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- PDB-4zty: Neurospora crassa cobalamin-independent methionine synthase compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zty
タイトルNeurospora crassa cobalamin-independent methionine synthase complexed with Cd2+
要素Cobalamin-Independent Methionine synthase
キーワードTRANSFERASE / homocysteine / methyltetrahydrofolate / tim barrel (alpha/beta barrel) / methionine synthesis / methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-methionine biosynthetic process from L-homoserine via O-acetyl-L-homoserine / 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine S-methyltransferase / 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine S-methyltransferase activity / methylation / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Cobalamin-independent methionine synthase / Cobalamin-independent methionine synthase MetE, N-terminal / Cobalamin-independent synthase, N-terminal domain / Cobalamin-independent methionine synthase MetE, C-terminal/archaeal / Cobalamin-independent synthase, Catalytic domain / TIM Barrel - #210 / UROD/MetE-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NITRATE ION / 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine S-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Wheatley, R.W. / Ng, K.K. / Kapoor, M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2015
タイトル: Fungal cobalamin-independent methionine synthase: Insights from the model organism, Neurospora crassa.
著者: Wheatley, R.W. / Ng, K.K. / Kapoor, M.
履歴
登録2015年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月30日Group: Database references
改定 1.22016年1月6日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cobalamin-Independent Methionine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,53512
ポリマ－86,4311
非ポリマー1,10511
水14,646813
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area30670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.045, 95.198, 115.124
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cobalamin-Independent Methionine synthase


分子量: 86430.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類)
参照: UniProt: Q8X1E4, 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine S-methyltransferase

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非ポリマー , 5種, 824分子

#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 813 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 22% w/v PEG3350, 200 mM potassium nitrate, 1 mM TCEP, 20% v/v glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.5498 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月7日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5498 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→39.02 Å / Num. all: 494614 / Num. obs: 494614 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 21.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/av σ(I): 0.122 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.88→1.92 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1.013 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.7データスケーリング
REFMAC5.5.0109位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.88→39.02 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.03 / 位相誤差: 20.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2018 6698 5.01 %RANDOM
Rwork0.1567 ---
obs0.159 133724 99.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→39.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6089 0 34 813 6936
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086294
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0238504
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1472349
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04939
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051105
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.88-1.90140.28771920.24564138X-RAY DIFFRACTION96
1.9014-1.92370.26812080.21894140X-RAY DIFFRACTION97
1.9237-1.94720.31332310.21554198X-RAY DIFFRACTION97
1.9472-1.97180.24692260.21614107X-RAY DIFFRACTION98
1.9718-1.99780.23632040.20114247X-RAY DIFFRACTION98
1.9978-2.02520.24361990.21254238X-RAY DIFFRACTION99
2.0252-2.05410.26112580.21784221X-RAY DIFFRACTION99
2.0541-2.08470.26072030.21864226X-RAY DIFFRACTION99
2.0847-2.11730.24522130.18794243X-RAY DIFFRACTION99
2.1173-2.1520.22912050.17854223X-RAY DIFFRACTION100
2.152-2.18910.2342460.17784259X-RAY DIFFRACTION99
2.1891-2.22890.2382380.17354253X-RAY DIFFRACTION99
2.2289-2.27180.2412410.17224213X-RAY DIFFRACTION99
2.2718-2.31820.25062060.17594255X-RAY DIFFRACTION100
2.3182-2.36860.22672470.17534237X-RAY DIFFRACTION99
2.3686-2.42370.23222080.17594223X-RAY DIFFRACTION100
2.4237-2.48430.2392260.16534292X-RAY DIFFRACTION100
2.4843-2.55140.18611830.16574255X-RAY DIFFRACTION100
2.5514-2.62650.20042220.15824288X-RAY DIFFRACTION100
2.6265-2.71120.20682360.14764236X-RAY DIFFRACTION100
2.7112-2.80810.20321910.15264359X-RAY DIFFRACTION100
2.8081-2.92050.18362600.1544127X-RAY DIFFRACTION99
2.9205-3.05340.20892230.15124272X-RAY DIFFRACTION99
3.0534-3.21430.17832430.14564222X-RAY DIFFRACTION100
3.2143-3.41560.18292800.13834255X-RAY DIFFRACTION100
3.4156-3.67910.18262580.13574227X-RAY DIFFRACTION100
3.6791-4.0490.1752060.12634254X-RAY DIFFRACTION100
4.049-4.63410.13271830.11444302X-RAY DIFFRACTION99
4.6341-5.83530.17862300.12934264X-RAY DIFFRACTION100
5.8353-39.03090.1762320.15294252X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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