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万見
- PDB-5a60: Crystal structure of full-length E. coli ygiF in complex with tri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a60
タイトルCrystal structure of full-length E. coli ygiF in complex with tripolyphosphate and two magnesium ions
要素INORGANIC TRIPHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / INORGANIC POLYPHOSPHATE / TRIPOLYPHOSPHATE / TRIPHOSPHATE TUNNEL METALLOENZYMES
機能・相同性
機能・相同性情報


triphosphatase / inorganic triphosphate phosphatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Inorganic triphosphatase YgiF / CHAD domain / CHAD domain profile. / CYTH / CYTH domain / CYTH domain / CYTH domain profile. / CYTH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIPHOSPHATE / Inorganic triphosphatase / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Martinez, J. / Truffault, V. / Hothorn, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Determinants for Substrate Binding and Catalysis in Triphosphate Tunnel Metalloenzymes.
著者: Martinez, J. / Truffault, V. / Hothorn, M.
履歴
登録2015年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 1.22015年10月7日Group: Database references
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Other / Refinement description / カテゴリ: pdbx_database_status / software / Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INORGANIC TRIPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0696
ポリマ－48,6381
非ポリマー4315
水5,206289
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.924, 89.924, 125.577
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 INORGANIC TRIPHOSPHATASE


分子量: 48638.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / プラスミド: PETM11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL
参照: UniProt: V8FJJ2, UniProt: P30871*PLUS, triphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-3PO / TRIPHOSPHATE / 三りん酸 / Polyphosphate


分子量: 257.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H5O10P3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.18 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20% PEG 3,350, 0.2 M NACL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00001
検出器タイプ: DECTRIS HYBRID PHOTON / 日付: 2014年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→48.88 Å / Num. obs: 50673 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.91
反射 シェル解像度: 1.82→1.93 Å / 冗長度: 9.06 % / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
RESOLVE位相決定
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.82→48.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 6.625 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18948 2518 5 %RANDOM
Rwork0.15053 ---
obs0.15253 47520 97.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.658 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å2-0.28 Å20 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3---1.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→48.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3385 0 23 289 3697
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0193496
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023334
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1491.9544752
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8737640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.425432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.3624.059170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.3415580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4381526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213986
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02820
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0764.841722
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0774.8381721
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2487.2592153
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7925.3351774
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.19336830
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free34.338574
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded18.98356974
LS精密化 シェル解像度: 1.823→1.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 186 -
Rwork0.381 3314 -
obs--92.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7467-0.18850.5350.45040.1760.62360.055-0.0519-0.02880.0009-0.0158-0.01650.0517-0.0612-0.03920.0729-0.01280.00140.07250.01940.006820.677747.724575.4268
20.37020.0735-0.00720.04060.11360.5224-0.00450.05460.04130.00170.02280.00440.030.0173-0.01840.0692-0.00750.00720.06660.00330.0332.271659.943765.9808
30.41110.1809-0.17931.8476-0.7490.34120.0060.00480.01020.02-0.0243-0.07390.0059-0.00210.01820.0575-0.001-0.00070.0704-0.00080.017637.944351.50576.0587
41.34810.3256-0.58530.0836-0.11120.48330.0009-0.04150.1615-0.00080.01340.04170.0080.0896-0.01430.03820.0020.00070.0507-0.00880.041643.995165.903866.3039
50.1525-0.0426-0.0320.0987-0.03140.1519-0.0052-0.00310.02940.00780.00560.0143-0.0068-0.0051-0.00040.06550.0013-0.00080.0658-0.00110.019724.869351.646474.1479
60.05510.05060.02850.04660.02620.015-0.00340.00230.0076-0.00330.00010.00730.00230.00090.00330.06820.0010.00170.0680.00010.019736.490237.262171.2265
70.1080.01660.12910.05480.00690.196-0.0015-0.0154-0.00770.00160.0010.00360.0063-0.01620.00050.06670.00070.00160.0676-0.00010.018133.98429.542784.0136
80.0212-0.01290.04740.07250.01510.16180.0033-0.0039-0.0006-0.0083-0.0058-0.00770.00430.0050.00250.0689-0.0009-0.00020.0652-0.00030.018450.763616.765574.44
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2A29 - 67
3X-RAY DIFFRACTION3A68 - 84
4X-RAY DIFFRACTION4A85 - 117
5X-RAY DIFFRACTION5A118 - 176
6X-RAY DIFFRACTION6A177 - 251
7X-RAY DIFFRACTION7A252 - 337
8X-RAY DIFFRACTION8A338 - 428

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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