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- PDB-4ztf: Crystal Structure of the Prototype Foamy Virus Intasome with a 2-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ztf
タイトルCrystal Structure of the Prototype Foamy Virus Intasome with a 2-Pyridinone Aminal Inhibitor
要素
  • 17 NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA (TRANSFERRED STRAND)
  • 19 NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA (NON-TRANSFERRED STRAND)
  • Integrase
キーワードTransferase/DNA/Inhibitor / TRANSFERASE-DNA COMPLEX / DNA INTEGRATION / VIRAL PROTEIN / RECOMBINATION-INHIBITOR-DNA COMPLEX / Transferase-DNA-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / virion component / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity ...ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / virion component / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / DNA recombination / host cell cytoplasm / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / proteolysis / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #110 / Endonuclease III; domain 1 - #70 / Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / : / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #110 / Endonuclease III; domain 1 - #70 / Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / : / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / Endonuclease III; domain 1 / SH3 type barrels. - #140 / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Helix non-globular / Special / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / SH3 type barrels. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Roll / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-X2P / DNA / DNA (> 10) / Pro-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human spumaretrovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Klein, D.J. / Patel, S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Discovery of 2-Pyridinone Aminals: A Prodrug Strategy to Advance a Second Generation of HIV-1 Integrase Strand Transfer Inhibitors.
著者: Raheem, I.T. / Walji, A.M. / Klein, D. / Sanders, J.M. / Powell, D.A. / Abeywickrema, P. / Barbe, G. / Bennet, A. / Clas, S.D. / Dubost, D. / Embrey, M. / Grobler, J. / Hafey, M.J. / ...著者: Raheem, I.T. / Walji, A.M. / Klein, D. / Sanders, J.M. / Powell, D.A. / Abeywickrema, P. / Barbe, G. / Bennet, A. / Clas, S.D. / Dubost, D. / Embrey, M. / Grobler, J. / Hafey, M.J. / Hartingh, T.J. / Hazuda, D.J. / Miller, M.D. / Moore, K.P. / Pajkovic, N. / Patel, S. / Rada, V. / Rearden, P. / Schreier, J.D. / Sisko, J. / Steele, T.G. / Truchon, J.F. / Wai, J. / Xu, M. / Coleman, P.J.
履歴
登録2015年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月4日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase
B: Integrase
C: 19 NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA (NON-TRANSFERRED STRAND)
D: 17 NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA (TRANSFERRED STRAND)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,24016
ポリマ－99,9444
非ポリマー1,29712
水2,864159
1
A: Integrase
B: Integrase
C: 19 NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA (NON-TRANSFERRED STRAND)
D: 17 NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA (TRANSFERRED STRAND)
ヘテロ分子

A: Integrase
B: Integrase
C: 19 NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA (NON-TRANSFERRED STRAND)
D: 17 NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA (TRANSFERRED STRAND)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,48132
ポリマ－199,8878
非ポリマー2,59424
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area28350 Å2
ΔGint-287 kcal/mol
Surface area56360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.450, 159.450, 124.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Integrase / Pr125Pol


分子量: 44456.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human spumaretrovirus (ウイルス) / 遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14350

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 19 NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA (NON-TRANSFERRED STRAND)


分子量: 5834.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Human spumaretrovirus (ウイルス)
#3: DNA鎖 17 NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA (TRANSFERRED STRAND)


分子量: 5195.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Human spumaretrovirus (ウイルス)

-
非ポリマー , 6種, 171分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-X2P / (1R,2R,5S)-8'-(3-chloro-4-fluorobenzyl)-6'-hydroxy-2'-[(2S)-2-hydroxypropyl]-9',10'-dihydro-2'H-spiro[bicyclo[3.1.0]hexane-2,3'-imidazo[5,1-a][2,6]naphthyridine]-1',5',7'(8'H)-trione / (3R,1′R,5′S)-2-((S)-2-ヒドロキシプロピル)-5-ヒドロキシ-7-(3-クロロ-4-フルオロベンジ(以下略)


分子量: 501.935 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H25ClFN3O5
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.83 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.25 M AMMONIUM SULFATE, 25% (V/V) GLYCEROL, 4.8% (V/V) 1,6-HEXANEDIOL, 50 MM MES-NAOH, 1MM EDTA, PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→48.858 Å / Num. obs: 44469 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 84.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 14.5 / Num. measured all: 489046
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _ / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique all
2.7-2.70911.10.9774686423
12.463-48.8589.50.0624997528

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
BUSTER-TNT2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.7→48.858 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9355 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9257 / SU R Cruickshank DPI: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.249 / SU Rfree Blow DPI: 0.199 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.199
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2146 2239 5.04 %RANDOM
Rwork0.1911 ---
obs0.1922 44406 99.98 %-
原子変位パラメータBiso max: 164.21 Å2 / Biso mean: 71.62 Å2 / Biso min: 35.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.6547 Å20 Å20 Å2
2---8.6547 Å20 Å2
3---17.3095 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.339 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→48.858 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4332 732 78 159 5301
Biso mean--81.98 62.58 -
残基数----588
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1674SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes92HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes702HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_it5344HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion702SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6056SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5344HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7453HARMONIC21.1
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.18
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.97
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2577 153 4.78 %
Rwork0.2368 3050 -
all0.2378 3203 -
obs--99.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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