PDB-4zpd: Coxsackievirus B3 Polymerase - A345V mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zpd

タイトル

Coxsackievirus B3 Polymerase - A345V mutant

要素

RNA-directed RNA polymerase

キーワード

TRANSFERASE / RNA-dependent RNA polymerase / TRANSCRIPTION

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...
類似検索 - 分子機能

Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.797 Å

データ登録者

Peersen, O.B. / McDonald, S.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Design of a Genetically Stable High Fidelity Coxsackievirus B3 Polymerase That Attenuates Virus Growth in Vivo.
著者: McDonald, S. / Block, A. / Beaucourt, S. / Moratorio, G. / Vignuzzi, M. / Peersen, O.B.

履歴

登録	2015年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月18日	Group: Database references
改定 1.2	2016年7月13日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zpd.cif.gz	114.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zpd.ent.gz	87.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zpd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zpd_validation.pdf.gz	423 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zpd_full_validation.pdf.gz	426.3 KB	表示
XML形式データ	4zpd_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	4zpd_validation.cif.gz	33.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/4zpd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/4zpd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zp6C 4zp7C 4zp8C 4zp9C 4zpaC 4zpbC 4zpcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zp9-d 4zpc-d 4r0e-d 4zp8-d 4zp6-d 3ddk-d 1sh0-2 3n6n-d 3upf-2 4lq9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (22) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA-directed RNA polymerase

52.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.450, 74.450, 289.638
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	RNA-directed RNA polymerase 分子量: 52505.098 Da / 分子数: 1 / 変異: A345V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス) プラスミド: pET26/Ub / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5UEA2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 437 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.82 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.085 M Tris, 1.2 M Ammonium Sulfate , 25% Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.797→58.957 Å / Num. obs: 144417 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.4 % / R_merge F obs: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_rim(I) all: 0.108 / Χ²: 1.029 / Net I/σ(I): 14.45 / Num. measured all: 1035067

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.91		0.508	0.933	1.51	129251	23515	22978	1.028	97.7
1.91-2.04		0.816	0.532	3.19	152874	21992	21991	0.576	100
2.04-2.2		0.943	0.297	6.33	153755	20549	20549	0.319	100
2.2-2.41		0.976	0.194	10.39	143486	18834	18834	0.208	100
2.41-2.69		0.988	0.136	14.7	131249	17062	17062	0.146	100
2.69-3.11		0.995	0.087	22.28	115981	15049	15049	0.093	100
3.11-3.81		0.998	0.054	34.73	95526	12690	12690	0.058	100
3.81-5.37		0.998	0.045	41.4	72354	9842	9842	0.048	100
	5.37	0.999	0.04	40.95	40591	5425	5422	0.043	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.797→58.957 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2288	3738	2.59 %
R_work	0.2048	-	-
obs	0.2055	144410	99.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.797→58.957 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3692	0	0	437	4129

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3785
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.863	5125
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.865	2261
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	559
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	651

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7968-1.8196	0.3604	126	0.3475	4746	X-RAY DIFFRACTION	90
1.8196-1.8435	0.2976	135	0.3077	5208	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8435-1.8688	0.351	143	0.3017	5248	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8688-1.8955	0.3173	139	0.2831	5232	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8955-1.9238	0.2661	138	0.2656	5176	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9238-1.9539	0.2907	141	0.2584	5305	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9539-1.9859	0.283	140	0.2485	5195	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9859-2.0201	0.2732	144	0.2416	5240	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0201-2.0569	0.2814	140	0.2425	5224	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0569-2.0964	0.2434	138	0.2401	5190	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0964-2.1392	0.2531	142	0.2337	5256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1392-2.1857	0.2895	139	0.2176	5274	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1857-2.2366	0.2734	129	0.217	5172	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2366-2.2925	0.2502	135	0.2121	5230	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2925-2.3545	0.2251	140	0.2148	5243	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3545-2.4238	0.225	138	0.2122	5226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4238-2.502	0.2669	142	0.2157	5222	X-RAY DIFFRACTION	100
2.502-2.5915	0.2494	138	0.2138	5222	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5915-2.6952	0.2201	133	0.2104	5237	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6952-2.8179	0.2851	135	0.2066	5218	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8179-2.9664	0.2306	136	0.2093	5260	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9664-3.1523	0.2406	142	0.2023	5201	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1523-3.3956	0.2302	140	0.1942	5283	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3956-3.7373	0.1966	138	0.1766	5205	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7373-4.278	0.159	144	0.1611	5202	X-RAY DIFFRACTION	100
4.278-5.3892	0.1892	138	0.1569	5229	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3892-58.9883	0.1672	145	0.1798	5228	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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