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- PDB-4zp1: Crystal structure of Zymomonas mobilis pyruvate decarboxylase var... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zp1
タイトルCrystal structure of Zymomonas mobilis pyruvate decarboxylase variant Glu473Ala
要素Pyruvate decarboxylase
キーワードLYASE / thiamin diphosphate (ThDP) / pyruvate decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate decarboxylase / aromatic amino acid family catabolic process to alcohol via Ehrlich pathway / pyruvate decarboxylase activity / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Thiamine pyrophosphate (TPP)-dependent enzyme / : / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding ...: / Thiamine pyrophosphate (TPP)-dependent enzyme / : / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / THIAMINE DIPHOSPHATE / Pyruvate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Zymomonas mobilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.205 Å
データ登録者Wechsler, C. / Neumann, P. / Tittmann, K.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号
German Research FoundationFOR 1296/TP3 ドイツ
引用ジャーナル: Chembiochem / : 2015
タイトル: Tuning and Switching Enantioselectivity of Asymmetric Carboligation in an Enzyme through Mutational Analysis of a Single Hot Spot.
著者: Wechsler, C. / Meyer, D. / Loschonsky, S. / Funk, L.M. / Neumann, P. / Ficner, R. / Brodhun, F. / Muller, M. / Tittmann, K.
履歴
登録2015年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate decarboxylase
B: Pyruvate decarboxylase
C: Pyruvate decarboxylase
D: Pyruvate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,82916
ポリマ-243,7294
非ポリマー2,10012
10,935607
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28350 Å2
ΔGint-207 kcal/mol
Surface area64890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.290, 167.640, 110.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Pyruvate decarboxylase / PDC


分子量: 60932.289 Da / 分子数: 4 / 変異: E473A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zymomonas mobilis (バクテリア) / 遺伝子: pdc, ZMO1360 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06672, pyruvate decarboxylase

-
非ポリマー , 5種, 619分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Ni
#4: 化合物
ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C12H19N4O7P2S
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 607 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: ZmPDC variant Glu473Ala was concentrated to 7.5 mg/mL in 10 mM citrate buffer (pH 6.0) containing 1 mM ThDP and 1 mM MgSO4. 1 microL of the enzyme was mixed with 1 microL of the reservoir ...詳細: ZmPDC variant Glu473Ala was concentrated to 7.5 mg/mL in 10 mM citrate buffer (pH 6.0) containing 1 mM ThDP and 1 mM MgSO4. 1 microL of the enzyme was mixed with 1 microL of the reservoir solution containing 100 mM Tris, 40 mM NiCl2, 15% PEG2000, 1 mM ThDP, 1 mM MgSO4, and 100 mM sodium malonate.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9842 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9842 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47.55 Å / Num. all: 124039 / Num. obs: 124039 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 37.43 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 16.15 / Num. measured all: 471480
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.2-2.313.70.8030.5592.385563815666152080.65697.1
2.31-2.40.8940.4343.195143313149130290.50299.1
2.4-2.610.9370.34.457914520708204640.34898.8
2.61-3.380.9930.10511.1315627141599409050.12298.3
3.38-3.780.9980.04226.234650972594670.04997.3
3.78-4.160.9990.03136.8725301644363960.03699.3
4.16-4.550.9990.02543.5116897444044070.02999.3
4.55-140.9990.021495054613958136830.02498
14-170.9990.01478.438392252230.01699.1
17-500.9990.01562.247602802570.01891.8
5016

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.205→47.545 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2166 6195 5 %Random selection
Rwork0.1698 ---
obs0.1721 123937 98.26 %-
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.205→47.545 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17048 0 122 607 17777
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00517645
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84424017
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4416321
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0322670
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033127
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.205-2.23010.34482020.29363832X-RAY DIFFRACTION97
2.2301-2.25630.34442010.28763818X-RAY DIFFRACTION95
2.2563-2.28380.31692020.26993858X-RAY DIFFRACTION97
2.2838-2.31270.3162070.25263947X-RAY DIFFRACTION99
2.3127-2.34320.30412080.24673957X-RAY DIFFRACTION98
2.3432-2.37530.29942060.24113917X-RAY DIFFRACTION99
2.3753-2.40920.27112070.23933934X-RAY DIFFRACTION99
2.4092-2.44510.30822080.23053938X-RAY DIFFRACTION99
2.4451-2.48340.29322070.21983946X-RAY DIFFRACTION99
2.4834-2.52410.27612090.21743981X-RAY DIFFRACTION99
2.5241-2.56760.26892060.21143900X-RAY DIFFRACTION99
2.5676-2.61430.28782060.20143925X-RAY DIFFRACTION98
2.6143-2.66450.25772070.20453921X-RAY DIFFRACTION98
2.6645-2.71890.27852060.20453914X-RAY DIFFRACTION97
2.7189-2.7780.26981980.20493753X-RAY DIFFRACTION95
2.778-2.84270.28052090.21493964X-RAY DIFFRACTION99
2.8427-2.91370.25972080.20993956X-RAY DIFFRACTION99
2.9137-2.99250.26582080.19673945X-RAY DIFFRACTION99
2.9925-3.08060.23492080.20193957X-RAY DIFFRACTION99
3.0806-3.180.2652080.19373955X-RAY DIFFRACTION99
3.18-3.29360.24622070.18353928X-RAY DIFFRACTION99
3.2936-3.42540.21532070.17543934X-RAY DIFFRACTION99
3.4254-3.58130.22692040.17393871X-RAY DIFFRACTION97
3.5813-3.770.20472050.14843896X-RAY DIFFRACTION98
3.77-4.00610.17312090.13683973X-RAY DIFFRACTION99
4.0061-4.31520.1562090.12023982X-RAY DIFFRACTION99
4.3152-4.74910.14412100.11253986X-RAY DIFFRACTION99
4.7491-5.43550.17162020.12793868X-RAY DIFFRACTION96
5.4355-6.84490.17462110.1444006X-RAY DIFFRACTION100
6.8449-47.5560.15032100.12993980X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.62010.621-0.66192.0941-0.10510.8783-0.01470.0118-0.05440.24860.03-0.61210.08480.1741-0.0170.3580.0341-0.16170.3278-0.01740.475719.0890.9601129.8881
20.56340.29380.05541.45630.47591.44790.18260.109-0.0917-0.12270.0713-0.55490.00050.1722-0.2440.29690.0148-0.03620.3408-0.03460.535218.91441.1757118.6001
31.50270.08980.53360.7714-0.44050.46-0.10860.047-0.3020.19760.0672-0.0259-0.16420.01110.04140.35160.0151-0.00470.319-0.03150.35565.828223.5953123.6866
40.93560.1961-0.0322.4182-0.39611.6590.0104-0.0455-0.01470.27980.08530.17170.0345-0.2547-0.09670.33180.01490.03740.3950.0230.2729-14.357617.0868131.412
50.63210.2825-0.44711.6792-0.32430.73720.0278-0.1298-0.16430.58920.0503-0.11820.1795-0.116-0.07720.66680.0072-0.09320.4260.01490.2574-2.4745-5.9426146.4155
61.75470.18040.93661.59430.43411.16630.04510.0402-0.22820.36960.01310.20540.2582-0.129-0.02890.5036-0.08050.00680.46990.0570.2864-12.5194-8.3543136.3121
71.49820.2604-0.03931.8298-0.06091.8877-0.0103-0.0822-0.14590.23460.0517-0.20290.2077-0.1391-0.0320.3812-0.01260.00540.30850.03650.2976-2.8287-25.3695121.636
80.60960.5185-0.01212.14880.70241.35220.03910.05020.0798-0.05450.027-0.2057-0.079-0.062-0.06130.294-0.0009-0.02260.26070.01010.2643-0.6331-14.3232113.9832
90.9832-0.30210.22480.44620.0470.8028-0.0389-0.05820.01770.10080.1711-0.59820.19430.1694-0.12090.4410.0794-0.08570.3861-0.11820.88229.858-35.384109.9911
100.2674-0.0098-0.29270.53170.45020.97530.0627-0.0749-0.18830.23290.1247-0.49860.17690.2422-0.1440.48170.0802-0.18340.3646-0.03360.8225.512-30.9954123.089
110.7333-0.60690.61472.3646-0.14470.9649-0.0662-0.1901-0.20650.49280.0384-0.660.19820.14060.03590.77330.0479-0.24050.42920.06620.660716.8974-24.6411143.7938
122.51650.722-1.14170.918-0.04581.3437-0.0147-0.13760.20130.28840.2324-0.5030.03760.2802-0.21030.59790.0349-0.33920.4839-0.02471.063830.0147-19.5456132.4691
131.4169-0.29060.69671.96-0.06020.68980.02870.04090.0291-0.24870.0364-0.5428-0.05870.1424-0.0660.3889-0.01930.16810.358-0.02580.479719.8279-6.839787.4278
140.7430.19320.0242.15420.50461.19260.1117-0.1690.1374-0.09490.0594-0.7957-0.04270.1112-0.16880.2807-0.01210.06470.3003-0.0360.514619.2454-7.120298.6509
150.0624-0.2234-0.07051.59-0.35880.51780.1614-0.0642-0.1406-0.08630.0126-0.07560.2319-0.0936-0.16240.3567-0.03270.00580.3574-0.07060.2760.3587-29.297591.5017
161.15810.26630.16722.1506-0.35920.1714-0.09320.0805-0.0244-0.22630.13220.2324-0.0588-0.218-0.03320.3579-0.0004-0.02560.46390.03460.2538-13.7967-19.031283.1817
172.0889-0.1963-0.12682.6081-1.05512.13440.0670.1392-0.2582-0.1002-0.03180.18870.4024-0.2215-0.01520.3678-0.06190.01020.3603-0.02180.3299-11.2228-30.224187.9035
180.7954-0.10330.0640.956-0.57440.73130.08810.15480.0762-0.33680.05310.0417-0.0335-0.1758-0.15130.564-0.0050.0370.44170.03750.2695-5.7243-6.871570.9055
190.3192-0.60410.38722.20730.33541.44050.04460.22720.1446-0.4545-0.0538-0.0314-0.2157-0.05140.01380.5954-0.01950.15030.4280.0590.33653.41256.49872.1839
201.62250.5758-1.11641.58170.50581.3982-0.16810.03490.2004-0.51820.10920.14720.0541-0.09940.04410.56970.13640.02250.49250.10680.3193-8.35912.556973.0605
211.8099-0.3651-0.44912.180.42311.5634-0.01310.06890.0373-0.16870.011-0.1527-0.0915-0.09770.00130.29870.00130.02170.27190.01450.2396-0.874114.877596.3275
220.7025-0.9847-0.19622.40840.74681.1993-0.01880.0167-0.07120.07280.0519-0.16990.1776-0.034-0.02050.2858-0.01170.0470.26770.01220.2413-1.84428.6412104.9324
230.49240.2374-0.08920.61680.26681.0856-0.09720.1225-0.0969-0.09120.0942-0.4254-0.02890.1574-0.00210.3603-0.03390.05840.3878-0.05060.781829.563727.0676109.2344
240.2056-0.03250.23320.43610.6681.3945-0.02970.17640.0686-0.46020.1326-0.7864-0.6730.6359-0.02610.5888-0.17030.26610.6232-0.02960.969239.826933.432290.9599
251.29920.17910.19320.35360.22321.38650.01690.10450.4635-0.29970.062-0.3975-0.24270.192-0.08310.5146-0.03380.1970.36340.01830.729819.546923.782485.2908
260.91080.3979-1.05852.443-0.01871.3023-0.0415-0.01910.2183-0.44550.096-0.6534-0.0390.0603-0.04430.6692-0.03170.26890.42510.01780.598717.453816.259273.945
271.41080.16240.65151.7381-0.31531.5606-0.02950.1889-0.2659-0.57840.2258-0.4555-0.06040.359-0.16890.6211-0.03270.34250.51310.00870.856828.669117.608881.8789
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 110 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 111 through 170 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 171 through 206 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 207 through 348 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 349 through 527 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 528 through 566 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 2 through 64 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 65 through 180 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 181 through 283 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 284 through 455 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 456 through 527 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 528 through 566 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 2 through 110 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 111 through 170 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 171 through 216 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 217 through 307 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 308 through 347 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 348 through 432 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 433 through 507 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 508 through 566 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 2 through 110 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 111 through 180 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 181 through 334 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 335 through 366 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 367 through 455 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 456 through 514 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 515 through 566 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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