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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zym | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structural implications of homo-pyrimidine base pairs on the parallel-stranded d(GAY) motif. | ||||||||||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / Tetraplex / homo-base pair / pyrimidine substitution. | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å | データ登録者 | Tripathi, S.K. / Paukstelis, P. | 資金援助 | 米国, 1件 |
引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2016 | タイトル: Structural Implications of Homopyrimidine Base Pairs in the Parallel-Stranded d(YGA) Motif. 著者: Tripathi, S. / Paukstelis, P.J. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4zym.cif.gz | 33 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4zym.ent.gz | 21.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4zym.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4zym_validation.pdf.gz | 383.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4zym_full_validation.pdf.gz | 383.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4zym_validation.xml.gz | 3.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4zym_validation.cif.gz | 3.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/4zym ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/4zym | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3358.211 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 詳細: DNA oligonucleotide demonstrating parallel stranded DNA homoduplex. 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.62 % / 解説: Crystals diffracted to 2.5 Angstrom |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM Magnesium chloride, 5 % PEG400, 30 mM Sodium Cacodilate, 8 mM Cobalt hexamine. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月1日 |
放射 | モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→69.057 Å / Num. all: 11965 / Num. obs: 4342 / % possible obs: 98.73 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 45.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.145 / Net I/av σ(I): 6.4 / Net I/σ(I): 4.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.62 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 95 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4RIM 解像度: 2.53→69.057 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.69 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 100.03 Å2 / Biso mean: 35.2971 Å2 / Biso min: 13.71 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.53→69.057 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.53→2.768 Å
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