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- PDB-5a9e: Cryo-electron tomography and subtomogram averaging of Rous-Sarcom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a9e
タイトルCryo-electron tomography and subtomogram averaging of Rous-Sarcoma- Virus deltaMBD virus-like particles
要素DELTAMBD GAG PROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / RETROVIRUS / ROUS-SARCOMA VIRUS / IMMATURE RETROVIRUS / VIRUS-LIKE-PARTICLE / CAPSID
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nucleoplasm / viral procapsid maturation / host cell nucleolus / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / viral capsid / structural constituent of virion / nucleic acid binding / aspartic-type endopeptidase activity / viral translational frameshifting / host cell plasma membrane ...host cell nucleoplasm / viral procapsid maturation / host cell nucleolus / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / viral capsid / structural constituent of virion / nucleic acid binding / aspartic-type endopeptidase activity / viral translational frameshifting / host cell plasma membrane / proteolysis / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Retroviral Gag polyprotein, M / Retroviral M domain / : / gag protein p24 N-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic ...Retroviral Gag polyprotein, M / Retroviral M domain / : / gag protein p24 N-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種ROUS SARCOMA VIRUS (ラウス肉腫ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.7 Å
データ登録者Schur, F.K.M. / Dick, R.A. / Hagen, W.J.H. / Vogt, V.M. / Briggs, J.A.G.
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2015
タイトル: The Structure of Immature Virus-Like Rous Sarcoma Virus Gag Particles Reveals a Structural Role for the p10 Domain in Assembly.
著者: Florian K M Schur / Robert A Dick / Wim J H Hagen / Volker M Vogt / John A G Briggs /
要旨: The polyprotein Gag is the primary structural component of retroviruses. Gag consists of independently folded domains connected by flexible linkers. Interactions between the conserved capsid (CA) ...The polyprotein Gag is the primary structural component of retroviruses. Gag consists of independently folded domains connected by flexible linkers. Interactions between the conserved capsid (CA) domains of Gag mediate formation of hexameric protein lattices that drive assembly of immature virus particles. Proteolytic cleavage of Gag by the viral protease (PR) is required for maturation of retroviruses from an immature form into an infectious form. Within the assembled Gag lattices of HIV-1 and Mason-Pfizer monkey virus (M-PMV), the C-terminal domain of CA adopts similar quaternary arrangements, while the N-terminal domain of CA is packed in very different manners. Here, we have used cryo-electron tomography and subtomogram averaging to study in vitro-assembled, immature virus-like Rous sarcoma virus (RSV) Gag particles and have determined the structure of CA and the surrounding regions to a resolution of ∼8 Å. We found that the C-terminal domain of RSV CA is arranged similarly to HIV-1 and M-PMV, whereas the N-terminal domain of CA adopts a novel arrangement in which the upstream p10 domain folds back into the CA lattice. In this position the cleavage site between CA and p10 appears to be inaccessible to PR. Below CA, an extended density is consistent with the presence of a six-helix bundle formed by the spacer-peptide region. We have also assessed the affect of lattice assembly on proteolytic processing by exogenous PR. The cleavage between p10 and CA is indeed inhibited in the assembled lattice, a finding consistent with structural regulation of proteolytic maturation.
IMPORTANCE: Retroviruses first assemble into immature virus particles, requiring interactions between Gag proteins that form a protein layer under the viral membrane. Subsequently, Gag is cleaved by ...IMPORTANCE: Retroviruses first assemble into immature virus particles, requiring interactions between Gag proteins that form a protein layer under the viral membrane. Subsequently, Gag is cleaved by the viral protease enzyme into separate domains, leading to rearrangement of the virus into its infectious form. It is important to understand how Gag is arranged within immature retroviruses, in order to understand how virus assembly occurs, and how maturation takes place. We used the techniques cryo-electron tomography and subtomogram averaging to obtain a detailed structural picture of the CA domains in immature assembled Rous sarcoma virus Gag particles. We found that part of Gag next to CA, called p10, folds back and interacts with CA when Gag assembles. This arrangement is different from that seen in HIV-1 and Mason-Pfizer monkey virus, illustrating further structural diversity of retroviral structures. The structure provides new information on how the virus assembles and undergoes maturation.
履歴
登録2015年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references / Derived calculations / Other
改定 1.22017年8月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_software
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: DELTAMBD GAG PROTEIN
B: DELTAMBD GAG PROTEIN
C: DELTAMBD GAG PROTEIN
D: DELTAMBD GAG PROTEIN
E: DELTAMBD GAG PROTEIN
F: DELTAMBD GAG PROTEIN
G: DELTAMBD GAG PROTEIN
H: DELTAMBD GAG PROTEIN
I: DELTAMBD GAG PROTEIN
J: DELTAMBD GAG PROTEIN
K: DELTAMBD GAG PROTEIN
L: DELTAMBD GAG PROTEIN
M: DELTAMBD GAG PROTEIN
N: DELTAMBD GAG PROTEIN
O: DELTAMBD GAG PROTEIN
P: DELTAMBD GAG PROTEIN
Q: DELTAMBD GAG PROTEIN
R: DELTAMBD GAG PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)942,71918
ポリマ－942,71918
非ポリマー00
水00
1
A: DELTAMBD GAG PROTEIN
B: DELTAMBD GAG PROTEIN
C: DELTAMBD GAG PROTEIN
D: DELTAMBD GAG PROTEIN
E: DELTAMBD GAG PROTEIN
F: DELTAMBD GAG PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)314,2406
ポリマ－314,2406
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
K: DELTAMBD GAG PROTEIN
R: DELTAMBD GAG PROTEIN

B: DELTAMBD GAG PROTEIN
C: DELTAMBD GAG PROTEIN
D: DELTAMBD GAG PROTEIN
E: DELTAMBD GAG PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)314,2406
ポリマ－314,2406
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
3
L: DELTAMBD GAG PROTEIN
M: DELTAMBD GAG PROTEIN

B: DELTAMBD GAG PROTEIN
C: DELTAMBD GAG PROTEIN
D: DELTAMBD GAG PROTEIN
E: DELTAMBD GAG PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)314,2406
ポリマ－314,2406
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
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point symmetry operation1
4
G: DELTAMBD GAG PROTEIN
N: DELTAMBD GAG PROTEIN

B: DELTAMBD GAG PROTEIN
C: DELTAMBD GAG PROTEIN
D: DELTAMBD GAG PROTEIN
E: DELTAMBD GAG PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)314,2406
ポリマ－314,2406
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
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point symmetry operation1
5
H: DELTAMBD GAG PROTEIN
O: DELTAMBD GAG PROTEIN

B: DELTAMBD GAG PROTEIN
C: DELTAMBD GAG PROTEIN
D: DELTAMBD GAG PROTEIN
E: DELTAMBD GAG PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)314,2406
ポリマ－314,2406
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
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point symmetry operation1
6
I: DELTAMBD GAG PROTEIN
P: DELTAMBD GAG PROTEIN

B: DELTAMBD GAG PROTEIN
C: DELTAMBD GAG PROTEIN
D: DELTAMBD GAG PROTEIN
E: DELTAMBD GAG PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)314,2406
ポリマ－314,2406
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
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7
J: DELTAMBD GAG PROTEIN
Q: DELTAMBD GAG PROTEIN

B: DELTAMBD GAG PROTEIN
C: DELTAMBD GAG PROTEIN
D: DELTAMBD GAG PROTEIN
E: DELTAMBD GAG PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)314,2406
ポリマ－314,2406
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1

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要素

#1: タンパク質
DELTAMBD GAG PROTEIN


分子量: 52373.262 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ROUS SARCOMA VIRUS (ラウス肉腫ウイルス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03322

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 電子線トモグラフィー法

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試料調製

構成要素名称: IMMATURE ROUS-SARCOMA VIRUS GAG PARTICLES / タイプ: VIRUS
緩衝液名称: MES PH6.5, 100MM NACL, 2UM ZNCL2, 2MM TCEP / pH: 6.5 / 詳細: MES PH6.5, 100MM NACL, 2UM ZNCL2, 2MM TCEP
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE
詳細: DEGASSED C-FLAT 2 2-3C GRIDS WERE GLOW DISCHARGED FOR 30 SECONDS AT 20 MA. VIRUS SOLUTION WAS DILUTED IN OBS CONTAINING 10NM COLLOIDAL GOLD. 2.5UL OF THIS MIXTURE WAS APPLIED TO A GRID. BLOTTING TIME 2.5 SECONDS.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年9月10日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ傾斜角・最大: 45 ° / 傾斜角・最小: -45 °
撮影電子線照射量: 34 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN MULTISCAN
画像スキャンデジタル画像の数: 31
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1MDFFモデルフィッティング
2UCSF Chimeraモデルフィッティング
3VMDモデルフィッティング
4AV3３次元再構成
5Dynamo３次元再構成
6IMOD３次元再構成
7TOM Toolbox３次元再構成
CTF補正詳細: PHASE-FLIPPING OF INDIVIDUAL MICROGRAPHS
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成手法: CROSS-CORRELATION / 解像度: 7.7 Å / 粒子像の数: 8375 / ピクセルサイズ（公称値）: 2.07 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 2.07 Å
詳細: RECONSTRUCTION CARRIED OUT USING SUBTOMOGRAM AVERAGING. SUBTOMOGRAM AVERAGING WAS PERFORMED USING SCRIPTS DERIVED FROM THE AV3 (FOERSTER, ET AL) TOM (NICKELL, ET AL) AND DYNAMO (CASTANO-DIEZ, ...詳細: RECONSTRUCTION CARRIED OUT USING SUBTOMOGRAM AVERAGING. SUBTOMOGRAM AVERAGING WAS PERFORMED USING SCRIPTS DERIVED FROM THE AV3 (FOERSTER, ET AL) TOM (NICKELL, ET AL) AND DYNAMO (CASTANO-DIEZ, ET AL) PACKAGES. STRUCTURES FOR P10 AND CA-NTD (PDB 1P7N) AND CA-CTD (PDB 3G1I, ONE MONOMER) WERE RIGID BODY DOCKED INTO THE EM-MAP USING THE FIT-IN-MAP OPTION IN CHIMERA. REDUNDANT RESIDUES OF THE ANTIPARALLEL DIMER OF PDB 1P7N WERE REMOVED. MISSING RESIDUES IN THE HELIX 7-HELIX 8 LINKER REGION OF CA, THE CONNECTION LOOP BETWEEN P10 AND CA-NTD AND RESIDUES UPSTREAM OF THE HELIX IN P10 WERE MANUALLY MODELED USING COOT. THE FIT WAS FURTHER REFINED USING MOLECULAR DYNAMICS FLEXIBLE FITTING. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3101. (DEPOSITION ID: 13603).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--MOLECULAR DYNAMICS FLEXIBLE FITTING
精密化最高解像度: 7.7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 7.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17406 0 0 0 17406

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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