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万見
- PDB-4zxi: Crystal Structure of holo-AB3403 a four domain nonribosomal pepti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zxi
タイトルCrystal Structure of holo-AB3403 a four domain nonribosomal peptide synthetase bound to AMP and Glycine
要素Tyrocidine synthetase 3
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Nonribosomal peptide synthetase / NRPS / Condensation / Adenylation / PCP / Thioesterase / phosphopantetheine
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / catalytic activity / phosphopantetheine binding / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Thioesterase / Thioesterase domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain ...Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Thioesterase / Thioesterase domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / GLYCINE / NICKEL (II) ION / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / Abbfa_003403 / :
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Drake, E.J. / Miller, B.R. / Allen, C.L. / Gulick, A.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-068440 米国
US Army Medical Research and Materiel CommandW81XWH-11-2-0218 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structures of two distinct conformations of holo-non-ribosomal peptide synthetases.
著者: Drake, E.J. / Miller, B.R. / Shi, C. / Tarrasch, J.T. / Sundlov, J.A. / Allen, C.L. / Skiniotis, G. / Aldrich, C.C. / Gulick, A.M.
履歴
登録2015年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 1.22016年2月17日Group: Refinement description
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52025年4月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrocidine synthetase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,1217
ポリマ－147,6661
非ポリマー1,4556
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area51230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.100, 116.100, 342.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Tyrocidine synthetase 3


分子量: 147665.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (strain AB307-0294) (バクテリア)
株: AB307-0294 / 遺伝子: ABBFA_003403 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B7H2D0, UniProt: A0A0X1KH98*PLUS

-
非ポリマー , 7種, 22分子

#2: 化合物 ChemComp-PNS / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸


分子量: 358.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H23N2O7PS
#3: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#5: 化合物 ChemComp-XP4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE


分子量: 591.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H60O8P / コメント: DMPA, リン脂質*YM
#6: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.48 %
結晶化温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.75-0.95 M potassium citrate, 0.01-0.025 M glycine, 0.05 M BTP

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データ収集

回折平均測定温度: 113.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→45.03 Å / Num. obs: 52900 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 8.82
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.336 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALAデータスケーリング
PHENIX精密化
PHASER位相決定
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→45.03 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 23.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2249 2971 3 %Random Selection
Rwork0.1744 95973 --
obs0.1759 52895 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 141.73 Å2 / Biso mean: 53.6487 Å2 / Biso min: 17.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→45.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10077 0 91 16 10184
Biso mean--58.14 39.52 -
残基数----1314
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910400
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18114180
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451641
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061828
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.633759
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.9-2.94750.39621410.319545504691
2.9475-2.99840.34271510.295345784729
2.9984-3.05290.3111420.281846194761
3.0529-3.11160.29141180.270345644682
3.1116-3.17510.28061440.260845464690
3.1751-3.24410.30941420.242845784720
3.2441-3.31950.25641340.226945944728
3.3195-3.40250.28951590.206145564715
3.4025-3.49450.22041350.190645724707
3.4945-3.59730.24641430.175245484691
3.5973-3.71330.21921400.168845784718
3.7133-3.8460.21581390.15245634702
3.846-3.99990.20271450.138746034748
3.9999-4.18180.18621340.130845514685
4.1818-4.40210.16721420.120345804722
4.4021-4.67760.17021490.118145614710
4.6776-5.03830.14951420.122945804722
5.0383-5.54460.19551360.142845654701
5.5446-6.3450.24551400.169445764716
6.345-7.98670.22681500.177445464696
7.9867-45.03990.21571450.170445654710
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7684-0.1869-0.65671.78490.12722.5065-0.0473-0.1855-0.28780.14570.1717-0.10310.0880.113-0.120.2254-0.0259-0.09410.44760.01570.28484.6603-59.6363-10.7392
22.0271-0.5042-0.48841.26750.11820.939-0.01670.31730.63280.08040.0382-0.2263-0.24560.1295-0.02430.2712-0.0759-0.05930.5120.11030.4623-5.1633-37.0298-16.1697
31.39980.01722.43040.30740.28354.3288-0.14620.56020.3510.02130.0033-0.6226-0.60010.51520.15560.49940.05750.01890.87510.39981.1102-17.5815-22.7319-43.0715
42.2627-0.35421.11382.4829-1.03932.4777-0.0155-0.0097-0.2539-0.1439-0.0653-0.17610.15350.12070.06780.27270.04920.03560.39080.13940.3699-43.7546-30.4039-51.1487
54.1369-1.35290.8332.2248-1.12383.6535-0.0168-0.0574-0.05430.04170.0645-0.0433-0.2210.1489-0.06360.2123-0.01280.03220.44020.10250.4051-39.577-42.8419-23.9892
61.0143-1.47372.87952.1268-4.17118.1364-0.55320.13170.45850.4969-0.5621-0.8862-1.07570.54691.10210.3442-0.0739-0.07820.38370.09330.5645-44.0175-47.8393-6.0158
74.10432.2349-0.72511.27480.05482.86490.04650.0121-0.25780.0108-0.0545-0.27060.1520.2918-0.0390.22360.03640.00170.27170.07580.3557-29.3077-58.9779-1.2317
80.57070.6153-1.58880.8631-2.10825.20410.260.4876-0.194-1.1479-0.2834-0.17270.2030.49920.02780.69110.07030.08310.5095-0.16710.6594-30.8739-73.683-0.9092
92.76370.5202-0.02942.4934-0.0742.44030.1252-0.1086-0.17220.2665-0.0835-0.12960.27290.0719-0.03140.3136-0.0211-0.01790.1590.04790.2284-45.6059-71.590113.8926
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 1:190))A1054 - 1318
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resseq 191:445))A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and ((resseq 446:480))A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and ((resseq 481:862))A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and ((resseq 863:959))A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and ((resseq 960:973))A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and ((resseq 974:1044))A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and ((resseq 1045:1053))A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and ((resseq 1054:1318))A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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