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万見
- PDB-5a43: Crystal structure of a dual topology fluoride ion channel. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a43
タイトルCrystal structure of a dual topology fluoride ion channel.
要素
  • MONOBODIES
  • PUTATIVE FLUORIDE ION TRANSPORTER CRCB
キーワードTRANSPORT PROTEIN / FLUORIDE ION CHANNEL / FLUC / EC2
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic anion transmembrane transporter activity / plasma membrane => GO:0005886
類似検索 - 分子機能
Putative fluoride ion transporter CrcB / CrcB-like protein, Camphor Resistance (CrcB) / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLUORIDE ION / Putative fluoride ion transporter CrcB
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI S88 (大腸菌)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Stockbridge, R.B. / Kolmakova-Partensky, L. / Shane, T. / Koide, A. / Koide, S. / Miller, C. / Newstead, S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Crystal Structures of a Double-Barrelled Fluoride Ion Channel.
著者: Stockbridge, R.B. / Kolmakova-Partensky, L. / Shane, T. / Koide, A. / Koide, S. / Miller, C. / Newstead, S.
履歴
登録2015年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Database references
改定 1.22015年9月30日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE FLUORIDE ION TRANSPORTER CRCB
B: PUTATIVE FLUORIDE ION TRANSPORTER CRCB
C: MONOBODIES
D: MONOBODIES
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,96510
ポリマ－48,4574
非ポリマー1,5096
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8700 Å2
ΔGint-64.5 kcal/mol
Surface area19720 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8880 Å2
ΔGint-76.7 kcal/mol
Surface area19670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.420, 87.420, 146.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.7758, -0.149, -0.6131), (-0.139, -0.9075, 0.3964), (-0.6155, 0.3928, 0.6833)-69.8175, -8.0785, -23.6188
2given(-0.7406, -0.1919, -0.644), (-0.1332, -0.8974, 0.4206), (-0.6587, 0.3973, 0.639)-67.4627, -8.382, -24.397

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 PUTATIVE FLUORIDE ION TRANSPORTER CRCB / FLUORIDE CHANNEL


分子量: 13863.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI S88 (大腸菌) / Variant: O45\:K1 / プラスミド: PASK-IBA2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B7LI20
#2: タンパク質 MONOBODIES


分子量: 10365.372 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHFT2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

-
糖 , 1種, 3分子

#4: 糖 ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 3種, 22分子

#3: 化合物 ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド


分子量: 18.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: F
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 79 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6 / 詳細: 29% PEG550 MME, 50 MM LINO3, 100 MM ADA PH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→25 Å / Num. obs: 34593 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 62.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.58→24.246 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2642 1796 5.2 %
Rwork0.2235 --
obs0.2258 34583 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→24.246 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3368 0 94 19 3481
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013552
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4464867
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8491337
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051588
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007564
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.58-2.64970.44121350.39182506X-RAY DIFFRACTION100
2.6497-2.72760.37641220.33882532X-RAY DIFFRACTION100
2.7276-2.81550.36451450.29262534X-RAY DIFFRACTION100
2.8155-2.91590.3081440.28052511X-RAY DIFFRACTION100
2.9159-3.03250.30641010.25592522X-RAY DIFFRACTION100
3.0325-3.17020.28581370.23342508X-RAY DIFFRACTION100
3.1702-3.3370.24451350.2282529X-RAY DIFFRACTION100
3.337-3.54540.26951340.22582528X-RAY DIFFRACTION100
3.5454-3.81820.25211530.20992506X-RAY DIFFRACTION100
3.8182-4.20070.25631610.19812495X-RAY DIFFRACTION100
4.2007-4.80440.19071510.1752524X-RAY DIFFRACTION100
4.8044-6.03750.22081340.2082529X-RAY DIFFRACTION100
6.0375-24.2470.29561440.22732563X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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