-0.5941	0.2226	0.5945	-0.3924	-0.4088	0.0414	0.0561	-0.0799	-0.1139	-0.2026	0.0308	-0.1622	-14.2431	73.9555	167.598
2	1.7297	-0.3483	-0.1728	3.2503	1.2153	5.9885	0.0435	-0.0568	0.0517	0.0445	0.0435	0.229	-0.1992	-0.7435	-0.087	0.0501	0.0374	-0.0528	-0.0556	-0.0526	-0.1271	-16.4784	61.6678	187.366
3	4.0202	0.7028	-0.0339	5.0919	1.0831	6.6162	0.1683	0.1794	0.1876	0.2801	-0.1245	0.149	0.1695	-0.5306	-0.0438	-0.0364	-0.2128	0.0611	-0.1417	-0.0635	-0.2322	-19.7601	52.0021	157.135
4	1.397	0.5931	-1.2812	4.207	1.2123	6.2271	0.3293	-0.0155	0.6055	-0.1933	-0.1189	-0.0557	-0.4992	-0.1937	-0.2103	-0.0867	-0.1546	0.1223	-0.0599	-0.0216	-0.1023	-6.4163	60.4251	140.509
5	6.7104	0.2024	0.7303	5.5051	0.8761	3.1047	0.2926	-0.094	-0.224	-0.3788	-0.3624	0.4991	0.3525	-0.4188	0.0698	0.2836	0.1872	-0.1132	-0.2836	-0.1079	-0.304	15.565	18.5843	176.472
6	4.9017	-2.5844	0.509	6.4692	3.6545	6.737	0.02	0.2965	-0.4415	-0.2031	-0.1628	-0.3238	0.0781	0.0765	0.1427	-0.1509	0.1448	-0.0556	-0.1877	-0.2076	0.1469	11.8228	40.5059	182.725

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|410 - A\|504 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|514 - A\|601 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ B\|410 - B\|504 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|514 - B\|601 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ C\|410 - C\|504 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ C\|514 - C\|601 }

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