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- PDB-5a5l: Structure of dual function FBPase SBPase from Thermosynechococcus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a5l
タイトルStructure of dual function FBPase SBPase from Thermosynechococcus elongatus
要素D-FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATASE CLASS 2/SEDOHEPTULOSE 1,7-BISPHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE / CALVIN CYCLE / CYANOBACTERIA / PHOSPHATASE
機能・相同性
機能・相同性情報


sedoheptulose-bisphosphatase / sedoheptulose-bisphosphatase activity / glycerol metabolic process / reductive pentose-phosphate cycle / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / gluconeogenesis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #90 / Fructose-1,6-bisphosphatase class 2/Sedoheputulose-1,7-bisphosphatase / Bacterial fructose-1,6-bisphosphatase, glpX-encoded / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 7-O-phosphono-alpha-L-galacto-hept-2-ulopyranose / D-fructose 1,6-bisphosphatase class 2/sedoheptulose 1,7-bisphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Cotton, C.A.R. / Kabasakal, B. / Miah, N. / Murray, J.W.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structure of the Dual-Function Fructose-1,6/Sedoheptulose-1, 7-Bisphosphatase from Thermosynechococcus Elongatus Bound with Sedoheptulose-7-Phosphate.
著者: Cotton, C.A.R. / Kabasakal, B. / Miah, N. / Murray, J.W.
履歴
登録2015年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Database references
改定 2.02018年11月21日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 2.12020年7月29日Group: Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATASE CLASS 2/SEDOHEPTULOSE 1,7-BISPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9206
ポリマ－39,4621
非ポリマー4585
水1,33374
1
A: D-FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATASE CLASS 2/SEDOHEPTULOSE 1,7-BISPHOSPHATASE
ヘテロ分子

A: D-FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATASE CLASS 2/SEDOHEPTULOSE 1,7-BISPHOSPHATASE
ヘテロ分子

A: D-FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATASE CLASS 2/SEDOHEPTULOSE 1,7-BISPHOSPHATASE
ヘテロ分子

A: D-FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATASE CLASS 2/SEDOHEPTULOSE 1,7-BISPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,68124
ポリマ－157,8494
非ポリマー1,83220
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
crystal symmetry operation15_556y,x,-z+11
Buried area11250 Å2
ΔGint-138.8 kcal/mol
Surface area49170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.090, 143.090, 76.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 D-FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATASE CLASS 2/SEDOHEPTULOSE 1,7-BISPHOSPHATASE / FBPASE CLASS 2/SBPASE / DUAL FUNCTION SBPASE FBPASE


分子量: 39462.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRX
参照: UniProt: Q8DJE9, sedoheptulose-bisphosphatase, fructose-bisphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 糖 ChemComp-VTB / 7-O-phosphono-alpha-L-galacto-hept-2-ulopyranose / [(2~{S},3~{S},4~{R},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate / 7-O-phosphono-alpha-L-galacto-hept-2-ulose / 7-O-phosphono-L-galacto-hept-2-ulose / 7-O-phosphono-galacto-hept-2-ulose


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 290.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15O10P
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.06 M NAHEPES (PH 7.5), 0.12 M MGCL2, 27% V/V PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→67.42 Å / Num. obs: 17040 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.51 % / Biso Wilson estimate: 51.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 9.96
反射 シェル解像度: 2.34→2.4 Å / 冗長度: 8.52 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2R8T

2r8t


解像度: 2.34→67.416 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2243 862 5.1 %
Rwork0.1657 --
obs0.1685 17028 99.88 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→67.416 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2537 0 26 74 2637
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072595
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0543504
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.875973
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045398
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004460
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.34-2.48670.28951510.20622645X-RAY DIFFRACTION100
2.4867-2.67870.26651400.19452633X-RAY DIFFRACTION100
2.6787-2.94820.26341530.19272676X-RAY DIFFRACTION100
2.9482-3.37480.28271410.18562677X-RAY DIFFRACTION100
3.3748-4.25180.17711440.1592702X-RAY DIFFRACTION100
4.2518-67.44360.21131330.14712833X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.02360.01692.32623.787-0.67934.03390.111-0.1175-0.32380.2142-0.06050.00530.0869-0.0892-0.03840.3764-0.01350.04180.2549-0.01060.4183-6.043-25.850442.6187
22.43461.20051.51683.76432.63926.7753-0.2028-0.2864-1.71860.4720.31140.2470.84980.6185-0.24410.610.02170.05280.4494-0.01120.7614-4.5795-38.786134.2187
35.4641-5.3721.7335.3176-1.25926.03770.3046-0.1413-1.3898-0.2128-0.17410.82951.143-0.4271-0.19920.7017-0.08070.07260.3409-0.03230.5697-9.4383-37.540438.2171
41.2237-2.64542.31136.4097-6.77618.8999-0.3889-0.5309-2.88481.31630.0679-1.29950.1656-0.54110.48510.7131-0.20880.14860.9140.28371.8061-25.6342-37.804940.1721
57.04434.53285.03854.73491.54365.2499-0.214-0.1073-0.1894-0.25640.17380.1262-0.029-0.05220.02750.33590.03660.02740.3105-0.09310.4569-4.9334-27.590233.8416
64.25850.87480.28922.3481-0.41272.5142-0.21870.57860.0586-0.48510.0684-0.116-0.02720.3980.1580.4367-0.08740.02310.4851-0.05250.319710.9351-20.815621.1933
76.395-0.17525.10195.058-1.11344.20880.02330.5364-1.06630.38140.06-0.3351.01140.17-0.0841.00750.03570.25740.6501-0.23250.839913.5451-43.805224.5136
85.5768-0.9616-2.30944.07481.53387.2978-0.16271.3711-0.7778-0.8016-0.18240.19730.01910.16480.31990.5735-0.1357-0.06510.6211-0.1970.5751-1.0762-33.35917.0107
99.16273.12046.53827.33371.36074.785-0.49830.62290.4333-0.02450.3366-0.0915-0.76930.45020.33230.3563-0.06240.0010.4105-0.02690.43910.3168-15.832737.4137
108.41730.89484.72462.8789-1.14739.01250.16770.00450.24780.17470.0762-0.1289-0.36810.4217-0.31120.27890.01330.03310.2362-0.02630.4235-7.346-13.441740.8952
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 0:49)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 50:62)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 63:76)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 77:83)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 84:125)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 126:253)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 254:269)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 270:290)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 291:308)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 309:337)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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