PDB-4zun: Crystal structure of acetylpolyamine amidohydrolase from Mycoplan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zun

タイトル

Crystal structure of acetylpolyamine amidohydrolase from Mycoplana ramosa in complex with a thiol inhibitor

要素

Acetylpolyamine aminohydrolase

キーワード

Hydrolase/Hydrolase inhibitor / acetylpolyamine amidohydrolase / arginase fold / enzyme-inhibitor complex / polyamine / Hydrolase-Hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylspermidine deacetylase / acetylspermidine deacetylase activity / acetylputrescine deacetylase / acetylputrescine deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / histone deacetylase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycoplana ramosa (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Decroos, C. / Christianson, D.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Design, Synthesis, and Evaluation of Polyamine Deacetylase Inhibitors, and High-Resolution Crystal Structures of Their Complexes with Acetylpolyamine Amidohydrolase.
著者: Decroos, C. / Christianson, D.W.

履歴

登録	2015年5月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月5日	Group: Database references
改定 1.2	2015年8月12日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zun.cif.gz	298.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zun.ent.gz	240.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zun.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4zun_validation.pdf.gz	456.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zun_full_validation.pdf.gz	459.4 KB	表示
XML形式データ	4zun_validation.xml.gz	34.6 KB	表示
CIF形式データ	4zun_validation.cif.gz	54.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/4zun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/4zun	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4zumC 4zuoC 4zupC 4zuqC 4zurC 3q9bS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3q9b-4 3q9b-5 3q9e-1 3q9f-6 4zur-d 3q9c-6 3q9b-2 3q9e-6 3q9f-5 3q9b-1 3q9f-1 3q9e-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acetylpolyamine aminohydrolase

B: Acetylpolyamine aminohydrolase

ヘテロ分子

73.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.859, 120.993, 64.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.03, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Acetylpolyamine aminohydrolase 分子量: 36369.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycoplana ramosa (バクテリア) / 遺伝子: aphA, aph / プラスミド: pET-21b / 発現宿主: Escherichia coli / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q48935

-
非ポリマー , 6種, 856分子

#2: 化合物	ChemComp-SS9 / 5-[(3-aminopropyl)amino]pentane-1-thiol 分子量: 176.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₂₀N₂S
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 843 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.67 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M LiNO3, 20% (w/v) PEG 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月24日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→41.8 Å / Num. obs: 134698 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 23.1
反射シェル	解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.795 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1833	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3Q9B

3q9b

解像度: 1.4→41.783 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.164	6776	5.03 %
R_work	0.1456	-	-
obs	0.1466	134649	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→41.783 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5127	0	48	843	6018

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5665
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.298	7716
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.416	2037
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	812
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1032

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3974-1.4133	0.2151	203	0.228	4019	X-RAY DIFFRACTION	95
1.4133-1.43	0.2402	238	0.2165	4230	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.4474	0.2131	232	0.2065	4314	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4474-1.4657	0.2079	201	0.1962	4236	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4657-1.485	0.2286	224	0.1883	4255	X-RAY DIFFRACTION	100
1.485-1.5054	0.2108	218	0.1762	4322	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5054-1.5269	0.1835	202	0.169	4220	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5269-1.5497	0.1879	212	0.1606	4297	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5497-1.5739	0.1722	229	0.1522	4239	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5739-1.5997	0.206	220	0.1475	4314	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5997-1.6273	0.1637	238	0.1454	4210	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6273-1.6568	0.1789	232	0.1447	4287	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6568-1.6887	0.1645	226	0.1358	4248	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6887-1.7232	0.1624	208	0.1395	4305	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7232-1.7607	0.1541	228	0.1427	4205	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7607-1.8016	0.1687	195	0.143	4354	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8016-1.8467	0.1667	230	0.1414	4258	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8467-1.8966	0.159	216	0.1419	4270	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8966-1.9524	0.1692	247	0.1453	4259	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9524-2.0154	0.1715	247	0.1448	4233	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0154-2.0875	0.1808	239	0.1428	4250	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0875-2.171	0.1681	244	0.1436	4252	X-RAY DIFFRACTION	100
2.171-2.2698	0.1611	218	0.1362	4262	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2698-2.3895	0.1605	245	0.1476	4308	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3895-2.5392	0.1783	209	0.1498	4261	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5392-2.7352	0.1741	223	0.1446	4285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7352-3.0104	0.1653	245	0.1473	4281	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0104-3.4458	0.1584	239	0.1411	4269	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4458-4.3406	0.1288	226	0.1239	4305	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3406-41.8016	0.1412	242	0.1428	4325	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3792	0.1848	-0.1883	4.6628	-2.5117	2.1601	0.0166	-0.0631	-0.0489	0.0123	-0.1185	-0.2131	-0.0347	0.153	0.1363	0.089	-0.0126	-0.0047	0.1564	0.0067	0.1582	-4.6266	17.8194	-26.665
2	0.3817	0.3501	-0.3174	1.569	-0.7529	0.7527	0.0729	-0.061	0.0377	0.2191	-0.0336	-0.0156	-0.1701	0.0698	-0.0394	0.1491	-0.0098	0.0074	0.1195	-0.0105	0.1156	-17.2706	17.0403	-15.8004
3	1.8872	0.0573	-0.1448	1.8254	-0.7773	2.0613	0.053	0.0326	0.1052	0.0062	-0.0282	0.0883	-0.1077	0.0171	-0.0111	0.0863	0.0008	0.0064	0.0682	-0.0109	0.0853	-19.6251	20.1419	-26.7419
4	1.5662	-0.4085	-0.222	2.6884	-0.4522	1.7362	0.0381	0.0341	0.0562	-0.0459	-0.0084	0.1241	0.0304	-0.074	-0.0219	0.0733	0.0011	-0.0158	0.0918	0.008	0.0741	-25.1988	11.3508	-31.7063
5	4.5988	-1.1976	-2.6389	2.3332	0.6238	2.912	0.0099	-0.0369	0.0268	-0.1688	0.0283	0.1192	0.1655	-0.0654	-0.0293	0.1217	-0.0127	-0.0425	0.0947	0.0164	0.0863	-26.8355	4.6918	-36.4145
6	8.2587	-4.4453	-1.2686	4.1702	0.1964	1.2489	0.1374	0.4336	-0.0291	-0.3642	-0.1329	0.2053	0.0394	-0.2373	-0.0026	0.188	-0.0047	-0.0459	0.1497	0.0212	0.1147	-26.0783	12.2057	-45.7308
7	1.3367	0.2585	-0.4752	1.9613	-0.37	1.6766	-0.0029	0.0073	-0.005	-0.1923	-0.0165	-0.0899	0.0776	0.1143	0.0147	0.1128	0.0112	0.005	0.0924	0.0135	0.0727	-13.3374	16.5821	-41.246
8	0.3755	0.2807	-0.3238	4.404	-2.8803	2.4925	-0.0253	-0.0085	0.059	0.0888	-0.1394	-0.1919	-0.0144	0.204	0.1969	0.1	0.0201	-0.0209	0.1585	0.0112	0.1509	-7.3151	-16.6054	-2.3157
9	0.4653	-0.1621	0.1619	1.3096	-0.7233	1.4034	0.0063	0.0455	-0.0272	-0.2373	-0.0026	0.0055	0.2544	0.0151	0.0007	0.1998	0.0199	-0.0201	0.1273	-0.0097	0.126	-17.3485	-23.2535	-13.9372
10	1.6371	-1.193	0.7243	2.3693	-0.9945	1.0318	0.0604	0.026	0.0461	-0.1403	-0.0722	-0.1396	0.1159	0.1116	0.0028	0.1183	0.001	0.0009	0.1149	0.0064	0.1034	-17.0196	-5.3974	-20.9774
11	0.762	-0.3018	-0.0511	1.3016	-0.4082	1.2743	0.0234	-0.0007	-0.088	-0.0581	0.0607	0.1572	0.0974	-0.063	-0.0766	0.1004	-0.0073	-0.0246	0.1029	0.0171	0.1107	-24.2754	-17.2438	-4.3282
12	1.5681	0.4924	0.6346	2.0372	-0.4503	2.069	0.0339	-0.0339	-0.0278	0.2231	0.1659	0.3125	-0.1801	-0.2546	-0.1638	0.1223	0.0474	0.064	0.1366	0.0514	0.1648	-31.9772	-7.8219	6.4179
13	0.976	-0.0194	0.3647	1.9384	-0.7825	2.1728	0.0388	-0.009	0.0013	0.1625	-0.0218	-0.007	-0.072	0.0997	-0.0133	0.0953	0.0147	0.0118	0.0978	0.0186	0.0792	-18.8994	-15.7495	9.8858

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 42 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 43 through 143 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 144 through 183 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 184 through 229 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 230 through 254 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 255 through 272 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 273 through 341 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 42 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 43 through 80 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 81 through 123 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 124 through 229 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 230 through 272 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 273 through 341 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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