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万見
- PDB-4zos: 2.20 Angstrom resolution crystal structure of protein YE0340 of u... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zos
タイトル2.20 Angstrom resolution crystal structure of protein YE0340 of unidentified function from Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081]
要素protein YE0340 from Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081 / hypothetical protein YE0340 / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity
類似検索 - 分子機能
: / ABM domain profile. / Antibiotic biosynthesis monooxygenase / Antibiotic biosynthesis monooxygenase domain / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / protein YE0340 from Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Wawrzak, A. / Onopriyenko, O. / Grimshaw, S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.20 Angstrom resolution crystal structure of protein YE0340 of unidentified function from Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081]
著者: Halavaty, A.S. / Wawrzak, A. / Onopriyenko, O. / Grimshaw, S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2015年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein YE0340 from Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081
B: protein YE0340 from Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081
C: protein YE0340 from Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081
D: protein YE0340 from Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2536
ポリマ－49,0644
非ポリマー1902
水1,33374
1
C: protein YE0340 from Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081
D: protein YE0340 from Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6273
ポリマ－24,5322
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2300 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area10490 Å2
手法PISA
2
A: protein YE0340 from Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081
B: protein YE0340 from Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6273
ポリマ－24,5322
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area10350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.675, 37.135, 82.583
Angle α, β, γ (deg.)87.66, 88.25, 61.17
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERVALVALAA6 - 1019 - 104
21SERSERVALVALBB6 - 1019 - 104
12METMETSERSERAA1 - 1024 - 105
22METMETSERSERCC1 - 1024 - 105
13SERSERSERSERAA6 - 1029 - 105
23SERSERSERSERDD6 - 1029 - 105
14SERSERVALVALBB6 - 1019 - 104
24SERSERVALVALCC6 - 1019 - 104
15SERSERVALVALBB6 - 1019 - 104
25SERSERVALVALDD6 - 1019 - 104
16SERSERSERSERCC6 - 1029 - 105
26SERSERSERSERDD6 - 1029 - 105

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
protein YE0340 from Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081


分子量: 12265.877 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
株: Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081 / プラスミド: pMCSG7-Halo / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: A0A0M3KL35*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.5 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystallization: 20%Polyethylene Glycol 8000, 0.2M Sodium Chloride,Phosphate-Citrate Protein at 20 mg/ml

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月22日
放射モノクロメーター: Si(111) Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 18325 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.337 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1X7V

1x7v


解像度: 2.2→29.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 7.299 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28529 931 5.1 %RANDOM
Rwork0.22883 ---
obs0.23165 17175 96.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.256 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--18.95 Å21.75 Å212.1 Å2
2---9.65 Å2-6.08 Å2
3---28.6 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→29.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3282 0 10 74 3366
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0193400
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.023193
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6231.9794627
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.18537387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.5695408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg22.61924.535172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.59915601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1211525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2519
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213808
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02733
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A55220.13
12B55220.13
21A60540.09
22C60540.09
31A54870.13
32D54870.13
41B53920.14
42C53920.14
51B57330.09
52D57330.09
61C54210.14
62D54210.14
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 76 -
Rwork0.264 1167 -
obs--90.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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