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- PDB-4zrz: PlyCB mutant R66E -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zrz
タイトルPlyCB mutant R66E
要素PlyCB
キーワードAntimicrobial protein / Viral protein / bacteriocidal / bacteriophage lysin / cell-binding subunit / octameric / cell-wall-cutting
機能・相同性
機能・相同性情報


killing of cells of another organism / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 - #190 / : / : / Streptococcus virus C1, PlyCB / Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endolysin PlyC, small cell-wall binding subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus phage C1 (ファージ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Gallagher, D.T. / Nelson, D.C. / Shen, Y.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: A bacteriophage endolysin that eliminates intracellular streptococci.
著者: Shen, Y. / Barros, M. / Vennemann, T. / Gallagher, D.T. / Yin, Y. / Linden, S.B. / Heselpoth, R.D. / Spencer, D.J. / Donovan, D.M. / Moult, J. / Fischetti, V.A. / Heinrich, F. / Losche, M. / Nelson, D.C.
履歴
登録2015年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Data collection / Source and taxonomy
改定 1.22019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PlyCB
B: PlyCB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6802
ポリマ－15,6802
非ポリマー00
水1,892105
1
A: PlyCB
B: PlyCB

A: PlyCB
B: PlyCB

A: PlyCB
B: PlyCB

A: PlyCB
B: PlyCB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7198
ポリマ－62,7198
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
Buried area12520 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area22480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.428, 130.428, 130.428
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number211
Space group name H-MI432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-131-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PlyCB


分子量: 7839.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus phage C1 (ファージ)
遺伝子: orf9 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7Y3F3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 14 mg/mL ptn, 43% MPD, 30 mM AmSO4, 70 mM Na Hepes

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→19.66 Å / Num. obs: 20025 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5.18 % / Rmerge(I) obs: 0.028 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 25.4 / Num. measured all: 104605 / Scaling rejects: 785
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2Rejects% possible all
1.72-1.782.250.4172.7388117111.452485.2
1.78-1.853.190.2914.3617019121.397095.6
1.85-1.945.010.21861009219961.249299.8
1.94-2.045.760.1518.61176120201.1132100
2.04-2.175.810.10511.61182020170.96101100
2.17-2.335.850.077161193120190.8911299.9
2.33-2.575.880.06119.71202620320.8678100
2.57-2.945.920.042291216020450.8450100
2.94-3.75.890.02646.81225320730.8444100
3.7-19.665.650.01976.81251122000.9182100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
d*TREK9.9.8.6 W9RSSIデータ削減
d*TREK9.9.8.6 W9RSSIデータスケーリング
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F87

4f87


解像度: 1.72→14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / WRfactor Rfree: 0.2492 / WRfactor Rwork: 0.2174 / FOM work R set: 0.8182 / SU B: 2.181 / SU ML: 0.071 / SU R Cruickshank DPI: 0.1022 / SU Rfree: 0.1034 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2492 1030 5.2 %RANDOM
Rwork0.2174 ---
obs0.219 18961 97.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 82.67 Å2 / Biso mean: 33.254 Å2 / Biso min: 19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.72→14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数944 0 0 105 1049
Biso mean---47.98 -
残基数----124
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.019958
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02900
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3821.9341289
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94232069
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6515122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.0782645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.47215163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.521152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021108
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3183.134494
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3123.125493
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5654.659614
LS精密化 シェル解像度: 1.72→1.764 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.443 49 -
Rwork0.4 1181 -
all-1230 -
obs--83.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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