PDB-4zrs: Crystal structure of a cloned feruloyl esterase from a soil metag...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zrs

タイトル

Crystal structure of a cloned feruloyl esterase from a soil metagenomic library

要素

Esterase

キーワード

HYDROLASE / feruloyl esterase / metagenomic library

機能・相同性

: / BD-FAE / Lipase, GDXG, putative histidine active site / Lipolytic enzymes "G-D-X-G" family, putative histidine active site. / : / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Esterase

機能・相同性情報

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Xie, W. / Chen, R. / Cao, L. / Liu, Y.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2015
タイトル: Enhancing the Thermostability of Feruloyl Esterase EstF27 by Directed Evolution and the Underlying Structural Basis
著者: Cao, L.C. / Chen, R. / Xie, W. / Liu, Y.H.

履歴

登録	2015年5月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zrs.cif.gz	138.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zrs.ent.gz	106 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zrs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zrs_validation.pdf.gz	464.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zrs_full_validation.pdf.gz	472.5 KB	表示
XML形式データ	4zrs_validation.xml.gz	30.8 KB	表示
CIF形式データ	4zrs_validation.cif.gz	45.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/4zrs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/4zrs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4nspS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1tpu-d 5m0t-d 3ain-1 3aim-1 3aio-1 1zco-d 6coi-d 4o50-1 4myb-1 6myv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Esterase

B: Esterase

ヘテロ分子

67.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.156, 101.790, 69.822
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.62, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.999961, -0.008652, -0.001736), (-0.008653, -0.999963, -0.000424), (-0.001733, 0.000439, -0.999998)	0.19362, 17.91032, 65.31759

#1: タンパク質	Esterase / feruloyl esterase 分子量: 33453.750 Da / 分子数: 2 / 変異: T27I, S84L, V161I, H195L, G243C, A259V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E7DJY5
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 615 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.6 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.2 M ammonium sulfate, 100 mM HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.54056 Å
検出器	タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54056 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→65.35 Å / Num. obs: 45906 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
CrysalisPro		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NSP

4nsp

解像度: 2→65.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 3.541 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1993	2322	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15001	-	-	-
obs	0.15247	43584	99.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.827 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.28 Å²	0 Å²	0.2 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→65.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4438	0	12	615	5065

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	4563
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4261
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.74	1.957	6201
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.424	3	9781
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.151	5	582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.681	23.266	199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.474	15	678
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.814	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	672
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	5246
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	1072
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.545	1.648	2334
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.544	1.647	2333
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.284	2.459	2914
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.283	2.46	2915
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.689	1.916	2229
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.689	1.916	2229
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.101	2.758	3288
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.471	15.307	5826
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.471	15.307	5826
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	184	-
R_work	0.222	3209	-
obs	-	-	99.97 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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