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- PDB-5a7e: Crystallographic Structural Determination of a Trigonal Laccase f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a7e
タイトルCrystallographic Structural Determination of a Trigonal Laccase from Coriolopsis Gallica (CgL) to 1.5 A resolution
要素CORIOLOPSIS GALLICA LACCASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / CATALYTIC DOMAIN / LACCASE / MODELS / MOLECULAR / OXIDATION-REDUCTION / PROTEIN CONFORMATION
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity / laccase / copper ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins ...Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / COPPER (II) ION / laccase
類似検索 - 構成要素
生物種CORIOLOPSIS GALLICA (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Ruiz-Arellano, R.R. / Diaz, A. / Ayala, M. / De la Mora, E. / Rudino-Pinera, E.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Metal Site Delocalization Observed in a Model Multicopper Oxidase: An Insight Into Water Release Mechanism
著者: De la Mora, E. / Morales, N. / Rodriguez-Almazan, G. / Ruiz-Arellano, R.R. / Rudino-Pinira, E.
履歴
登録2015年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id / _struct_sheet.id / _struct_sheet_order.sheet_id / _struct_sheet_range.sheet_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02021年4月28日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 3.12022年12月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_entity_branch_descriptor
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 4.02023年1月18日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id ..._atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id
改定 4.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 4.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CORIOLOPSIS GALLICA LACCASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0599
ポリマ－52,9061
非ポリマー2,1538
水10,467581
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.742, 56.406, 59.173
Angle α, β, γ (deg.)75.67, 73.03, 76.49
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CORIOLOPSIS GALLICA LACCASE


分子量: 52906.469 Da / 分子数: 1 / 断片: 22-517 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) CORIOLOPSIS GALLICA (菌類) / 株: LAC1 / 参照: UniProt: Q1W6B1

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糖 , 3種, 3分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(4-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(4-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb4-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+4)][b-D-Galp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(3-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(3-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa3-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(3+3)][b-D-Allp]{}[(6+1)][b-D-Glcp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-2DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5]/1-1/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 586分子

#5: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 581 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.29 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 0.17 M AMMONIUM SULPHATE, 25.5% PEG 8000, 15% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.18076
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.18076 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→43.08 Å / Num. obs: 81678 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): 1.97 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 15.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2A2G

2a2g


解像度: 1.5→43.082 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 17.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1829 4051 5 %
Rwork0.1634 --
obs0.1643 81678 94.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0973 Å20.8035 Å20.8644 Å2
2---0.0242 Å21 Å2
3---0.1215 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→43.082 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3735 0 131 581 4447
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0294198
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.0255809
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5971429
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.158672
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013775
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.51770.23321290.22652666X-RAY DIFFRACTION91
1.5177-1.53620.2541380.22052557X-RAY DIFFRACTION92
1.5362-1.55560.20791470.22172620X-RAY DIFFRACTION92
1.5556-1.57610.23521460.20382644X-RAY DIFFRACTION93
1.5761-1.59770.21731470.20662575X-RAY DIFFRACTION92
1.5977-1.62050.2191330.20012621X-RAY DIFFRACTION93
1.6205-1.64470.21751430.20412630X-RAY DIFFRACTION92
1.6447-1.67040.23071360.19442624X-RAY DIFFRACTION94
1.6704-1.69780.22941440.19312675X-RAY DIFFRACTION93
1.6978-1.72710.20121280.19192662X-RAY DIFFRACTION94
1.7271-1.75850.19681610.18392679X-RAY DIFFRACTION94
1.7585-1.79230.17691260.18562600X-RAY DIFFRACTION93
1.7923-1.82890.22781500.18542700X-RAY DIFFRACTION95
1.8289-1.86860.20151540.18822642X-RAY DIFFRACTION94
1.8686-1.91210.17431550.18092650X-RAY DIFFRACTION93
1.9121-1.95990.21961220.18322652X-RAY DIFFRACTION94
1.9599-2.01290.18841160.1732714X-RAY DIFFRACTION95
2.0129-2.07210.18941420.17732720X-RAY DIFFRACTION95
2.0721-2.1390.1921230.1822689X-RAY DIFFRACTION95
2.139-2.21550.18721440.17052742X-RAY DIFFRACTION96
2.2155-2.30420.17741400.17022696X-RAY DIFFRACTION96
2.3042-2.4090.1941470.16462759X-RAY DIFFRACTION96
2.409-2.5360.19491640.172739X-RAY DIFFRACTION97
2.536-2.69490.19851240.16792740X-RAY DIFFRACTION96
2.6949-2.90290.17831430.16452720X-RAY DIFFRACTION97
2.9029-3.1950.15471440.14912757X-RAY DIFFRACTION97
3.195-3.65710.14731410.14182757X-RAY DIFFRACTION97
3.6571-4.60670.14771360.11892763X-RAY DIFFRACTION97
4.6067-43.09970.17351280.13732634X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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