PDB-4zwt: Crystal Structure of the Bacteriophage T4 recombination mediator ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zwt

タイトル

Crystal Structure of the Bacteriophage T4 recombination mediator protein UvsY, Lattice Type IV

要素

Recombination protein uvsY

キーワード

VIRAL PROTEIN / recombination / DNA binding / homo-heptamer / asymmetry / alpha barrel

機能・相同性

Recombination, repair and ssDNA binding protein UvsY / Recombination, repair and ssDNA binding protein UvsY / DNA biosynthetic process / DNA recombination / DNA binding / Recombination protein uvsY

機能・相同性情報

生物種

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 4.2 Å

データ登録者

Gajewski, S. / White, S.W.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM066934	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA21765	米国
American Lebanese-Syrian Associated Charities (ALSAC)		米国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structure and mechanism of the phage T4 recombination mediator protein UvsY.
著者: Gajewski, S. / Waddell, M.B. / Vaithiyalingam, S. / Nourse, A. / Li, Z. / Woetzel, N. / Alexander, N. / Meiler, J. / White, S.W.

履歴

登録	2015年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月23日	Group: Database references
改定 1.2	2016年4月20日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zwt.cif.gz	636.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zwt.ent.gz	522.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zwt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/4zwt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/4zwt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zwqC 4zwrSC 4zwsC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4zwr-d 4zwq-d 6dtd-d 3fhq-2 5znn-d 3kjx-d 7526 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Recombination protein uvsY

B: Recombination protein uvsY

C: Recombination protein uvsY

D: Recombination protein uvsY

E: Recombination protein uvsY

F: Recombination protein uvsY

G: Recombination protein uvsY

H: Recombination protein uvsY

I: Recombination protein uvsY

J: Recombination protein uvsY

K: Recombination protein uvsY

L: Recombination protein uvsY

M: Recombination protein uvsY

N: Recombination protein uvsY

251 kDa, 14 ポリマー
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1

A: Recombination protein uvsY

B: Recombination protein uvsY

C: Recombination protein uvsY

D: Recombination protein uvsY

E: Recombination protein uvsY

F: Recombination protein uvsY

G: Recombination protein uvsY

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
125 kDa, 7 ポリマー
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2

H: Recombination protein uvsY

I: Recombination protein uvsY

J: Recombination protein uvsY

K: Recombination protein uvsY

L: Recombination protein uvsY

M: Recombination protein uvsY

N: Recombination protein uvsY

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
125 kDa, 7 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	184.380, 184.380, 615.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D
5	1	chain E
6	1	chain F
7	1	chain G
8	1	chain H
9	1	chain I
10	1	chain J
11	1	chain K
12	1	chain L
13	1	chain M
14	1	chain N

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	ARG	ARG	ALA	ALA	chain A	A	A	2 - 135	22 - 155
2	MET	MET	ALA	ALA	chain B	B	B	1 - 135	21 - 155
3	MET	MET	GLU	GLU	chain C	C	C	1 - 134	21 - 154
4	MET	MET	ALA	ALA	chain D	D	D	1 - 135	21 - 155
5	MET	MET	ALA	ALA	chain E	E	E	1 - 135	21 - 155
6	MET	MET	ALA	ALA	chain F	F	F	1 - 135	21 - 155
7	ARG	ARG	ALA	ALA	chain G	G	G	2 - 135	22 - 155
8	MET	MET	ALA	ALA	chain H	H	H	1 - 135	21 - 155
9	MET	MET	ALA	ALA	chain I	I	I	1 - 135	21 - 155
10	MET	MET	ALA	ALA	chain J	J	J	1 - 135	21 - 155
11	MET	MET	ALA	ALA	chain K	K	K	1 - 135	21 - 155
12	MET	MET	ALA	ALA	chain L	L	L	1 - 135	21 - 155
13	MET	MET	ALA	ALA	chain M	M	M	1 - 135	21 - 155
14	MET	MET	ALA	ALA	chain N	N	N	1 - 135	21 - 155

#1: タンパク質	Recombination protein uvsY 分子量: 17904.482 Da / 分子数: 14 / 変異: E79A, K80A, S81A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: uvsY / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04537

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 80.66 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1:1 UvsY (22.5 mg/mL in 0.5 M sodium chloride, 15 mM HEPES, pH 8.2, 2 mM DTT) to 2 M sodium/potassium phosphate, pH 7.0, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月11日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 4.01→50 Å / Num. obs: 25618 / % possible obs: 56 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 129.6 Å² / R_merge F obs: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.201 / R_rim(I) all: 0.219 / Χ²: 1.022 / Net I/σ(I): 7.35 / Num. measured all: 303824

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
4.01-4.12		4.3	0.529	0.976	1.92	454	6259	105	1.113	1.7
4.12-4.23			0.778	0.836	3.47	2484	6110	345	0.901	5.6
4.23-4.35			0.961	0.793	3.54	3980	5928	561	0.856	9.5
4.35-4.48			0.89	0.769	3.67	5719	5819	848	0.835	14.6
4.48-4.63			0.892	0.617	4.25	7374	5593	1166	0.674	20.8
4.63-4.79			0.902	0.65	4.04	9056	5396	1504	0.713	27.9
4.79-4.98			0.9	0.668	3.99	11838	5271	2016	0.734	38.2
4.98-5.18			0.873	0.795	3.34	15373	5001	2582	0.872	51.6
5.18-5.41			0.864	1.048	2.41	23812	4815	3753	1.145	77.9
5.41-5.67			0.769	1.529	1.83	30571	4647	4645	1.664	100
5.67-5.98			0.893	1.263	2.21	28716	4386	4375	1.376	99.7
5.98-6.34			0.833	1.122	2.56	27198	4147	4144	1.221	99.9
6.34-6.78			0.885	0.808	3.84	25402	3875	3874	0.879	100
6.78-7.32			0.938	0.493	5.95	23704	3631	3631	0.536	100
7.32-8.02			0.982	0.227	9.81	21849	3363	3363	0.247	100
8.02-8.97			0.995	0.108	14.84	19348	3010	3010	0.118	100
8.97-10.36			0.997	0.069	20.34	16917	2667	2667	0.075	100
10.36-12.68			0.997	0.06	21.91	14011	2233	2233	0.065	100
12.68-17.94			0.998	0.056	21.94	10707	1745	1745	0.061	100
	17.94		0.998	0.058	23.11	5311	974	920	0.064	94.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4ZWR

4zwr

解像度: 4.2→49.617 Å / SU ML: 0.86 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 38.36 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE X-RAY DIFFRACTION DATA EXHIBITED STRONG ANISOTROPY. REFINEMENT WAS PERFORMED AGAINST ELLIPTICALLY TRUNCATED DATA (RESOLUTION LIMITS OF 1/5.4, 1/5.4, AND 1/4.0 A IN A*, B*, C*, ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3078	1271	5 %
R_work	0.2737	24124	-
obs	0.2754	25395	64.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 274.04 Å² / B_iso mean: 140.3233 Å² / B_iso min: 63.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 4.2→49.617 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11717	0	0	0	11717
残基数	-	-	-	-	1779

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	11849
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.573	16240
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	2009
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.016	2141
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.701	3494

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	6883	X-RAY DIFFRACTION	7.016	TORSIONAL
1	2	B	6883	X-RAY DIFFRACTION	7.016	TORSIONAL
1	3	C	6883	X-RAY DIFFRACTION	7.016	TORSIONAL
1	4	D	6883	X-RAY DIFFRACTION	7.016	TORSIONAL
1	5	E	6883	X-RAY DIFFRACTION	7.016	TORSIONAL
1	6	F	6883	X-RAY DIFFRACTION	7.016	TORSIONAL
1	7	G	6883	X-RAY DIFFRACTION	7.016	TORSIONAL
1	8	H	6883	X-RAY DIFFRACTION	7.016	TORSIONAL
1	9	I	6883	X-RAY DIFFRACTION	7.016	TORSIONAL
1	10	J	6883	X-RAY DIFFRACTION	7.016	TORSIONAL
1	11	K	6883	X-RAY DIFFRACTION	7.016	TORSIONAL
1	12	L	6883	X-RAY DIFFRACTION	7.016	TORSIONAL
1	13	M	6883	X-RAY DIFFRACTION	7.016	TORSIONAL
1	14	N	6883	X-RAY DIFFRACTION	7.016	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
4.2003-4.3684	0.3816	22	0.3616	413	435	10
4.3684-4.567	0.3419	37	0.3118	705	742	17
4.567-4.8076	0.3647	59	0.3029	1135	1194	28
4.8076-5.1086	0.3391	94	0.3128	1768	1862	43
5.1086-5.5025	0.3703	170	0.3526	3236	3406	79
5.5025-6.0554	0.3971	217	0.3881	4130	4347	100
6.0554-6.9296	0.3694	219	0.3586	4145	4364	100
6.9296-8.7228	0.2714	221	0.2394	4203	4424	100
8.7228-49.6208	0.2568	232	0.2044	4389	4621	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7992	-3.1755	1.9625	4.6462	-3.2136	2.5862	0.4463	0.1281	-1.3352	-0.6697	0.1499	0.426	0.5913	-0.0115	-0.6685	1.5401	-0.7577	0.4428	2.0931	-0.979	2.5902	-31.7714	-63.7229	19.749
2	2.82	-0.3672	1.2568	-0.0158	-0.07	2.8674	1.8038	0.179	-2.2155	0.7231	0.4553	-0.4468	1.791	-1.0058	-0.043	3.3934	-0.7147	0.1402	1.2749	0.0159	1.6383	-30.4696	-62.3476	38.4178
3	2.5083	0.0018	1.7437	1.6529	0.0318	2.0349	-0.448	0.2481	-0.1951	-0.216	0.4159	0.0045	0.6612	-0.5121	-0.3814	3.4509	-0.7746	0.3024	1.731	0.1166	0.9185	-35.3929	-57.7447	26.6277
4	0.5761	0.1964	-1.0703	1.9358	-1.6091	3.4354	-0.3165	0.5818	0.1014	-0.3413	0.095	0.167	0.4339	-0.3063	-0.6165	0.9888	-0.663	0.1574	1.9212	0.5794	0.5766	-24.4399	-43.8024	14.239
5	2.9544	-1.1913	-0.1465	3.3903	0.029	1.2088	-0.2132	0.893	0.794	0.2043	0.3434	-1.1179	0.8832	-0.1564	0.6788	2.5801	-0.7022	-0.032	1.3821	-0.1845	0.8561	-22.9155	-52.4334	26.6019
6	1.3718	0.5143	0.174	1.4273	-0.9571	2.0701	0.0265	-0.4974	1.0117	1.0306	-0.4629	0.0916	1.0701	-0.7083	-0.028	2.3688	-0.3005	-0.0899	1.6804	-0.0891	0.82	-23.6452	-43.9324	28.2423
7	2.5298	-1.3675	0.8311	3.9462	-2.7494	3.4283	-0.3926	0.4432	0.9519	0.1156	-0.1354	-0.2386	-0.407	0.614	-0.0084	1.845	-0.5356	-0.4713	1.0227	0.7474	1.1	-29.8652	-23.2589	20.3337
8	2.464	-0.6309	0.5435	2.8897	-0.213	5.2548	-0.6091	0.2896	0.2092	0.0103	1.3102	-0.194	0.8895	-0.3546	1.1364	1.7418	-0.578	0.0003	1.2964	-0.2026	0.3456	-21.6196	-34.0538	26.3284
9	1.0365	0.5581	1.3119	2.5406	0.6241	1.6565	-0.5434	-0.3238	0.3469	-0.1761	0.7067	-0.7003	-0.3928	0.6102	-0.1925	1.2591	-0.3401	-0.555	1.4188	-0.2894	0.6436	4.7749	-27.629	51.2548
10	2.5481	-1.488	-4.353	1.1886	2.5388	7.4311	-0.4622	-0.5061	0.0084	1.0616	-0.4497	0.6999	-0.4883	-0.05	0.1339	1.9155	0.0101	-0.4094	1.263	0.1508	0.8172	-8.6676	-26.5583	51.7978
11	2.6963	0.6718	0.6681	1.1526	0.4083	1.3708	0.5026	0.4228	-0.2517	-0.4302	-0.0362	0.2854	-0.1756	-0.3875	0.6649	2.7315	0.0127	-0.4374	1.5987	0.3807	0.5816	-30.7965	-30.1053	27.2392
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精密化 TLSグループ

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36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'K' and (resid 18 through 65 )	K
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'K' and (resid 66 through 81 )	K
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'K' and (resid 82 through 135 )	K
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'L' and (resid 1 through 17 )	L
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'L' and (resid 18 through 65 )	L
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'L' and (resid 66 through 135 )	L
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'M' and (resid 1 through 17 )	M
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'M' and (resid 18 through 65 )	M
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'M' and (resid 66 through 135 )	M
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'N' and (resid 1 through 63 )	N
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'N' and (resid 64 through 90 )	N
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'N' and (resid 91 through 135 )	N

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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