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- PDB-4zqi: Crystal structure of Apo D-alanine-D-alanine ligase(DDL) from Yer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zqi
タイトルCrystal structure of Apo D-alanine-D-alanine ligase(DDL) from Yersinia pestis
要素D-alanine--D-alanine ligase
キーワードLIGASE / Apo
機能・相同性
機能・相同性情報


D-alanine-D-alanine ligase / D-alanine-D-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
D-alanine--D-alanine ligase/VANA/B/C, conserved site / D-alanine--D-alanine ligase / D-alanine--D-alanine ligase, N-terminal domain / D-ala D-ala ligase N-terminus / D-alanine--D-alanine ligase signature 1. / D-alanine--D-alanine ligase signature 2. / D-alanine--D-alanine ligase, C-terminal / D-ala D-ala ligase C-terminus / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain ...D-alanine--D-alanine ligase/VANA/B/C, conserved site / D-alanine--D-alanine ligase / D-alanine--D-alanine ligase, N-terminal domain / D-ala D-ala ligase N-terminus / D-alanine--D-alanine ligase signature 1. / D-alanine--D-alanine ligase signature 2. / D-alanine--D-alanine ligase, C-terminal / D-ala D-ala ligase C-terminus / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-alanine--D-alanine ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tran, H.-T. / Kang, L.-W. / Hong, M.-K. / Ngo, H.P.T. / Huynh, K.H. / Ahn, Y.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Structure of D-alanine-D-alanine ligase from Yersinia pestis: nucleotide phosphate recognition by the serine loop.
著者: Tran, H.T. / Hong, M.K. / Ngo, H.P. / Huynh, K.H. / Ahn, Y.J. / Wang, Z. / Kang, L.W.
履歴
登録2015年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: D-alanine--D-alanine ligase
B: D-alanine--D-alanine ligase
C: D-alanine--D-alanine ligase
D: D-alanine--D-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,8349
ポリマ－132,7194
非ポリマー1155
水2,810156
1
A: D-alanine--D-alanine ligase
B: D-alanine--D-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4295
ポリマ－66,3602
非ポリマー693
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area26020 Å2
手法PISA
2
C: D-alanine--D-alanine ligase
D: D-alanine--D-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4064
ポリマ－66,3602
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area26270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.993, 107.027, 211.003
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 306 / Label seq-ID: 1 - 306

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
D-alanine--D-alanine ligase / D-Ala-D-Ala ligase / D-alanylalanine synthetase


分子量: 33179.789 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: ddl, ddlB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ZIE7, D-alanine-D-alanine ligase
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 % / 解説: oblique-pillar shaped crystal
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Bis-Tris, 29% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月14日
放射モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 66609 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.6 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.3→33.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 6.261 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.346 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24819 2970 5.1 %RANDOM
Rwork0.20382 ---
obs0.20605 55129 90.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.076 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→33.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8970 0 5 156 9131
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0199157
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.028844
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.571.98312393
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.27320390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.95651171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.5725.04371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.553151551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4971536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21427
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02110320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021932
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.884.244714
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8794.244713
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4986.3375875
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.4986.3385876
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0774.9634443
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.0784.9644440
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.7767.1796518
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.47633.7599798
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.47633.769798
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A172200.09
12B172200.09
21A174140.09
22C174140.09
31A169690.1
32D169690.1
41B173700.09
42C173700.09
51B173840.09
52D173840.09
61C173490.09
62D173490.09
LS精密化 シェル解像度: 2.299→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 212 -
Rwork0.259 3864 -
obs--87.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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