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- PDB-5a24: Crystal structure of Dionain-1, the major endopeptidase in the Ve... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a24
タイトルCrystal structure of Dionain-1, the major endopeptidase in the Venus flytrap digestive juice
要素DIONAIN-1
キーワードHYDROLASE / CYSTEINE PEPTIDASE / VENUS FLYTRAP / DIGESTIVE ENZYME / ACIDIC ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E64 / PHOSPHATE ION / Dionain-1
類似検索 - 構成要素
生物種DIONAEA MUSCIPULA (ハエジゴク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Risor, M.W. / Thomsen, L.R. / Sanggaard, K.W. / Nielsen, T.A. / Thogersen, I.B. / Lukassen, M.V. / Rossen, L. / Garcia-Ferrer, I. / Guevara, T. / Meinjohanns, E. ...Risor, M.W. / Thomsen, L.R. / Sanggaard, K.W. / Nielsen, T.A. / Thogersen, I.B. / Lukassen, M.V. / Rossen, L. / Garcia-Ferrer, I. / Guevara, T. / Meinjohanns, E. / Nielsen, N.C. / Gomis-Ruth, F.X. / Enghild, J.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Enzymatic and Structural Characterization of the Major Endopeptidase in the Venus Flytrap Digestion Fluid.
著者: Risor, M.W. / Thomsen, L.R. / Sanggaard, K.W. / Nielsen, T.A. / Thogersen, I.B. / Lukassen, M.V. / Rossen, L. / Garcia-Ferrer, I. / Guevara, T. / Scavenius, C. / Meinjohanns, E. / Gomis-Ruth, F.X. / Enghild, J.J.
履歴
登録2015年5月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references
改定 1.22016年2月10日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIONAIN-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4923
ポリマ－23,0371
非ポリマー4552
水5,350297
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.850, 47.790, 57.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.44, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2130-

HOH

21A-2282-

HOH

31A-2286-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 DIONAIN-1


分子量: 23036.906 Da / 分子数: 1 / 断片: MATURE ENZYME / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) DIONAEA MUSCIPULA (ハエジゴク) / 解説: FROM THE PLANT DIGESTIVE JUICE / プラスミド: PPICZALPHAC / 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H / 参照: UniProt: A0A0E3GLN3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-E64 / N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE


分子量: 360.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H30N5O5
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CRYSTALLIZED PROTEIN CORRESPONDS TO MATURE DIONAIN-1, FROM V131 TO A352 GENBANK ID: KP663370

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
解説: THE SIDE CHAINS OF THE SEARCHING MODEL WERE TRIMMED WITH CHAINSAW
結晶化詳細: DI-POTASSIUM HYDROGEN PHOSPHATE 0.8 M, SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE 0.9 M, LITHIUM SULFATE ANHYDROUS 0.2 M, CAPS 0.1 M, PH 10.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0052
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0052 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→40.1 Å / Num. obs: 30734 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 15.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 30.7
反射 シェル解像度: 1.5→1.7 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Mean I/σ(I) obs: 16 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1S4V

1s4v


解像度: 1.5→13.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9594 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU R Cruickshank DPI: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.077 / SU Rfree Blow DPI: 0.071 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.066
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.172 774 2.52 %RANDOM
Rwork0.1575 ---
obs0.1579 30697 95 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.035 Å20 Å2-2.2552 Å2
2--0.0827 Å20 Å2
3----0.0476 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.153 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→13.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1616 0 23 297 1936
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011688HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.012317HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d720SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes50HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes249HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1688HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.01
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.46
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion227SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies3HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2322SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1986 72 2.44 %
Rwork0.1642 2877 -
all0.1651 2949 -
obs--93.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.11030.4284-0.72170.9067-0.45291.0815-0.08280.1470.0117-0.16550.07570.0780.1047-0.10050.0072-0.0159-0.0145-0.0119-0.01380.00110.004516.202230.012514.796
20.03570.10130.15070.0096-0.11540.0166-0.00340.0026-0.01490.0006-0.00160.01460.0108-0.00060.0050.0112-0.0998-0.05450.0825-0.0318-0.02711.300321.25879.1849

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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