[日本語] English
万見
- PDB-4zy7: Crystal structure of a Mycobacterial protein -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zy7
タイトルCrystal structure of a Mycobacterial protein
要素Uncharacterized protein MSMEG_5817
キーワードUNKNOWN FUNCTION / monomer / psi-loop / mycobacterium smegmatis
機能・相同性Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A - #40 / Bacterial SCP orthologue / Bacterial SCP ortholog / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Bacterial SCP orthologue domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Shahine, A. / Rossjohn, J. / Beddoe, T.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a Mycobacterial protein
著者: Shahine, A. / Rossjohn, J. / Beddoe, T.
履歴
登録2015年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein MSMEG_5817
B: Uncharacterized protein MSMEG_5817
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1839
ポリマ－30,5732
非ポリマー6117
水4,972276
1
A: Uncharacterized protein MSMEG_5817
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7296
ポリマ－15,2861
非ポリマー4425
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Uncharacterized protein MSMEG_5817
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4553
ポリマ－15,2861
非ポリマー1682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.610, 70.490, 100.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-416-

HOH

詳細Monomer according to size exclusion chromatography

-
要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein MSMEG_5817


分子量: 15286.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_5817, MSMEI_5660, LJ00_28765 / プラスミド: pJAM2
発現宿主: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株 (発現宿主): MC2 155 / 参照: UniProt: A0R4F7
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.04 % / 解説: plate-like crystals
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 16% PEG 6000, 0.1M Tris-HCl pH 8.3, 0.2M magnesium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30.22 Å / Num. obs: 33734 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.337 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
SCALAデータスケーリング
iMOSFLMデータ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NSS

4nss


解像度: 1.7→30.22 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.209 1707 5.07 %
Rwork0.175 --
obs0.177 33692 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1812 0 40 276 2128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051954
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0652678
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7726
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04323
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005349
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.750.29191260.21582505X-RAY DIFFRACTION94
1.75-1.80650.23631450.19592610X-RAY DIFFRACTION99
1.8065-1.87110.20481400.1832653X-RAY DIFFRACTION100
1.8711-1.9460.20891410.17092650X-RAY DIFFRACTION100
1.946-2.03450.22081340.17452649X-RAY DIFFRACTION100
2.0345-2.14170.21551540.17472652X-RAY DIFFRACTION100
2.1417-2.27590.19931520.16852664X-RAY DIFFRACTION100
2.2759-2.45150.21441290.1642691X-RAY DIFFRACTION100
2.4515-2.69810.21981630.18182671X-RAY DIFFRACTION100
2.6981-3.08820.2341210.18032741X-RAY DIFFRACTION100
3.0882-3.88950.19011640.17012731X-RAY DIFFRACTION100
3.8895-30.22970.19741380.17292768X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8973-0.2336-0.2142.55650.713.57880.088-0.0342-0.04270.1019-0.12950.25270.0751-0.10750.00770.1242-0.02160.03010.1225-0.05780.1605-6.871618.1658-13.1049
22.6462-1.8476-2.32561.34561.30973.83590.18720.2475-0.1855-0.395-0.20860.1023-0.5042-0.2829-0.12330.20220.0431-0.01120.1675-0.0510.1637-5.631823.023-21.0087
31.43780.1126-0.1482.7519-0.89413.1692-0.1303-0.1666-0.06730.0155-0.0349-0.31090.10920.32830.07410.10420.02220.01080.16240.02710.12584.84725.588710.1378
42.5707-1.24761.55743.1245-0.86342.1649-0.0179-0.122-0.4081-0.10380.10540.23240.2646-0.267-0.09850.1175-0.01430.01080.1170.02630.1316-5.559820.86936.913
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 8 THROUGH 103 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 104 THROUGH 126 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'B' AND (RESID -6 THROUGH 102 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID 103 THROUGH 126 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る