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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a1k | ||||||
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タイトル | Crystal structure of calcium-free human adseverin domains A1-A3 | ||||||
![]() | ADSEVERIN | ||||||
![]() | ACTIN-BINDING PROTEIN / ACTIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of secretion / regulation of chondrocyte differentiation / 1-phosphatidylinositol binding / actin nucleation / positive regulation of actin nucleation / positive regulation of megakaryocyte differentiation / sequestering of actin monomers / calcium-ion regulated exocytosis / actin filament severing / actin filament capping ...positive regulation of secretion / regulation of chondrocyte differentiation / 1-phosphatidylinositol binding / actin nucleation / positive regulation of actin nucleation / positive regulation of megakaryocyte differentiation / sequestering of actin monomers / calcium-ion regulated exocytosis / actin filament severing / actin filament capping / actin polymerization or depolymerization / barbed-end actin filament capping / cell projection assembly / podosome / anchoring junction / phosphatidylserine binding / brush border / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / central nervous system development / cell projection / actin filament binding / actin cytoskeleton / actin binding / cell cortex / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / extracellular exosome / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chumnarnsilpa, S. / Robinson, R.C. / Grimes, J.M. / Leyrat, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Calcium-Controlled Conformational Choreography in the N-Terminal Half of Adseverin. 著者: Chumnarnsilpa, S. / Robinson, R.C. / Grimes, J.M. / Leyrat, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 275.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 225.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.551, 0.834), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38799.824 Da / 分子数: 2 / 断片: DOMAINS A1-A3, RESIDUES 6-349 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.3 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 20 % POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 100 MM BIS-TRIS PROPANE PH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→59.6 Å / Num. obs: 17766 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 79.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.33 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 95 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1D0N RESIDUES 27-370 解像度: 2.9→59.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8939 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.393 詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
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原子変位パラメータ | Biso mean: 55.6 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.499 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→59.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / Total num. of bins used: 9
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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