PDB-4zo3: AidC, a Dizinc Quorum-Quenching Lactonase, in complex with a prod...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zo3

タイトル

AidC, a Dizinc Quorum-Quenching Lactonase, in complex with a product N-hexnoyl-L-homoserine

要素

Acylhomoserine lactonase

キーワード

HYDROLASE / Quorum-quenching / N-acyl-L-homoserine / lactonase / dizinc / AidC

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxylic ester hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chryseobacterium sp. StRB126 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Mascarenhas, R. / Thomas, P.W. / Wu, C.-X. / Nocek, B.P. / Hoang, Q. / Fast, W. / Liu, D.

資金援助

米国, 3件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of AidC, a Quorum-Quenching Lactonase with Atypical Selectivity.
著者: Mascarenhas, R. / Thomas, P.W. / Wu, C.X. / Nocek, B.P. / Hoang, Q.Q. / Liu, D. / Fast, W.

履歴

登録	2015年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月29日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zo3.cif.gz	260.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zo3.ent.gz	207.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zo3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zo3_validation.pdf.gz	448 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zo3_full_validation.pdf.gz	451 KB	表示
XML形式データ	4zo3_validation.xml.gz	29.2 KB	表示
CIF形式データ	4zo3_validation.cif.gz	44 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/4zo3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/4zo3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zo2SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ep6-d 6s0u-6 2ptd-d 1vzx-1 4d4b-1 1l9x-2 6s2a-3 3ea2-2 1hzg-d 7l9h-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Acylhomoserine lactonase

B: Acylhomoserine lactonase

ヘテロ分子

66.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acylhomoserine lactonase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Acylhomoserine lactonase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.090, 47.870, 249.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Acylhomoserine lactonase / N-acylhomoserine lactonase / AidC 分子量: 33103.082 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 37-330 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chryseobacterium sp. StRB126 (バクテリア) 遺伝子: aidC, CHSO_3121 / プラスミド: pMAL-C5X / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: I7HB71
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-C6L / N-hexanoyl-L-homoserine 分子量: 217.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₉NO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 585 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MgCl2.6H2O (0.2 M), Bis-Tris (0.1 M), pH 6.5, 25 % (w/v) PEG 3350 PH範囲: 6.5-7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.67→34.521 Å / Num. obs: 66783 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 19.41 Å² / R_pim(I) all: 0.076 / R_rim(I) all: 0.184 / R_sym value: 0.166 / Net I/av σ(I): 3.184 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 364755

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.67-1.76	3.1	0.8	0.4	30006	9578	0.858	1.297	1.4	99.7
1.76-1.87	4.7	0.966	0.6	43171	9108	0.502	0.966	2.6	100
1.87-2	5.6	0.644	0.9	47794	8560	0.301	0.644	4.1	100
2-2.16	6.3	0.457	1.3	50506	8003	0.198	0.457	5.8	100
2.16-2.36	6.1	0.335	1.8	45351	7382	0.147	0.335	7	100
2.36-2.64	6	0.246	2.5	40242	6716	0.109	0.246	8	100
2.64-3.05	6	0.166	3.9	35889	5968	0.074	0.166	9.9	100
3.05-3.73	6.1	0.108	5.8	31337	5108	0.047	0.108	13	100
3.73-5.28	6.6	0.079	7.7	26528	4022	0.033	0.079	15.7	100
5.28-34.521	6	0.077	5.3	13931	2338	0.036	0.077	13.7	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.21	データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZO2

4zo2

解像度: 1.67→34.521 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2283	3369	5.07 %
R_work	0.1844	63041	-
obs	0.1865	66410	99.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 97.14 Å² / B_iso mean: 28.2405 Å² / B_iso min: 9.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.67→34.521 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4676	0	34	585	5295
B_iso mean	-	-	40.34	36.63	-
残基数	-	-	-	-	588

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	4895
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.164	6600
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	735
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	841
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.07	1780

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.67-1.6939	0.356	121	0.2945	2452	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6939-1.7191	0.3289	145	0.2939	2529	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7191-1.746	0.2936	141	0.2673	2569	X-RAY DIFFRACTION	99
1.746-1.7746	0.2953	126	0.2762	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7746-1.8052	0.3341	150	0.261	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8052-1.8381	0.2914	167	0.2519	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8381-1.8734	0.2758	134	0.2407	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8734-1.9116	0.2617	159	0.2243	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9116-1.9532	0.2515	142	0.2176	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9532-1.9986	0.2637	130	0.2147	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9986-2.0486	0.2471	172	0.212	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0486-2.104	0.2643	145	0.1996	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.104-2.1659	0.242	138	0.1962	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1659-2.2358	0.2018	126	0.1984	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2358-2.3157	0.2376	145	0.1919	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3157-2.4084	0.2594	134	0.1846	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4084-2.518	0.2252	145	0.1908	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.518-2.6507	0.244	131	0.191	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6507-2.8167	0.2305	144	0.1909	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8167-3.034	0.205	130	0.1783	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.034-3.3391	0.2084	136	0.1668	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3391-3.8218	0.1941	153	0.1524	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8218-4.8129	0.1639	130	0.1315	2773	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6728	-0.1624	-0.052	0.5453	0.114	0.5754	-0.0065	-0.0945	0.2201	-0.0022	-0.0262	-0.1268	-0.0628	-0.014	0.0309	0.125	-0.0027	-0.0151	0.091	-0.0282	0.2024	14.5403	-4.0677	-45.0946
2	1.1452	-0.1672	0.1979	0.3702	-0.0676	0.4193	0.0336	0.1461	0.1197	-0.1696	-0.0971	-0.0593	-0.0866	-0.0253	0.0644	0.1909	0.0473	0.0115	0.1667	0.0131	0.1628	12.7937	-7.9401	-62.3732
3	4.1467	-2.8223	1.1983	3.6871	-1.0066	0.6359	0.002	-0.009	0.3078	0.0328	0.0634	-0.0212	-0.2199	-0.1308	-0.0445	0.2613	0.0904	0.0794	0.2593	0.1139	0.2141	13.4771	-1.3792	-65.6931
4	0.5319	-0.0427	0.2613	0.4021	0.0457	0.6527	-0.0076	-0.1317	0.0033	0.0267	-0.0298	0.0207	0.1055	-0.2029	0.0457	0.1411	-0.0243	0.0063	0.1405	-0.0212	0.1209	5.6725	-13.5175	-45.6769
5	0.6115	-0.1774	-0.0015	0.4588	0.1863	0.5101	-0.121	-0.2007	0.1272	0.0709	0.1159	-0.0587	0.1141	-0.1546	-0.0014	0.2393	0.0027	-0.0154	0.3562	-0.1296	0.223	11.25	-7.4943	-20.8292
6	0.1848	0.0883	0.092	0.2383	0.1156	0.27	-0.0393	-0.2064	0.1417	0.1048	-0.0065	-0.0467	-0.0646	-0.0765	-0.0896	0.2488	0.0407	-0.0851	0.497	-0.284	0.3679	23.0925	1.8025	-10.8801
7	0.3714	0.6714	-0.6576	2.1061	-1.6751	1.544	0.0589	0.0002	-0.1041	0.0706	-0.0126	-0.1334	0.0741	-0.0067	-0.0435	0.3448	-0.0066	-0.116	0.6185	-0.2019	0.3351	22.533	-5.2769	1.548
8	0.0624	0.1201	0.0052	0.3922	0.1095	0.0608	0.0077	-0.0647	0.0721	0.1085	-0.0069	-0.0445	-0.0953	0.0086	0.0384	0.3283	0.0592	-0.0941	0.4692	-0.3232	0.4596	15.4869	12.9689	-12.0762
9	0.0976	-0.0207	-0.1463	0.0568	0.082	0.2665	-0.0363	-0.1755	0.0977	0.0665	-0.0089	0.0399	0.025	-0.1235	0.0658	0.2202	0.0432	-0.031	0.4574	-0.2327	0.2772	3.743	0.9056	-18.2615

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 37 through 154 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 155 through 194 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 195 through 211 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 212 through 330 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 37 through 90 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 91 through 194 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 195 through 211 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 212 through 259 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 260 through 330 )	B

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)