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万見
- PDB-5a4g: NMR structure of a 180 residue construct encompassing the N-termi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a4g
タイトルNMR structure of a 180 residue construct encompassing the N-terminal metal-binding site and the membrane proximal domain of SilB from Cupriavidus metallidurans CH34
要素SILB, SILVER EFFLUX PROTEIN, MFP COMPONENT OF THE THREE COMPONENTS PROTON ANTIPORTER METAL EFFLUX SYSTEM
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / MEMBRANE FUSION PROTEIN / METAL SITE / SILVER / RESISTANCE NODULATION CELL DIVISION / RND
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane copper ion transport / copper ion export / transition metal ion binding / transmembrane transporter activity / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane
類似検索 - 分子機能
Copper binding periplasmic protein CusF / Copper binding periplasmic protein CusF / Copper binding periplasmic protein CusF superfamily / : / Heavy metal binding domain / Heavy metal binding domain / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion
類似検索 - ドメイン・相同性
SILVER ION / Silver efflux protein
類似検索 - 構成要素
生物種CUPRIAVIDUS METALLIDURANS (バクテリア)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Bersch, B. / Urbina Fernandez, P. / Vandenbussche, G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Structural and Functional Investigation of the Ag+/Cu+-Binding Domains of the Periplasmic Adaptor Protein Silb from Cupriavidus Metallidurans Ch34.
著者: Urbina, P. / Bersch, B. / De Angelis, F. / Derfoufi, K. / Prevost, M. / Goormaghtigh, E. / Vandenbussche, G.
履歴
登録2015年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 2.02019年10月23日Group: Atomic model / Data collection / Other
カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status ...atom_site / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.12023年6月14日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SILB, SILVER EFFLUX PROTEIN, MFP COMPONENT OF THE THREE COMPONENTS PROTON ANTIPORTER METAL EFFLUX SYSTEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1752
ポリマ－19,0681
非ポリマー1081
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1000TOTAL ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 SILB, SILVER EFFLUX PROTEIN, MFP COMPONENT OF THE THREE COMPONENTS PROTON ANTIPORTER METAL EFFLUX SYSTEM / AG_SILBNM2


分子量: 19067.613 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 36-123,344-426 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE CONSTRUCT IS NUMBERED 1-180,1 BEING THE N-TERMINAL METHIONINE. THE TWO PARTS OF THE MEMBRANE PROXIMAL DOMAIN ARE LINKED BY GS LOOP (RESIDUES 90 AND 91, CONSTRUCT NUMBERING)
由来: (組換発現) CUPRIAVIDUS METALLIDURANS (バクテリア)
株: CH34 / プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58AF3
#2: 化合物 ChemComp-AG / SILVER ION


分子量: 107.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag
配列の詳細CONSTRUCT RESIDUES 2-89 CORRESPOND TO Q58AF3 36-123, RESIDUES 92-174 CORRESPOND TO Q58AF3 344-426

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11113C EDITED NOESY
121CNOESY- ATNOS
23113C EDITED NOESY
241AROMNOESY-ATNOS (CENTERED ON AROMATIC CARBONS)
351EXPT 13
361NNOESY ATNOS
NMR実験の詳細Text: STRUCTURES CREATED BY ARIA2, WATER REFINEMENT.

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試料調製

詳細内容: 90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
106.31.0 atm298.0 K
206.31.0 atm298.0 K
306.31.0 atm298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8501
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8502
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
CNS1.1構造決定
NMRDrawANY構造決定
NMRPipeANY構造決定
CcpNmr Analysis2.3構造決定
CcpNmr Analysis2.4構造決定
NMRViewANY構造決定
CYANAANY構造決定
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: WATER REFINEMENT
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: TOTAL ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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