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- PDB-4zxd: Crystal Structure of hydroquinone 1,2-dioxygenase PnpCD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zxd
タイトルCrystal Structure of hydroquinone 1,2-dioxygenase PnpCD
要素
  • Hydroquinone dioxygenase large subunit
  • Hydroquinone dioxygenase small subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / dioxygenase / cuipin / hydroquinone pathway
機能・相同性Hydroquinone 1,2-dioxygenase large subunit, N-terminal / Hydroquinone 1,2-dioxygenase large subunit N-terminal / dioxygenase activity / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / metal ion binding / Hydroquinone dioxygenase large subunit / Hydroquinone dioxygenase small subunit
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.052 Å
データ登録者Liu, S. / Su, T. / Zhang, C. / Gu, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31070655 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of PnpCD, a Two-subunit Hydroquinone 1,2-Dioxygenase, Reveals a Novel Structural Class of Fe2+-dependent Dioxygenases.
著者: Liu, S. / Su, T. / Zhang, C. / Zhang, W.M. / Zhu, D. / Su, J. / Wei, T. / Wang, K. / Huang, Y. / Guo, L. / Xu, S. / Zhou, N.Y. / Gu, L.
履歴
登録2015年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroquinone dioxygenase small subunit
B: Hydroquinone dioxygenase small subunit
W: Hydroquinone dioxygenase large subunit
X: Hydroquinone dioxygenase large subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,3744
ポリマ－113,3744
非ポリマー00
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14660 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area37140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.199, 114.012, 158.078
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hydroquinone dioxygenase small subunit


分子量: 18308.932 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (strain WBC-3) (バクテリア)
株: WBC-3 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C1I210
#2: タンパク質 Hydroquinone dioxygenase large subunit


分子量: 38377.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (strain WBC-3) (バクテリア)
株: WBC-3 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C1I209
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 1.8 M Ammonium citrate dibasic, 0.1 M Sodium acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月12日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 21998 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.6 % / Rsym value: 0.131 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 3.05→3.16 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZXA

4zxa


解像度: 3.052→38.694 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2533 1129 5.15 %Random
Rwork0.2018 ---
obs0.2044 21924 99.29 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.052→38.694 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7659 0 0 19 7678
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017871
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.40510688
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6162850
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511126
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081407
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0521-3.1910.33831550.25122517X-RAY DIFFRACTION99
3.191-3.35910.30091500.22972519X-RAY DIFFRACTION98
3.3591-3.56940.25871420.20252532X-RAY DIFFRACTION99
3.5694-3.84480.2661360.19092576X-RAY DIFFRACTION99
3.8448-4.23130.24991320.19212596X-RAY DIFFRACTION100
4.2313-4.84260.21651470.16782606X-RAY DIFFRACTION100
4.8426-6.09730.21441340.20462663X-RAY DIFFRACTION100
6.0973-38.69760.25581330.21492786X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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