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- PDB-4zxw: Crystal structure of SgcC5 protein from Streptomyces globisporus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zxw
タイトルCrystal structure of SgcC5 protein from Streptomyces globisporus (complex with (R)-(-)-1-(2-naphthyl)-1,2-ethanediol and sucrose)
要素C-domain type II peptide synthetase
キーワードLIGASE / C-1027 synthesis / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro
機能・相同性Condensation domain / Condensation domain / lipid biosynthetic process / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / catalytic activity / sucrose / (1R)-1-(naphthalen-2-yl)ethane-1,2-diol / C-domain type II peptide synthetase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces globisporus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.187 Å
データ登録者Michalska, K. / Bigelow, L. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Lohman, J. / Ma, M. / Rudolf, J. / Chang, C.-Y. / Shen, B. / Joachimiak, A. ...Michalska, K. / Bigelow, L. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Lohman, J. / Ma, M. / Rudolf, J. / Chang, C.-Y. / Shen, B. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094585 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM098248 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of SgcC5 protein from Streptomyces globisporus
著者: Michalska, K. / Bigelow, L. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Lohman, J. / Ma, M. / Rudolf, J. / Chang, C.-Y. / Shen, B. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / ...著者: Michalska, K. / Bigelow, L. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Lohman, J. / Ma, M. / Rudolf, J. / Chang, C.-Y. / Shen, B. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)
履歴
登録2015年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Source and taxonomy
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-domain type II peptide synthetase
B: C-domain type II peptide synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,33212
ポリマ－101,5702
非ポリマー1,76310
水4,738263
1
A: C-domain type II peptide synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6046
ポリマ－50,7851
非ポリマー8195
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: C-domain type II peptide synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7296
ポリマ－50,7851
非ポリマー9445
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.397, 105.304, 108.167
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 C-domain type II peptide synthetase


分子量: 50784.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces globisporus (バクテリア)
プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8GMG2
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 271分子

#3: 化合物 ChemComp-4T7 / (1R)-1-(naphthalen-2-yl)ethane-1,2-diol / (R)-1-(2-ナフチル)-1,2-エタンジオ-ル


分子量: 188.222 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C12H12O2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.86 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M CAPS:NaOH, pH 10.5, 2 M ammonium sulfate, 4.06 mM (S)-beta-tyrosine-N-acetylethylenediamine, 4.06 mM (R)-(-)-1-(2-naphthyl)-1,2-ethanediol, cryo 28% sucrose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月20日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→35 Å / Num. obs: 58829 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.762 / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1938精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZNM

4znm


解像度: 2.187→34.278 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.96 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGEN ATOMS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2081 1204 2.05 %random
Rwork0.1606 ---
obs0.1615 58751 99.17 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.187→34.278 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6878 0 113 263 7254
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0137194
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3869787
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6682655
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0671071
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071289
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1875-2.27510.30921160.21785950X-RAY DIFFRACTION94
2.2751-2.37860.23941240.20016397X-RAY DIFFRACTION100
2.3786-2.50390.27221250.18266386X-RAY DIFFRACTION100
2.5039-2.66080.21171400.18036341X-RAY DIFFRACTION100
2.6608-2.86610.23351530.1746395X-RAY DIFFRACTION100
2.8661-3.15440.22661420.1716409X-RAY DIFFRACTION100
3.1544-3.61040.19251270.15376474X-RAY DIFFRACTION100
3.6104-4.5470.17121310.13116510X-RAY DIFFRACTION100
4.547-34.28260.18361460.14696685X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.8149-0.25270.46912.9654-2.21393.5216-0.15070.5459-0.1784-0.36580.11390.13790.2542-0.06070.1340.4065-0.0466-0.0250.2547-0.0310.2449-29.963612.3852-8.363
21.63170.02390.03571.4953-0.62942.6254-0.07110.0385-0.02-0.14280.02640.02030.087-0.00090.03920.2667-0.02990.00110.1661-0.00360.2342-29.36767.05711.7761
35.5170.75624.37252.49890.45583.4476-0.0517-0.01730.28210.1915-0.0659-0.01930.25230.0801-0.06060.23660.00340.02140.1283-0.00510.2196-27.90045.138417.2083
40.9997-0.0850.18271.3597-0.71032.7438-0.07630.03530.11210.04730.07040.2497-0.1807-0.3012-0.05780.2322-0.01410.00460.2263-0.01880.2796-39.032515.188111.7787
53.67670.5218-0.27513.0341-1.04993.0406-0.02180.35010.7044-0.34310.22170.5212-0.2403-0.3421-0.20170.4605-0.005-0.07730.2410.07440.3255-33.198333.7307-13.5768
61.4748-0.5144-0.13183.5378-0.07681.72860.0751-00.15940.0583-0.0975-0.2018-0.27140.2108-0.00450.1774-0.0136-0.0070.23950.01480.2384-16.162230.45892.9355
73.60111.918-2.01483.2464-1.71932.5317-0.09720.03860.1927-0.23110.16640.1850.0799-0.0619-0.12440.25150.0306-0.04870.18550.00210.2121-29.670528.2676-1.1552
82.14890.75490.08753.17840.00161.7167-0.07110.15640.3275-0.51050.07140.2259-0.1233-0.017-0.04390.2982-0.014-0.02240.18770.0560.3068-27.06936.9887-7.2003
91.60050.6178-1.17561.6034-1.78762.00710.10370.05030.08380.0565-0.0244-0.1282-0.1019-0.08-0.06530.26420.002-0.00750.191-0.01930.2356-22.364521.06786.0912
101.56870.6799-0.01555.47311.13652.2030.0558-0.09640.12410.0137-0.1602-0.2289-0.06130.1870.02040.2162-0.0002-0.01160.22040.02360.2622-11.618730.03953.4952
115.0664-2.58180.93025.84310.10971.7610.06250.34150.2477-0.4572-0.0358-0.7169-0.10380.32770.04190.2221-0.00720.04780.2773-0.01240.2781-7.216-16.29291.1773
121.4905-0.5789-0.19771.08020.57341.31720.0061-0.06310.0590.08780.0446-0.0681-0.02360.0634-0.0550.2477-0.036-0.0020.2063-0.00220.2232-22.6199-12.210117.2645
134.5962-2.6828-2.01354.5961.76950.9933-0.0719-0.70360.22850.2050.5974-0.60120.51620.9014-0.27710.32540.1357-0.08550.4447-0.03550.3060.0738-26.094517.3048
144.0076-0.99621.10274.1325-0.59987.02290.0144-0.0935-0.24220.17960.1237-0.4010.32370.3612-0.22970.20290.0368-0.01410.2792-0.02490.3540.8931-40.8020.8114
150.8041-1.00730.02421.9620.00911.43040.07050.2117-0.0909-0.2921-0.12650.1056-0.0423-0.1190.05990.2207-0.0258-0.02510.2894-0.00020.2187-20.2974-24.4186-8.6033
168.1464-5.77761.3064.1983-1.63975.4467-0.1701-0.6463-0.9260.44030.21410.93990.184-0.7759-0.1390.2959-0.04630.08680.2431-0.00040.4707-31.5892-44.50237.7655
172.45750.1136-1.24373.4872-2.37059.4709-0.09040.1029-0.1921-0.0543-0.05270.14610.1336-0.0868-0.03570.198-0.025-0.00330.1678-0.02140.2458-21.7092-40.7192-3.0286
181.1070.2214-0.03352.79780.58331.0463-0.00660.0031-0.1480.21060.0856-0.16180.24830.0771-0.07830.23560.0362-0.02270.21270.00990.2426-13.4362-38.02184.5856
190.9179-0.6643-0.28380.97490.5211.11860.0111-0.0519-0.05570.08710.0157-0.03710.02470.1110.0260.2194-0.01950.00090.19930.00090.2208-17.5784-27.23754.5981
201.40630.37-0.18844.0483-0.77111.8652-0.02250.0461-0.21550.05830.01620.34820.1375-0.2918-0.05460.2059-0.0038-0.00290.2676-0.01520.2646-28.2796-33.5625-4.0718
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 15:43)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 44:129)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 130:144)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 145:198)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 199:226)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 227:278)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 279:308)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 309:354)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 355:412)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 413:457)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 15:43)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 44:185)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 186:205)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 206:218)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 219:247)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 248:261)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 262:283)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 284:335)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 336:412)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 413:457)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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