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- PDB-4zr7: The structure of a domain of a functionally unknown protein from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zr7
タイトルThe structure of a domain of a functionally unknown protein from Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
要素Sensor histidine kinase ResE
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling via phosphorelay pathway / phosphorelay response regulator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein kinase activator activity / membrane raft / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ResE, histidine kinase sensor domain / Histidine kinase sensor domain / : / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain ...ResE, histidine kinase sensor domain / Histidine kinase sensor domain / : / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Sensor histidine kinase ResE
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Tan, K. / Li, H. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094585 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of a domain of a functionally unknown protein from Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
著者: Tan, K. / Li, H. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.
履歴
登録2015年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor histidine kinase ResE
B: Sensor histidine kinase ResE
C: Sensor histidine kinase ResE
D: Sensor histidine kinase ResE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,38114
ポリマ－57,0034
非ポリマー37810
水3,009167
1
A: Sensor histidine kinase ResE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3574
ポリマ－14,2511
非ポリマー1063
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Sensor histidine kinase ResE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3574
ポリマ－14,2511
非ポリマー1063
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Sensor histidine kinase ResE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2862
ポリマ－14,2511
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Sensor histidine kinase ResE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3814
ポリマ－14,2511
非ポリマー1303
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.689, 58.689, 131.568
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質
Sensor histidine kinase ResE


分子量: 14250.668 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 40-162 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: resE, ypxE, BSU23110 / プラスミド: PMCSG68 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE)MAGIC / 参照: UniProt: P35164, histidine kinase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1M Lithium Chloride, 0.1M Sodium Acetate, 30% (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→30 Å / Num. obs: 37320 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 15.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 34.5
反射 シェル解像度: 1.86→1.89 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.791 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.86→29.345 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.2 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2449 1697 4.93 %random
Rwork0.171 ---
obs0.1775 34435 92.29 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→29.345 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3670 0 13 167 3850
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063726
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8865039
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4591376
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06595
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003652
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8591-1.91370.31451160.19951826X-RAY DIFFRACTION59
1.9137-1.97530.30611300.18562126X-RAY DIFFRACTION69
1.9753-2.04570.2827940.18582436X-RAY DIFFRACTION80
2.0457-2.12750.24321180.18912735X-RAY DIFFRACTION88
2.1275-2.2240.25041640.18282932X-RAY DIFFRACTION94
2.224-2.34090.26651320.17892952X-RAY DIFFRACTION96
2.3409-2.48690.24821490.1872936X-RAY DIFFRACTION95
2.4869-2.6780.29541900.19682964X-RAY DIFFRACTION94
2.678-2.94580.271450.18872912X-RAY DIFFRACTION95
2.9458-3.36810.22691650.17532934X-RAY DIFFRACTION94
3.3681-4.22850.20861440.14792976X-RAY DIFFRACTION95
4.2285-15.28180.20981450.15472953X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6431-0.2494-0.3862.25230.71412.4359-0.1744-0.20830.26950.3315-0.03660.1380.03020.1936-0.00770.1668-0.01060.03530.116-0.00410.133418.800630.8264126.2446
24.44630.17270.41292.68440.82950.85340.10.011-0.08180.202-0.07670.0183-0.07220.1056-0.09320.1761-0.0080.01860.1272-0.00340.07222.995718.5634122.8741
33.2893-0.1433-0.26851.56130.47281.02220.09390.0121-0.15190.1675-0.00580.1127-0.20760.3688-0.00340.2056-0.00810.03870.09610.03720.077412.170619.8368121.8596
42.16930.88870.11831.31920.02570.03470.0544-0.4855-0.040.3330.02380.55720.0956-0.0237-0.07060.3029-0.04760.06910.15790.00790.11857.415518.4324128.656
58.5621.7482-1.60823.7737-3.03226.8987-0.22210.66580.0916-0.44920.17220.79710.3956-0.49880.0840.2117-0.06460.00410.1468-0.01190.15670.336323.2485118.8017
63.7659-0.219-0.59223.1563-0.56012.7199-0.13990.42590.7004-0.12810.00940.2886-0.2562-0.14030.0160.2390.072-0.08590.15480.06850.26945.086532.3774118.0651
73.97325.11470.31696.58270.41010.02520.4064-0.58680.92360.74-0.42590.571-0.0648-0.29230.16140.3036-0.05710.06860.1996-0.06490.2841-2.875322.7088129.7602
84.1016-0.0657-1.25993.6041-0.10954.19990.0130.13510.3577-0.3006-0.03240.05730.20960.0534-0.01280.1537-0.05210.01580.08620.01380.150312.9628.6107120.7649
93.3674-0.3060.63923.1931-0.10820.98510.10260.09310.2431-0.16110.06480.07360.07790.0116-0.04250.11240.02710.01610.08380.02160.156110.918127.2627124.022
102.41230.9487-0.60984.14930.47221.66440.15590.07550.1192-0.1647-0.1958-0.10640.15110.0536-0.00210.09620.04720.00260.10080.01660.2112-8.90814.0445122.1548
115.2496-0.3931-0.10984.640.47933.06230.1295-0.14190.09560.09080.06960.06650.47220.0175-0.16460.1284-0.023-0.00470.13690.02270.0989-17.24089.9175125.6529
126.82594.8923-6.18678.6896-3.42625.8034-0.17210.6760.5277-0.8458-0.05660.6363-0.0351-0.80840.0940.1846-0.0069-0.05430.22750.01770.1638-21.114812.3187119.9289
133.64561.94750.90314.44980.37962.41750.2922-0.6554-0.22090.4826-0.26250.60720.0138-0.2180.17770.1499-0.03910.04040.15360.00490.264-28.99436.2969128.3384
143.76950.77340.15713.10450.75112.17120.2133-0.6184-0.54510.4703-0.29830.14040.2739-0.01460.0220.2456-0.04460.02380.11010.06580.3052-24.1295-2.7957128.9591
154.698-3.99841.99069.6809-2.49920.9470.17490.33670.2102-0.801-0.3316-0.124-0.1026-0.07160.11280.22780.04950.05140.201-0.06980.2571-32.05366.9729117.1494
163.43510.07641.13542.98571.07323.80170.0231-0.3779-0.0340.1233-0.00780.0831-0.0766-0.00820.02710.2163-0.02310.00560.1327-0.00010.0778-17.51831.8322124.6399
173.1723-0.41810.04593.9659-0.16860.77770.0935-0.07150.01460.0807-0.0565-0.3488-0.11220.0048-0.01880.0988-0.03140.02170.115-0.01080.1851-21.674728.9744124.0574
180.88210.2591-0.67084.64570.2321.1279-0.15030.34840.57-0.1592-0.3132-0.1066-0.5740.06460.37840.18080.0317-0.09520.20140.05150.4575-9.227234.8097124.6022
193.1606-0.48160.23824.08361.00077.16690.1595-0.13940.2690.4125-0.0945-0.43280.16890.31140.02050.1839-0.0372-0.0290.1236-0.07780.2329-12.611343.6367125.7913
204.1212.8883-0.43898.3963-4.33816.9471-0.0058-0.34130.1412-0.0699-0.27390.00750.3066-0.02340.34810.16180.0086-0.01640.1133-0.03390.0988-20.640535.4143127.3988
214.969-0.127-0.36714.63380.50135.19130.0883-0.3321-0.18360.15270.09230.35890.279-0.377-0.1260.1157-0.00860.02630.1008-0.04250.2424-18.932934.6939126.2248
221.905-1.15070.36768.522-4.25325.1230.00970.1294-0.5375-0.03670.0880.40640.3966-0.2203-0.15460.1410.0004-0.02420.1308-0.02690.22242.4496-7.3037126.2865
234.06132.4373-1.84227.56840.1781.520.11970.1652-0.18160.2124-0.2103-0.2069-0.1648-0.29990.01010.1330.0234-0.00540.1085-0.04090.08545.88058.1682122.9227
241.30220.046-0.08021.1334-0.66732.15460.0453-0.29680.08310.19770.0436-0.1010.18440.01370.13420.5757-0.0116-0.06990.2239-0.12880.071111.8118-1.807128.9307
257.8246-3.25945.44286.2411-2.68615.70890.49551.09530.0547-0.5359-0.336-0.16680.19710.3065-0.07390.12790.06180.0120.289-0.01290.451116.12023.2144116.0499
261.21780.3727-2.78720.1814-0.93396.48-0.1233-0.167-0.20.36710.1447-0.67680.59580.6995-0.03120.21020.0376-0.0960.2325-0.08040.592117.7352-0.933128.1762
274.8184.6155-4.0014.7069-5.0948.8857-0.4397-0.0396-0.1901-0.37390.0669-1.25470.67250.50210.24030.2497-0.0054-0.0260.21190.01920.587821.5229-7.7014118.6842
281.3982-1.21860.0261.6607-0.04751.06970.25770.3078-0.3301-0.5779-0.2433-0.0432-0.3841-0.14870.01030.57080.1012-0.03530.1753-0.01010.299212.666-13.0881116.681
296.7939-3.1971-0.64312.3098-1.76955.39810.1361-0.22110.04630.08930.23550.4487-0.60660.1664-0.40510.2554-0.0311-0.00450.15550.02160.311724.0895-16.6335130.7971
303.1058-1.44452.49343.6676-4.49975.73270.17010.403-0.0368-0.1254-0.01710.2835-0.5882-0.0779-0.05470.44640.0974-0.04380.3084-0.04990.13487.9193-3.6689117.3082
313.2127-1.38241.5233.4345-4.85857.68640.41490.1993-0.01930.0818-0.091-0.0810.70890.32-0.29420.30010.0086-0.04710.1438-0.06470.146711.1411-7.0696123.5637
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 41 through 59 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 60 through 73 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 74 through 91 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 92 through 103 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 104 through 110 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 111 through 127 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 128 through 137 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 138 through 147 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 148 through 162 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 41 through 73 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 74 through 91 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 92 through 103 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 104 through 110 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 111 through 127 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 128 through 137 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 138 through 162 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 41 through 91 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 92 through 110 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 111 through 137 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 138 through 147 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 148 through 161 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 37 through 59 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 60 through 73 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 74 through 83 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 84 through 91 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 92 through 103 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 104 through 110 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 111 through 127 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 128 through 137 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 138 through 150 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 151 through 161 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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