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万見
- PDB-4zst: Crystal structure of Brevundimonas diminuta phosphotriesterase mu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zst
タイトルCrystal structure of Brevundimonas diminuta phosphotriesterase mutant L7eP-3a
要素Parathion hydrolase
キーワードHYDROLASE / Bacterial Proteins / Enzymes / Catalysis / Amidohydrolase / Chemical Warfare Agents / VX nerve agent / VR nerve agent
機能・相同性
機能・相同性情報


aryldialkylphosphatase / aryldialkylphosphatase activity / catabolic process / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Aryldialkylphosphatase, zinc-binding site / Phosphotriesterase family signature 1. / Phosphotriesterase / Phosphotriesterase family / Phosphotriesterase family profile. / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / TIM Barrel ...Aryldialkylphosphatase, zinc-binding site / Phosphotriesterase family signature 1. / Phosphotriesterase / Phosphotriesterase family / Phosphotriesterase family profile. / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Parathion hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Brevundimonas diminuta (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.011 Å
データ登録者Mabanglo, M.F. / Raushel, F.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA)HDTRA1-14-1-0004 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM68550 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Variants of Phosphotriesterase for the Enhanced Detoxification of the Chemical Warfare Agent VR.
著者: Bigley, A.N. / Mabanglo, M.F. / Harvey, S.P. / Raushel, F.M.
履歴
登録2015年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Data collection / Database references
改定 1.22016年6月1日Group: Data collection
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.62023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Parathion hydrolase
B: Parathion hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3096
ポリマ－73,0732
非ポリマー2364
水6,900383
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area22610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.528, 80.638, 78.726
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.600, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Parathion hydrolase / Phosphotriesterase / PTE


分子量: 36536.664 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 30-365
変異: I106C, F132V, H254Q, H257Y, A270V, L272M, I274N, S308L
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevundimonas diminuta (バクテリア)
遺伝子: opd / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A434, aryldialkylphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM sodium cacodylate pH 5.5-7.0, 0.2 M magnesium acetate, 15-30% PEG 8000
PH範囲: 5.5-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-h-l / Fraction: 0.12
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 35603 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 13.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1108)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DPM

1dpm


解像度: 2.011→29.611 Å / FOM work R set: 0.8276 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.85 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2137 2022 5.68 %
Rwork0.1576 33595 -
obs0.1608 35603 98.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.5 Å2 / Biso mean: 27.13 Å2 / Biso min: 16.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.011→29.611 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5028 0 4 383 5415
Biso mean--30.07 34.06 -
残基数----658
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075116
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1056949
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066814
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005899
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2841861
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0121-2.06240.34691350.2232316245189
2.0624-2.11810.27721400.2122340248092
2.1181-2.18040.24281400.19692347248792
2.1804-2.25070.22961420.19312424256693
2.2507-2.33110.23521400.18312361250192
2.3311-2.42440.25971410.18372400254193
2.4244-2.53460.22421440.17722412255693
2.5346-2.66810.23721430.17342397254094
2.6681-2.83510.23871440.16552434257893
2.8351-3.05360.20131400.16572418255894
3.0536-3.36030.19771440.15032420256494
3.3603-3.84510.19511470.13192435258294
3.8451-4.83890.16991480.11182423257193
4.8389-25.32230.18261470.13542468261593
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.3235 Å / Origin y: -1.3703 Å / Origin z: -16.7997 Å
111213212223313233
T0.2275 Å2-0.0039 Å2-0.0111 Å2-0.1579 Å2-0.0017 Å2--0.2142 Å2
L0.1326 °2-0.0293 °20.0635 °2-0.1044 °2-0.0982 °2--0.5944 °2
S-0.0116 Å °-0.0043 Å °-0.0021 Å °-0.0062 Å °-0.0021 Å °-0.0016 Å °-0.0063 Å °-0.0089 Å °0.0136 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA35 - 363
2X-RAY DIFFRACTION1allB35 - 363
3X-RAY DIFFRACTION1allC1
4X-RAY DIFFRACTION1allD1
5X-RAY DIFFRACTION1allE1
6X-RAY DIFFRACTION1allF1
7X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 414

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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