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万見
- PDB-5a3f: Crystal structure of the dynamin tetramer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a3f
タイトルCrystal structure of the dynamin tetramer
要素DYNAMIN 3
キーワードENDOCYTOSIS / MEMBRANE REMODELING / GTPASE
機能・相同性
機能・相同性情報


type 1 metabotropic glutamate receptor binding / basal tubulobulbar complex / postsynaptic endocytic zone membrane / apical tubulobulbar complex / positive regulation of synaptic vesicle recycling / structural constituent of postsynapse / negative regulation of dendritic spine morphogenesis / dynamin GTPase / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade ...type 1 metabotropic glutamate receptor binding / basal tubulobulbar complex / postsynaptic endocytic zone membrane / apical tubulobulbar complex / positive regulation of synaptic vesicle recycling / structural constituent of postsynapse / negative regulation of dendritic spine morphogenesis / dynamin GTPase / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Retrograde neurotrophin signalling / filopodium assembly / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / positive regulation of filopodium assembly / dendritic spine head / nitric-oxide synthase binding / Recycling pathway of L1 / synaptic vesicle endocytosis / synaptic cleft / protein serine/threonine kinase binding / synapse assembly / MHC class II antigen presentation / receptor internalization / endocytosis / presynapse / Clathrin-mediated endocytosis / microtubule binding / microtubule / dendritic spine / postsynaptic density / axon / GTPase activity / glutamatergic synapse / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dynamin, middle domain / Dynamin GTPase effector / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin, GTPase region, conserved site / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Dynamin stalk domain / Dynamin central region / GTPase effector domain / GED domain profile. ...Dynamin, middle domain / Dynamin GTPase effector / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin, GTPase region, conserved site / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Dynamin stalk domain / Dynamin central region / GTPase effector domain / GED domain profile. / Dynamin, GTPase domain / Dynamin, GTPase / Dynamin / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Dynamin, N-terminal / Dynamin family / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Reubold, T.F. / Faelber, K. / Plattner, N. / Posor, Y. / Branz, K. / Curth, U. / Schlegel, J. / Anand, R. / Manstein, D.J. / Noe, F. ...Reubold, T.F. / Faelber, K. / Plattner, N. / Posor, Y. / Branz, K. / Curth, U. / Schlegel, J. / Anand, R. / Manstein, D.J. / Noe, F. / Haucke, V. / Daumke, O. / Eschenburg, S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of the Dynamin Tetramer
著者: Reubold, T.F. / Faelber, K. / Plattner, N. / Posor, Y. / Ketel, K. / Curth, U. / Schlegel, J. / Anand, R. / Manstein, D.J. / Noe, F. / Haucke, V. / Daumke, O. / Eschenburg, S.
履歴
登録2015年5月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references
改定 1.22015年9月23日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DYNAMIN 3
B: DYNAMIN 3
C: DYNAMIN 3
D: DYNAMIN 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)343,3774
ポリマ－343,3774
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12040 Å2
ΔGint-40.5 kcal/mol
Surface area128920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.696, 98.002, 401.524
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
77
88
99
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9

-
要素

#1: タンパク質
DYNAMIN 3 / DYNAMIN


分子量: 85844.289 Da / 分子数: 4 / 断片: DYNAMIN 3 - DELTA PRD, UNP RESIDUES 1-764 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UQ16, dynamin GTPase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.9 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 15% MPD, 100MM MES/NAOH (PH 6.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月3日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI(111) MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→49.47 Å / Num. obs: 42081 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 3.7→3.8 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.3 / Mean I/σ(I) obs: 1.83 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2AKA, 3SNH, 1DYN

2aka

3snh

1dyn


解像度: 3.7→49.465 Å / SU ML: 0.56 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 29.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2784 2086 5 %
Rwork0.2316 --
obs0.2339 42058 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→49.465 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18654 0 0 0 18654
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7-3.78610.37481500.3272622X-RAY DIFFRACTION99
3.7861-3.88070.33321380.31522601X-RAY DIFFRACTION100
3.8807-3.98560.34631540.28932605X-RAY DIFFRACTION99
3.9856-4.10280.30161380.27372617X-RAY DIFFRACTION100
4.1028-4.23520.25691130.24992653X-RAY DIFFRACTION100
4.2352-4.38640.27051300.23522607X-RAY DIFFRACTION99
4.3864-4.5620.23431270.21642650X-RAY DIFFRACTION99
4.562-4.76940.22121410.19182639X-RAY DIFFRACTION99
4.7694-5.02060.26581580.20782612X-RAY DIFFRACTION100
5.0206-5.33490.33451420.22732674X-RAY DIFFRACTION100
5.3349-5.74620.33221500.27032693X-RAY DIFFRACTION100
5.7462-6.32340.3411290.26622658X-RAY DIFFRACTION100
6.3234-7.2360.36661300.25932717X-RAY DIFFRACTION100
7.236-9.10730.27791340.21052753X-RAY DIFFRACTION100
9.1073-49.46920.22341520.20732871X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.37070.27420.76912.43080.85251.61370.90021.00520.25330.5971-0.0662-0.59-0.8905-3.6723-0.05742.04730.9416-0.32883.58020.72762.2967-23.95927.6345-137.2335
24.6856-0.7686-1.12228.61730.12011.2950.02760.65890.30070.6826-0.4338-0.96510.5520.93910.00191.56750.2459-0.43522.55570.36321.7844-43.896350.9446-147.3686
32.9658-0.3021.15043.44441.90038.236-0.07690.03060.0784-0.6088-0.22150.2848-1.11330.3616-0.01861.3986-0.03140.07120.61130.03871.3446-8.425925.8118-82.7027
46.351-0.5267-0.99476.7745-0.61236.3540.4416-0.06790.45070.6527-0.41680.5424-0.654-0.49740.00051.74550.05740.1571.0620.13591.3905-3.301453.2904-90.661
51.91281.1863-0.74440.7707-0.59690.8577-0.92530.4370.85370.95990.9069-0.15851.89990.7352-0.20253.39661.3065-0.48522.47820.34542.41373.09790.474336.8596
63.3499-0.4479-1.77962.9415-0.59989.411-0.2069-0.5668-0.1631-0.0139-0.0209-0.0159-0.1931.30650.00710.6093-0.0216-0.0391.4346-0.03851.33031.768816.8358-18.336
78.253-0.99340.83743.30740.37532.5403-0.35550.81540.4930.22850.0192-0.4247-1.1646-0.40450.00122.72490.2476-0.33791.46950.36711.816526.3281-19.602946.9838
86.4371-0.26451.93675.03351.55996.8782-0.47230.6192-0.67680.05450.6796-0.34050.35320.9320.0060.98290.0296-0.08151.8798-0.18971.380628.739121.0599-9.7121
93.70711.70151.37330.84210.13763.6320.622-0.24450.716-0.0255-1.0867-0.131-0.3659-0.3549-0.06181.21510.29410.07670.72710.46721.375117.0433-18.1754-2.9838
101.52911.27530.94171.58080.71710.5704-0.255-2.09130.47041.8426-0.28930.2794-0.9443-0.30940.00433.5316-0.22510.30172.68860.30252.4521-7.8656-12.5403-22.9549
114.3940.9225-0.87813.0467-1.19793.7367-0.0211-0.1195-0.4065-0.1263-0.1739-0.7032-0.15780.76130.00041.3016-0.1150.12060.9947-0.01811.37563.49229.8958-70.2033
120.72110.6843-0.65251.5612-0.66960.58860.23451.7899-0.2083-1.8305-0.9574-0.85550.90230.17460.03651.86960.1434-0.12813.1464-0.17441.9223-37.044616.6811-77.7659
131.65972.2025-0.49353.7972-1.26382.4748-1.4877-0.65460.4184-0.15371.2413-0.6370.0879-0.1187-0.02440.80640.1528-0.4091.5371-0.03691.2722-42.494241.8056-97.4307
143.1641.88061.07424.92081.55065.5611-0.10540.0680.7696-0.0568-0.0330.5531-0.75470.1892-0.00411.0541-0.05310.02831.1551-0.07681.4299-14.561727.9859-30.1961
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESSEQ 6:31 OR RESSEQ 295:320 OR RESSEQ 699:735)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESSEQ 32:294)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESSEQ 321:507 OR RESSEQ 635:698)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESSEQ 508:634)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'C' AND (RESSEQ 6:31 OR RESSEQ 295:320 OR RESSEQ 699:735)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'C' AND (RESSEQ 321:507 OR RESSEQ 635:698)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'C' AND (RESSEQ 32:294)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'C' AND (RESSEQ 508:634)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESSEQ 32:294)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESSEQ 6:31 OR RESSEQ 295:320 OR RESSEQ 699:735)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'B' AND (RESSEQ 321:507 OR RESSEQ 635:698)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'D' AND (RESSEQ 6:31 OR RESSEQ 295:320 OR RESSEQ 699:735)
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'D' AND (RESSEQ 32:294)
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'D' AND (RESSEQ 321:507 OR RESSEQ 635:698)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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