PDB-4zp9: Coxsackievirus B3 Polymerase - F364I mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zp9

タイトル

Coxsackievirus B3 Polymerase - F364I mutant

要素

RNA-dependent RNA polymerase

キーワード

REPLICATION / RNA-dependent RNA polymerase

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...
類似検索 - 分子機能

Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Picornavirus coat protein / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.799 Å

データ登録者

Peersen, O.B. / McDonald, S.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Design of a Genetically Stable High Fidelity Coxsackievirus B3 Polymerase That Attenuates Virus Growth in Vivo.
著者: McDonald, S. / Block, A. / Beaucourt, S. / Moratorio, G. / Vignuzzi, M. / Peersen, O.B.

履歴

登録	2015年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月18日	Group: Database references
改定 1.2	2016年7月13日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zp9.cif.gz	120.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zp9.ent.gz	91.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zp9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zp9_validation.pdf.gz	417.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zp9_full_validation.pdf.gz	420.6 KB	表示
XML形式データ	4zp9_validation.xml.gz	25.1 KB	表示
CIF形式データ	4zp9_validation.cif.gz	39.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/4zp9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/4zp9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zp6C 4zp7C 4zp8C 4zpaC 4zpbC 4zpcC 4zpdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zpd-d 3ddk-d 4zp6-d 4r0e-d 4zpc-d 4wfz-d 6r1i-2 4zp7-d 4wfy-d 4y34-d 2im0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (22) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA-dependent RNA polymerase

52.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.386, 74.386, 288.252
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1128- HOH

#1: タンパク質	RNA-dependent RNA polymerase 分子量: 52443.031 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 1724-2185 / 変異: F364L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス) プラスミド: pET26/Ub / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5UEA2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 686 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.65 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.085 M HEPES, 3.6 M NaCl, 15% Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.799→52.599 Å / Num. obs: 143089 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.5 % / R_merge F obs: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.123 / R_rim(I) all: 0.135 / Χ²: 1.043 / Net I/σ(I): 12.36 / Num. measured all: 873618

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.91		0.476	1.242	1.32	132743	23285	22985	1.365	98.7
1.91-2.04		0.75	0.725	2.61	129107	21708	21706	0.795	100
2.04-2.2		0.897	0.393	4.87	115488	20321	20321	0.434	100
2.2-2.41		0.958	0.253	7.85	113259	18649	18649	0.277	100
2.41-2.7		0.982	0.171	11.64	109980	16872	16872	0.185	100
2.7-3.11		0.994	0.101	19.2	96777	14889	14889	0.11	100
3.11-3.81		0.998	0.058	30.73	80470	12555	12555	0.063	100
3.81-5.38		0.998	0.045	37.7	61956	9748	9748	0.049	100
	5.38	0.999	0.038	37.4	33838	5370	5364	0.042	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.799→52.599 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2332	3759	2.63 %
R_work	0.1963	-	-
obs	0.1972	142996	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.799→52.599 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3687	0	0	686	4373

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3779
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.825	5117
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.378	2260
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	559
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	650

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7994-1.8222	0.3904	130	0.3827	4830	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8222-1.8462	0.3732	144	0.3338	5197	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8462-1.8714	0.2971	140	0.3063	5114	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8714-1.8982	0.298	143	0.2855	5226	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8982-1.9265	0.3053	138	0.2796	5114	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9265-1.9566	0.3327	141	0.2667	5235	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9566-1.9887	0.2561	140	0.2473	5096	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9887-2.023	0.2845	138	0.2494	5208	X-RAY DIFFRACTION	100
2.023-2.0598	0.2778	140	0.2415	5196	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0598-2.0994	0.2471	141	0.2387	5129	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0994-2.1423	0.2435	136	0.2351	5142	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1423-2.1888	0.2772	142	0.2192	5269	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1888-2.2398	0.2557	141	0.2082	5117	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2398-2.2958	0.2526	132	0.2004	5127	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2958-2.3578	0.2608	137	0.2084	5183	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3578-2.4272	0.2822	139	0.2077	5168	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4272-2.5056	0.246	140	0.1971	5188	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5056-2.5951	0.2681	143	0.2027	5121	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5951-2.699	0.2201	142	0.1918	5205	X-RAY DIFFRACTION	100
2.699-2.8218	0.2404	139	0.1907	5168	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8218-2.9706	0.1675	140	0.1842	5195	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9706-3.1567	0.2009	140	0.1764	5129	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1567-3.4004	0.1931	138	0.1734	5205	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4004-3.7425	0.2291	128	0.1614	5170	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7425-4.2838	0.206	140	0.147	5152	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2838-5.3963	0.1827	142	0.1502	5188	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3963-52.6213	0.2131	145	0.1838	5165	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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