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- PDB-4zwo: Crystal structure of organophosphate anhydrolase/prolidase mutant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zwo
タイトルCrystal structure of organophosphate anhydrolase/prolidase mutant Y212F
要素organophosphate anhydrolase/prolidase
キーワードHYDROLASE / OPAA organophosphate prolidase anhydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


diisopropyl-fluorophosphatase / diisopropyl-fluorophosphatase activity / Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / aryldialkylphosphatase / aryldialkylphosphatase activity / metalloexopeptidase activity / aminopeptidase activity / response to toxic substance / proteolysis ...diisopropyl-fluorophosphatase / diisopropyl-fluorophosphatase activity / Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / aryldialkylphosphatase / aryldialkylphosphatase activity / metalloexopeptidase activity / aminopeptidase activity / response to toxic substance / proteolysis / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Xaa-Pro dipeptidase, N-terminal domain / Xaa-Pro dipeptidase / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily ...: / Xaa-Pro dipeptidase, N-terminal domain / Xaa-Pro dipeptidase / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCOLIC ACID / : / Xaa-Pro dipeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Alteromonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.141 Å
データ登録者Daczkowski, C.M. / Pegan, S.D. / Harvey, S.P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)W-31-109-Eng-38 米国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA)CB3742 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Engineering the Organophosphorus Acid Anhydrolase Enzyme for Increased Catalytic Efficiency and Broadened Stereospecificity on Russian VX.
著者: Daczkowski, C.M. / Pegan, S.D. / Harvey, S.P.
履歴
登録2015年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: organophosphate anhydrolase/prolidase
B: organophosphate anhydrolase/prolidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,40812
ポリマ－100,7792
非ポリマー62910
水12,827712
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6010 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area34420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.391, 67.944, 140.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.080, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-601-

HOH

21B-721-

HOH

31B-867-

HOH

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要素

#1: タンパク質 organophosphate anhydrolase/prolidase / X-Pro dipeptidase / DFPase / Imidodipeptidase / Organophosphorus acid anhydrolase 2 / OPAA-2 / ...X-Pro dipeptidase / DFPase / Imidodipeptidase / Organophosphorus acid anhydrolase 2 / OPAA-2 / Paraoxon hydrolase / Phosphotriesterase / Proline dipeptidase / Prolidase


分子量: 50389.578 Da / 分子数: 2 / 変異: Y212F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Alteromonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: pepQ, opaA / プラスミド: pSE420 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q44238, Xaa-Pro dipeptidase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-GOA / GLYCOLIC ACID / HYDROXYACETIC ACID / HYDROXYETHANOIC ACID / グリコ-ル酸


分子量: 76.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 712 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 4% PEG 4,000, 20% Isopropanol, 11 mM BaCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 49830 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 18.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX1.9-1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3L24

3l24


解像度: 2.141→32.899 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2117 2526 5.07 %
Rwork0.1715 47295 -
obs0.1736 49821 98.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 108.89 Å2 / Biso mean: 29.7995 Å2 / Biso min: 12.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.141→32.899 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6953 0 23 712 7688
Biso mean--33.83 36.68 -
残基数----859
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037209
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6199787
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0251031
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031295
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7912602
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1414-2.18260.27191270.19642102222981
2.1826-2.22710.21681320.197226602792100
2.2271-2.27560.22431330.197426742807100
2.2756-2.32850.23391300.190926602790100
2.3285-2.38670.23851610.193826382799100
2.3867-2.45120.23811380.19826162754100
2.4512-2.52330.24761270.19426842811100
2.5233-2.60470.21391440.191426652809100
2.6047-2.69780.25871300.193326462776100
2.6978-2.80570.26161420.194326592801100
2.8057-2.93340.23691360.1926612797100
2.9334-3.08790.23451340.17926672801100
3.0879-3.28120.19891450.17826212766100
3.2812-3.53430.19171510.16432648279999
3.5343-3.88940.19761630.15062630279399
3.8894-4.45110.1721430.14392646278999
4.4511-5.60340.17991470.13632669281699
5.6034-32.90240.20451430.16582749289299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.4317-4.4426-3.09618.29264.6116.4290.24570.11350.7332-0.5444-0.0482-0.3683-0.79390.2625-0.20820.3147-0.0551-0.00470.15920.02730.2185119.4682-0.368246.5627
21.31760.48320.47611.84980.37531.16570.0642-0.13530.04390.0634-0.0446-0.21-0.03070.0816-0.02970.13920.015-0.03210.16520.00080.1972122.1775-20.349346.537
30.4471.34971.13587.63776.18485.2172-0.18460.3680.3256-1.34990.25030.1815-1.94571.151-0.0730.5663-0.04270.03870.6380.0990.4176127.7451-19.425326.7972
43.3455-1.3089-1.02642.9805-0.0811.42340.0172-0.0669-0.0656-0.0396-0.0651-0.20110.09030.20130.05080.1733-0.0031-0.07770.1857-0.03130.1557124.5139-21.646349.9818
54.75911.32512.05261.13840.83422.14790.02790.1961-0.05980.0212-0.0215-0.0051-0.0605-0.0989-0.00670.17770.03780.03480.12440.00910.133595.5535-13.938633.5262
64.7136-0.01911.46111.0351-0.15791.4373-0.0930.0971-0.0056-0.01130.05730.1094-0.0548-0.15040.04980.18960.0120.0180.1264-0.00420.141290.1666-11.246738.1398
72.99251.08560.22312.36230.7890.75970.2139-0.43680.29520.4422-0.27140.23750.0793-0.25390.04950.2916-0.00330.04590.2814-0.05590.188183.0096-13.028755.6649
85.2235-2.17940.25992.96480.27195.1050.0936-0.5164-0.19160.3-0.04670.00560.3372-0.0668-0.02420.2474-0.0419-0.00320.17380.010.1946103.8869-15.54857.476
95.08881.2131.44286.1006-1.03342.0830.2537-0.2517-0.23130.5352-0.12190.30210.1131-0.4275-0.1590.252-0.02470.03040.2437-0.050.146275.5423-24.640549.9524
107.84324.63213.74915.62412.28052.88160.0442-0.17740.4760.0939-0.16760.1416-0.0874-0.16220.10590.15940.04350.0610.1364-0.02670.150692.6233-6.46547.0385
115.5386-2.69070.57646.6403-1.90073.87710.12470.2603-0.86910.11890.010.02510.6808-0.1296-0.12350.3087-0.0896-0.02170.1936-0.06980.3416101.2319-54.185820.1816
120.92520.45490.52911.43561.01130.86390.0474-0.0953-0.08840.3133-0.0532-0.02430.4033-0.19740.0230.3162-0.05610.00210.18170.03250.1563101.5345-41.543434.6767
133.2251-3.6281-3.13144.87223.80433.1378-0.8661-0.3918-0.24-0.6351-1.08821.0683-1.1543-1.40981.97760.6886-0.0093-0.11580.5701-0.15470.943388.02-32.886539.591
144.2422-0.2091-0.38111.8134-0.32131.57430.0258-0.3688-0.65460.66970.01990.11880.3762-0.331-0.04390.4983-0.10580.02260.26780.04150.297898.4488-49.337637.1297
152.9824-0.1629-0.47861.1127-2.00025.22830.0473-0.2532-0.60290.4152-0.039-0.19740.62080.3311-0.020.4531-0.0107-0.07330.14730.02020.3161111.3923-50.674229.7028
162.21322.2532-0.28724.51990.07110.71060.08230.130.1533-0.0167-0.00370.1365-0.1204-0.0981-0.07920.15130.04420.01350.21570.01490.124107.3802-20.79917.3987
171.72350.6981-0.73051.1425-0.17521.1672-0.010.2442-0.0331-0.09290.0318-0.1014-0.0263-0.0427-0.02150.16140.0075-0.00610.2353-0.01070.1653120.6151-26.93536.71
189.20246.4496-1.85084.6029-1.98916.65380.3026-0.5979-0.47770.6568-0.6458-1.2934-0.00411.20070.35930.37010.0523-0.11110.47390.0110.582124.5015-45.564214.83
197.21435.91040.40965.58650.38961.3566-0.06340.2089-0.30970.01690.0999-0.3211-0.04640.0661-0.01710.14760.04520.01260.157-0.02090.1183125.4425-28.706511.1275
203.45241.7369-0.08652.89150.15561.3238-0.05660.37520.0514-0.06690.1238-0.05-0.0767-0.0382-0.06180.12020.00690.00180.24920.01040.0928118.8069-25.52685.3071
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:10)A2 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 11:83)A11 - 83
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 84:98)A84 - 98
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 99:164)A99 - 164
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 165:236)A165 - 236
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 237:268)A237 - 268
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 269:335)A269 - 335
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 336:380)A336 - 380
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 381:409)A381 - 409
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 410:440)A410 - 440
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 3:27)B3 - 27
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 28:85)B28 - 85
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 86:98)B86 - 98
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 99:133)B99 - 133
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 134:160)B134 - 160
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 161:234)B161 - 234
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 235:347)B235 - 347
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 348:371)B348 - 371
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 372:398)B372 - 398
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 399:440)B399 - 440

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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