PDB-4zzb: The GLIC pentameric Ligand-Gated Ion Channel Locally-closed form ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zzb

タイトル

The GLIC pentameric Ligand-Gated Ion Channel Locally-closed form complexed to xenon

要素

Proton-gated ion channel

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / potassium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gloeobacter violaceus PCC 8105 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Sauguet, L. / Fourati, Z. / Prange, T. / Delarue, M. / Colloc'h, N.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Xenon Inhibition in a Cationic Pentameric Ligand-Gated Ion Channel.
著者: Sauguet, L. / Fourati, Z. / Prange, T. / Delarue, M. / Colloc'h, N.

履歴

登録	2015年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月9日	Group: Database references
改定 1.2	2018年11月21日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zzb.cif.gz	629 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zzb.ent.gz	533.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zzb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/4zzb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/4zzb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zzcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5l4e-d 6hyx-d 4npp-d 3tls-d 6hyw-d 2xq7-d 4il4-d 4hfi-d 6f0z-d 6hy5-d 3p4w-d 3eam-d 3p50-d 3tlw-d 5iux-d 2xq5-d 5hcj-d 3uub-1 6hja-d 6hz3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (7) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Proton-gated ion channel

B: Proton-gated ion channel

C: Proton-gated ion channel

D: Proton-gated ion channel

E: Proton-gated ion channel

ヘテロ分子

185 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	176.966, 130.528, 157.526
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.33, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABCDE

#1: タンパク質	Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC 分子量: 36239.633 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 44-359 / 変異: C27S K33C L246C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus PCC 8105 (バクテリア) 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#2: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 4種, 37分子

#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	... ChemComp-XE / XENON / キセノン分子量: 131.293 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.1 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 12-15 % PEG4000 0.1M Na Acetate pH4 0.4M NaSCN 15% glycerol 5% DMSO PH範囲: 4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.2 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.4→48.62 Å / Num. obs: 47834 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 99.54 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 3.4→3.58 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.586 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.4	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

解像度: 3.4→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.8844 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8968 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 5.326 / SU R_free Blow DPI: 0.372

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2226	2414	5.07 %	RANDOM
R_work	0.2163	-	-	-
obs	0.2166	47595	98.38 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 127.68 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-15.5202 Å²	0 Å²	37.7434 Å²
2-	-	-13.7577 Å²	0 Å²
3-	-	-	29.278 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.845 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.4→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12592	0	67	0	12659

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	12972	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.99	17744	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4266	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		255	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1885	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		12972	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		22	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.54
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.96
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1763	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		14575	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3.4→3.49 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3163	184	5.42 %
R_work	0.2765	3212	-
all	0.2785	3396	-
obs	-	-	98.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.627	-0.2418	0.8228	0.2724	-0.2919	1.86	-0.0299	0.0825	0.2105	-0.0887	-0.0016	0.0194	-0.2145	-0.1656	0.0315	0.1546	0.0355	-0.1921	-0.1916	0.0467	-0.0138	38.0225	-6.9922	30.626
2	1.5539	-0.0646	2.1586	0.3031	0.0635	3.0226	0.0304	-0.1155	-0.0333	-0.0258	-0.0644	0.1531	-0.0396	-0.265	0.034	-0.1196	-0.0086	-0.0269	0.1153	0.0527	0.0728	28.0359	-29.4989	35.8687
3	1.5114	-0.0163	1.7439	0.5908	0.3923	3.3529	0.0708	0.0268	-0.246	-0.1441	0.0114	0.1569	0.1384	0.0096	-0.0822	0.0598	-0.0318	-0.1545	-0.165	-0.0279	0.009	43.5749	-47.311	27.6751
4	0.7679	0.1146	1.0321	0.6983	0.2701	3.3946	0.0398	0.1699	-0.1879	-0.3074	-0.0059	-0.031	-0.0859	0.2257	-0.0339	0.012	0.0275	-0.0016	-0.0237	-0.0787	-0.068	63.4913	-35.674	16.7978
5	1.4718	-0.2958	2.437	0.6326	-0.5019	5.0686	-0.0555	0.1281	0.1744	-0.3055	0.0249	-0.1244	-0.0861	0.1403	0.0306	0.135	-0.1435	-0.0106	-0.1211	0.1274	-0.0993	59.9625	-10.8485	18.8906

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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