PDB-5a60: Crystal structure of full-length E. coli ygiF in complex with tri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a60

タイトル

Crystal structure of full-length E. coli ygiF in complex with tripolyphosphate and two magnesium ions

要素

INORGANIC TRIPHOSPHATASE

キーワード

HYDROLASE / INORGANIC POLYPHOSPHATE / TRIPOLYPHOSPHATE / TRIPHOSPHATE TUNNEL METALLOENZYMES

機能・相同性

機能・相同性情報

triphosphatase / inorganic triphosphate phosphatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Martinez, J. / Truffault, V. / Hothorn, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Determinants for Substrate Binding and Catalysis in Triphosphate Tunnel Metalloenzymes.
著者: Martinez, J. / Truffault, V. / Hothorn, M.

履歴

登録	2015年6月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月12日	Group: Database references
改定 1.2	2015年10月7日	Group: Database references
改定 1.3	2019年11月6日	Group: Data collection / Other / Refinement description / カテゴリ: pdbx_database_status / software / Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5a60.cif.gz	198.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5a60.ent.gz	158.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5a60.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5a60_validation.pdf.gz	833.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5a60_full_validation.pdf.gz	834.1 KB	表示
XML形式データ	5a60_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	5a60_validation.cif.gz	28.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/5a60 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/5a60	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5a5yC 5a61C 5a64C 5a65C 5a66C 5a67C 5a68C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3rwd-2 3rwc-2 6uj8-1 4g9d-d 3mgt-4 4nqv-5 2x4p-1 2nw3-d 3v5k-1 4d0d-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1)

登録構造単位

A: INORGANIC TRIPHOSPHATASE

ヘテロ分子

49.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.924, 89.924, 125.577
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	INORGANIC TRIPHOSPHATASE 分子量: 48638.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / プラスミド: PETM11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL 参照: UniProt: V8FJJ2, UniProt: P30871*PLUS, triphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-3PO / TRIPHOSPHATE / 三りん酸分子量: 257.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₅O₁₀P₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.18 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 20% PEG 3,350, 0.2 M NACL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00001
検出器	タイプ: DECTRIS HYBRID PHOTON / 日付: 2014年3月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→48.88 Å / Num. obs: 50673 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.91
反射シェル	解像度: 1.82→1.93 Å / 冗長度: 9.06 % / R_merge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0107	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
SHELXD		位相決定
SHARP		位相決定
RESOLVE		位相決定
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.82→48.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 6.625 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18948	2518	5 %	RANDOM
R_work	0.15053	-	-	-
obs	0.15253	47520	97.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.658 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.56 Å²	-0.28 Å²	0 Å²
2-	-	-0.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.82→48.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3385	0	23	289	3697

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	3496
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3334
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.149	1.954	4752
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.87	3	7640
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.42	5	432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.36	24.059	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.34	15	580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.438	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	525
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	3986
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	820
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.076	4.84	1722
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.077	4.838	1721
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.248	7.259	2153
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.792	5.335	1774
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.193	3	6830
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	34.338	5	74
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	18.983	5	6974

LS精密化シェル

解像度: 1.823→1.87 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.39	186	-
R_work	0.381	3314	-
obs	-	-	92.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7467	-0.1885	0.535	0.4504	0.176	0.6236	0.055	-0.0519	-0.0288	0.0009	-0.0158	-0.0165	0.0517	-0.0612	-0.0392	0.0729	-0.0128	0.0014	0.0725	0.0194	0.0068	20.6777	47.7245	75.4268
2	0.3702	0.0735	-0.0072	0.0406	0.1136	0.5224	-0.0045	0.0546	0.0413	0.0017	0.0228	0.0044	0.03	0.0173	-0.0184	0.0692	-0.0075	0.0072	0.0666	0.0033	0.03	32.2716	59.9437	65.9808
3	0.4111	0.1809	-0.1793	1.8476	-0.749	0.3412	0.006	0.0048	0.0102	0.02	-0.0243	-0.0739	0.0059	-0.0021	0.0182	0.0575	-0.001	-0.0007	0.0704	-0.0008	0.0176	37.9443	51.505	76.0587
4	1.3481	0.3256	-0.5853	0.0836	-0.1112	0.4833	0.0009	-0.0415	0.1615	-0.0008	0.0134	0.0417	0.008	0.0896	-0.0143	0.0382	0.002	0.0007	0.0507	-0.0088	0.0416	43.9951	65.9038	66.3039
5	0.1525	-0.0426	-0.032	0.0987	-0.0314	0.1519	-0.0052	-0.0031	0.0294	0.0078	0.0056	0.0143	-0.0068	-0.0051	-0.0004	0.0655	0.0013	-0.0008	0.0658	-0.0011	0.0197	24.8693	51.6464	74.1479
6	0.0551	0.0506	0.0285	0.0466	0.0262	0.015	-0.0034	0.0023	0.0076	-0.0033	0.0001	0.0073	0.0023	0.0009	0.0033	0.0682	0.001	0.0017	0.068	0.0001	0.0197	36.4902	37.2621	71.2265
7	0.108	0.0166	0.1291	0.0548	0.0069	0.196	-0.0015	-0.0154	-0.0077	0.0016	0.001	0.0036	0.0063	-0.0162	0.0005	0.0667	0.0007	0.0016	0.0676	-0.0001	0.0181	33.984	29.5427	84.0136
8	0.0212	-0.0129	0.0474	0.0725	0.0151	0.1618	0.0033	-0.0039	-0.0006	-0.0083	-0.0058	-0.0077	0.0043	0.005	0.0025	0.0689	-0.0009	-0.0002	0.0652	-0.0003	0.0184	50.7636	16.7655	74.44

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 28
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	29 - 67
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	68 - 84
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	85 - 117
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	118 - 176
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	177 - 251
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	252 - 337
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	338 - 428

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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