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- PDB-4zr1: Hydroxylase domain of scs7p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zr1
タイトルHydroxylase domain of scs7p
要素Ceramide very long chain fatty acid hydroxylase SCS7
キーワードOXIDOREDUCTASE / fatty acid hydroxylase / scs7p / fah1p / fa2h homolog / Structural Genomics / PSI-Biology / Membrane Protein Structural Biology Consortium / MPSBC
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxysphinganine ceramide fatty acyl 2-hydroxylase / dihydroceramide fatty acyl 2-hydroxylase / : / dihydroceramide fatty acyl 2-hydroxylase activity / 4-hydroxysphinganine ceramide fatty acyl 2-hydroxylase activity / inositol phosphoceramide metabolic process / fatty acid 2-hydroxylase activity / Sphingolipid de novo biosynthesis / very long-chain fatty acid metabolic process / ceramide biosynthetic process ...4-hydroxysphinganine ceramide fatty acyl 2-hydroxylase / dihydroceramide fatty acyl 2-hydroxylase / : / dihydroceramide fatty acyl 2-hydroxylase activity / 4-hydroxysphinganine ceramide fatty acyl 2-hydroxylase activity / inositol phosphoceramide metabolic process / fatty acid 2-hydroxylase activity / Sphingolipid de novo biosynthesis / very long-chain fatty acid metabolic process / ceramide biosynthetic process / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Fatty acid hydroxylase / Sterol desaturase Scs7 / Fatty acid hydroxylase / Cytochrome b5, heme-binding site / Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature. / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain superfamily / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIDECANE / Ceramide very long chain fatty acid hydroxylase SCS7
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6008 Å
データ登録者Zhu, G. / Koszelak-Rosenblum, M. / Malkowski, M.G. / Membrane Protein Structural Biology Consortium (MPSBC)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54 GM094611 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: The Crystal Structure of an Integral Membrane Fatty Acid alpha-Hydroxylase.
著者: Zhu, G. / Koszelak-Rosenblum, M. / Connelly, S.M. / Dumont, M.E. / Malkowski, M.G.
履歴
登録2015年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references
改定 1.22015年12月23日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62024年3月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ceramide very long chain fatty acid hydroxylase SCS7
B: Ceramide very long chain fatty acid hydroxylase SCS7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,15322
ポリマ－70,0782
非ポリマー4,07520
水00
1
A: Ceramide very long chain fatty acid hydroxylase SCS7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,29311
ポリマ－35,0391
非ポリマー2,25410
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ceramide very long chain fatty acid hydroxylase SCS7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,86011
ポリマ－35,0391
非ポリマー1,82210
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)202.762, 202.762, 202.762
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質 Ceramide very long chain fatty acid hydroxylase SCS7 / Ceramide VLCFA hydroxylase SCS7 / Suppressor of calcium sensitivity 7


分子量: 35038.770 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 96-384 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SCS7, FAH1, YMR272C, YM8156.14C / プラスミド: pSGP46 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ5460 / 参照: UniProt: Q03529, 酸化還元酵素
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物
ChemComp-TRD / TRIDECANE / LIPID FRAGMENT / トリデカン


分子量: 184.361 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H28

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.2 %
結晶化温度: 287 K / 手法: batch mode / pH: 5.6
詳細: 10% PEG2000, 0.1M sodium citrate, pH 5.6, 50mM (NH4)2HPO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.25 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月28日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.25 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 42589 / Num. obs: 42246 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.65 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 1.646 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 87.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.3_1479精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6008→47.791 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 2133 5.06 %Random selection
Rwork0.1973 ---
obs0.1993 42170 99.03 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6008→47.791 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4591 0 268 0 4859
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075033
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1026785
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8741989
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043663
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007803
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6008-2.66130.34931290.32982375X-RAY DIFFRACTION88
2.6613-2.72780.33921550.30332610X-RAY DIFFRACTION98
2.7278-2.80160.34681420.28332636X-RAY DIFFRACTION100
2.8016-2.8840.30241650.24732666X-RAY DIFFRACTION100
2.884-2.97710.2891520.23012668X-RAY DIFFRACTION100
2.9771-3.08350.26891390.21722685X-RAY DIFFRACTION100
3.0835-3.20690.26561430.21992676X-RAY DIFFRACTION100
3.2069-3.35280.26311280.19722669X-RAY DIFFRACTION100
3.3528-3.52950.22481400.19592702X-RAY DIFFRACTION100
3.5295-3.75060.23871480.18012681X-RAY DIFFRACTION100
3.7506-4.040.24761410.18232691X-RAY DIFFRACTION100
4.04-4.44630.19831450.18592701X-RAY DIFFRACTION100
4.4463-5.08910.22881430.17042718X-RAY DIFFRACTION100
5.0891-6.40930.23951400.19542728X-RAY DIFFRACTION100
6.4093-47.79950.21421230.19972831X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.58260.0434-0.02630.85990.17210.108-0.12520.0673-0.66980.07060.04250.10730.1007-0.15370.00120.46460.01650.12990.72110.03760.667976.226742.7794126.9834
21.64650.39650.15960.9999-0.00161.05320.07050.24090.50130.13680.11810.1056-0.54510.1221-0.00080.53850.06870.09120.66510.09180.502763.060875.8285125.0379
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 117 through 390 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 117 through 391 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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