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- PDB-4zvt: Caspase-7 Variant 1 (V1) with reprogrammed substrate specificity ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zvt
タイトルCaspase-7 Variant 1 (V1) with reprogrammed substrate specificity due to Y230A/W232M/S234N substitutions, bound to VEID inhibitor.
要素
  • (Caspase-7) x 2
  • VEID inhibitor
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Directed Evolution / Protease / Peptide Inhibitor / designed active site specificity / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase-7 / lymphocyte apoptotic process / positive regulation of plasma membrane repair / cellular response to staurosporine / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / fibroblast apoptotic process / execution phase of apoptosis ...caspase-7 / lymphocyte apoptotic process / positive regulation of plasma membrane repair / cellular response to staurosporine / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / fibroblast apoptotic process / execution phase of apoptosis / Apoptotic cleavage of cellular proteins / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / response to UV / striated muscle cell differentiation / cysteine-type peptidase activity / protein maturation / protein catabolic process / protein processing / fibrillar center / positive regulation of neuron apoptotic process / peptidase activity / heart development / cellular response to lipopolysaccharide / neuron apoptotic process / aspartic-type endopeptidase activity / defense response to bacterium / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / proteolysis / extracellular space / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Caspase-like / Rossmann fold - #1460 / Peptidase C14 family / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain ...Caspase-like / Rossmann fold - #1460 / Peptidase C14 family / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-L-valyl-L-alpha-glutamyl-N-[(2S)-1-carboxy-3-hydroxypropan-2-yl]-L-isoleucinamide / Caspase-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Hardy, J.A. / MacPherson, D.J. / Hill, M.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM080532 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Reprogramming Caspase-7 Specificity by Regio-Specific Mutations and Selection Provides Alternate Solutions for Substrate Recognition.
著者: Hill, M.E. / MacPherson, D.J. / Wu, P. / Julien, O. / Wells, J.A. / Hardy, J.A.
履歴
登録2015年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月6日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase-7
B: Caspase-7
C: Caspase-7
D: Caspase-7
E: VEID inhibitor
F: VEID inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5596
ポリマ－71,5596
非ポリマー00
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15940 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area17830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.370, 88.370, 186.491
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C
12chain B
22chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRchain AAA58 - 19658 - 196
21THRTHRchain CCC357 - 49657 - 196
12TYRTYRchain BBB211 - 30313 - 105
22TYRTYRchain DDD511 - 60313 - 105

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Caspase-7 / CASP-7 / Apoptotic protease Mch-3 / CMH-1 / ICE-like apoptotic protease 3 / ICE-LAP3


分子量: 22189.203 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 34-231 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP7, MCH3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P55210, caspase-7
#2: タンパク質 Caspase-7 / CASP-7 / Apoptotic protease Mch-3 / CMH-1 / ICE-like apoptotic protease 3 / ICE-LAP3


分子量: 13103.715 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 232-336 / Mutation: Y230A, W232M, S234N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP7, MCH3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P55210, caspase-7
#3: タンパク質・ペプチド VEID inhibitor


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 486.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
参照: N-acetyl-L-valyl-L-alpha-glutamyl-N-[(2S)-1-carboxy-3-hydroxypropan-2-yl]-L-isoleucinamide
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.38 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 300 mM Diammonium Hydrogen Citrate, 14% PEG 3350, 10 mM Guanidinium Chloride, 10 mM Dithiotheritol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年6月4日
放射モノクロメーター: Osmic Blue / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→59.16 Å / Num. obs: 20141 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 103000 / Scaling rejects: 61
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.85-34.50.6961.91285828390.8110.33898
9.01-59.166.20.04221.145157310.9950.01899.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
MOSFLM7.0.9データ削減
SCALA0.1.27データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EDR

3edr


解像度: 2.85→48.251 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 24.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 972 4.84 %
Rwork0.1995 --
obs0.2012 20086 98.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.62 Å2 / Biso mean: 52.1626 Å2 / Biso min: 28.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→48.251 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3781 0 0 4 3785
Biso mean---37.39 -
残基数----475
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1274X-RAY DIFFRACTION5.333TORSIONAL
12C1274X-RAY DIFFRACTION5.333TORSIONAL
21B870X-RAY DIFFRACTION5.333TORSIONAL
22D870X-RAY DIFFRACTION5.333TORSIONAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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