+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a2h | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of Arabidopsis thaliana Calmodulin-7 | ||||||
![]() | CALMODULIN | ||||||
![]() | CALCIUM-BINDING PROTEIN / PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of photomorphogenesis / detection of calcium ion / defense response to fungus / calcium-mediated signaling / calcium ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kumar, S. / Gourinath, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Arabidopsis Thaliana Calmodulin7 and Insight Into its Mode of DNA Binding. 著者: Kumar, S. / Mazumder, M. / Gupta, N. / Chattopadhyay, S. / Gourinath, S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 74.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 55.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 449.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 450.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1rfjS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16863.635 Da / 分子数: 1 / 断片: HELIX-LOOP-HELIX / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PET20B / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ACT / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 4.2 / 詳細: MPD 60%, SODIUM ACETATE PH 4.2, CACL2 5MM |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77.15 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD |
放射 | モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.985 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.27→50 Å / Num. obs: 8910 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 3.3 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.27→6.2 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / % possible all: 94.2 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1RFJ 解像度: 2.27→57.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 11.624 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.267 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.513 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.27→57.96 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|