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- PDB-4zsx: Structure of a fusion protein with a helix linker, 2ARH-3-3KAW-2.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zsx
タイトルStructure of a fusion protein with a helix linker, 2ARH-3-3KAW-2.0
要素Uncharacterized Fusion Protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / protein design / bionanotechnology / protein assembly / symmetry / biomaterials
機能・相同性
機能・相同性情報


Uncharacterised conserved protein UCP017998 / Protein of unknown function (DUF1122) / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #360 / Protein of unknown function DUF326 / Domain of Unknown Function (DUF326) / Uncharacterized cysteine-rich protein YhjQ-like / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase ...Uncharacterised conserved protein UCP017998 / Protein of unknown function (DUF1122) / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #360 / Protein of unknown function DUF326 / Domain of Unknown Function (DUF326) / Uncharacterized cysteine-rich protein YhjQ-like / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DUF1122 domain-containing protein / Four-helix bundle copper-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Lai, Y.-T. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2015
タイトル: On the predictability of the orientation of protein domains joined by a spanning alpha-helical linker.
著者: Lai, Y.T. / Jiang, L. / Chen, W. / Yeates, T.O.
履歴
登録2015年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月4日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized Fusion Protein
B: Uncharacterized Fusion Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7726
ポリマ－68,3922
非ポリマー3804
水1,36976
1
A: Uncharacterized Fusion Protein
B: Uncharacterized Fusion Protein
ヘテロ分子

A: Uncharacterized Fusion Protein
B: Uncharacterized Fusion Protein
ヘテロ分子

A: Uncharacterized Fusion Protein
B: Uncharacterized Fusion Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,31718
ポリマ－205,1776
非ポリマー1,14012
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area19200 Å2
ΔGint-200 kcal/mol
Surface area79680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.430, 121.430, 207.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1chain AAA3 - 2953 - 295
2chain BBB3 - 2963 - 296

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized Fusion Protein


分子量: 34196.195 Da / 分子数: 2
変異: Y138F, E158A, K162A, E166A, Q208H, A209H, R212H, E290A, R293A
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア), (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
株: VF5, ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: aq_1966, PA2107 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O67778, UniProt: Q9I208
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.0M ammonium phosphate monobasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: k,h,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.19→93.832 Å / Num. obs: 57982 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.83 % / Rmerge F obs: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 0.985 / Net I/σ(I): 13.81 / Num. measured all: 338449
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.19-2.260.8240.651323860429342370.71898.7
2.26-2.320.8730.5063.7322674419141860.56199.9
2.32-2.390.930.434.4924396409940990.471100
2.39-2.460.9450.3435.5623590391439140.375100
2.46-2.540.9590.2786.6422989384538440.304100
2.54-2.630.9740.228.1422003370837070.241100
2.63-2.730.9820.1699.8220724358435820.18699.9
2.73-2.840.9870.13711.2218409343034280.15199.9
2.84-2.970.9920.11114.3320161332133210.122100
2.97-3.110.9930.09316.9419039313631340.10199.9
3.11-3.280.9940.0819.0918173303030300.087100
3.28-3.480.9950.0721.3816597282828260.07799.9
3.48-3.720.9950.06222.814232263426300.06999.8
3.72-4.020.9950.06225.8915274250625040.06899.9
4.02-4.40.9960.05926.8713832227522750.065100
4.4-4.920.9960.05727.312310207720760.063100
4.92-5.680.9940.05826.039840180818040.06599.8
5.68-6.960.9970.05927.449506154015380.06499.9
6.96-9.840.9940.05828.317092119811980.064100
9.840.9930.06528.4337486506490.07199.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ARH, 3KAW

2arh

3kaw


解像度: 2.19→93.832 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 28.46 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2492 2958 5.1 %
Rwork0.2277 55008 -
obs0.2294 57982 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 118.58 Å2 / Biso mean: 53.3913 Å2 / Biso min: 26.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.19→93.832 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4766 0 20 76 4862
Biso mean--40.14 41.7 -
残基数----587
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134890
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4436577
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062672
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006863
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7291857
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2716X-RAY DIFFRACTION4.034TORSIONAL
12B2716X-RAY DIFFRACTION4.034TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.19-2.2380.3811640.39362732289694
2.238-2.27870.37641430.35872742288595
2.2787-2.32250.35931300.3572734286495
2.3225-2.36990.36281530.34632749290295
2.3699-2.42140.31441520.33352789294195
2.4214-2.47780.33581510.31862735288695
2.4778-2.53970.33831590.31272732289194
2.5397-2.60840.30911490.32092750289995
2.6084-2.68520.30411560.29842720287695
2.6852-2.77180.29311540.29622782293695
2.7718-2.87090.29691340.28992744287895
2.8709-2.98590.30941460.28972781292795
2.9859-3.12170.31141450.26722729287495
3.1217-3.28630.27181450.26242770291595
3.2863-3.49220.23091470.22222740288795
3.4922-3.76190.24211470.21232755290295
3.7619-4.14040.22251440.19392752289695
4.1404-4.73940.19691450.15992763290895
4.7394-5.97080.20711460.17652748289495
5.9708-73.95570.19971480.18792761290995

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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