PDB-4znm: Crystal structure of SgcC5 protein from Streptomyces globisporus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4znm

タイトル

Crystal structure of SgcC5 protein from Streptomyces globisporus (apo form)

要素

C-domain type II peptide synthetase

キーワード

LIGASE / C-1027 synthesis / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro

機能・相同性

機能・相同性情報

2,3-dihydroxybenzoate-serine ligase activity / enterobactin synthetase complex / enterobactin biosynthetic process / amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / lipid biosynthetic process / phosphopantetheine binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces globisporus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.998 Å

データ登録者

Michalska, K. / Bigelow, L. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Lohman, J. / Ma, M. / Rudolf, J. / Chang, C.-Y. / Shen, B. / Joachimiak, A. ...

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM094585	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM098248	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of SgcC5 protein from Streptomyces globisporus (apo form)
著者: Michalska, K. / Bigelow, L. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Lohman, J. / Ma, M. / Rudolf, J. / Chang, C.-Y. / Shen, B. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / ...

履歴

登録	2015年5月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月21日	Group: Source and taxonomy
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4znm.cif.gz	367.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4znm.ent.gz	300.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4znm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/4znm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/4znm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4zxw-1 6u0j-d 4zxw-2 5wtu-d 2x7y-1 5t3e-2 5uut-2 6jyj-2 1smi-1 6xcc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC109083

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: C-domain type II peptide synthetase

B: C-domain type II peptide synthetase

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: C-domain type II peptide synthetase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
51.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: C-domain type II peptide synthetase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
51.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.596, 104.542, 108.465
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	C-domain type II peptide synthetase 分子量: 51222.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces globisporus (バクテリア) プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8GMG2
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.74 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1M sodium citrate, 0.1 M Na cacodylate/HCl, pH 6.5, cryo 1.4 M sodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月22日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.998→30 Å / Num. obs: 77045 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 15.84
反射シェル	解像度: 1.998→2.03 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.773 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1938	精密化
HKL-3000		位相決定
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.998→29.74 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.42 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGEN ATOMS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1924	1532	1.99 %	random
R_work	0.1643	-	-	-
obs	0.1648	76966	99.59 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.998→29.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6887	0	5	448	7340

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	7151
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.281	9714
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.685	2630
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1057
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1305

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.998-2.0625	0.2927	117	0.2355	6545	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0625-2.1362	0.2644	136	0.2138	6787	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1362-2.2217	0.2239	146	0.1879	6822	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2217-2.3228	0.2383	150	0.1748	6791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3228-2.4452	0.1739	149	0.166	6808	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4452-2.5983	0.2068	131	0.1711	6861	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5983-2.7988	0.2333	134	0.1884	6838	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7988-3.0801	0.2176	124	0.1892	6919	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0801-3.5252	0.2049	138	0.1649	6918	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5252-4.439	0.1647	136	0.1346	6962	X-RAY DIFFRACTION	100
4.439-29.7383	0.1491	171	0.1379	7183	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6263	0.3573	-0.0044	0.8592	0.2388	0.5346	0.0105	0.3507	0.0971	-0.4823	0.0078	-0.0168	-0.2958	0.0815	-0.0124	0.3117	0.0012	0.0104	0.3268	-0.0095	0.2806	79.2024	40.1433	-8.047
2	1.0687	-0.1402	-0.3928	0.7932	0.5395	2.755	-0.0581	0.0589	-0.0597	0.0661	0.0529	0.0401	-0.0465	0.0749	-0	0.1855	-0.0215	0.0061	0.1604	0.0057	0.1871	82.7187	41.5867	12.0907
3	0.2332	0.0851	0.144	0.3953	-0.4375	0.782	0.2094	0.1344	-0.2295	-0.3611	0.0908	-0.3747	0.3503	0.244	0.0824	0.3615	0.0633	-0.0077	0.3535	-0.1339	0.4511	83.1457	16.9987	-15.0137
4	1.17	-0.0033	-0.2385	1.6595	0.7672	0.6308	0.0254	-0.0552	-0.2227	0.2971	0.0381	0.1292	0.1438	-0.0788	-0.0001	0.2527	-0.0096	-0.0192	0.2576	0.0291	0.292	65.4663	21.5861	1.9652
5	0.4785	-0.1263	-0.6736	1.67	0.022	0.9589	-0.0761	-0.1887	-0.3915	-0.1442	0.1209	-0.1508	0.0699	-0.0598	0.0002	0.2641	0.0342	0.0195	0.2153	0.0204	0.2689	79.1108	23.7385	-2.0637
6	1.7213	-0.0965	-0.3764	1.7567	0.4538	1.2715	0.0978	0.0263	-0.1175	-0.1462	0.025	-0.0818	-0.0381	0.0537	0	0.3151	0.0043	-0.0286	0.2367	-0.0145	0.2725	74.4878	18.7541	-6.8519
7	0.3109	0.0522	-0.1935	0.2301	0.0918	0.3309	0.1017	-0.1245	-0.2733	0.0497	-0.0467	0.1443	0.3483	-0.2919	0.0005	0.3677	-0.016	0.0316	0.3261	-0.0188	0.2893	73.5621	34.0508	18.0756
8	1.1538	0.4882	-0.0485	1.6308	0.725	0.8464	0.0565	-0.0827	-0.2481	0.1978	0.0036	0.163	0.0647	-0.1003	-0	0.1912	-0.0065	0.0069	0.2787	0.0179	0.3068	63.033	24.1985	2.2558
9	0.6058	-0.0435	-0.1478	1.4495	-0.1449	0.6394	0.032	0.0753	-0.1202	-0.5877	-0.0164	0.5601	-0.0035	-0.2338	-0.0043	0.3039	-0.0045	-0.0588	0.2999	0.0183	0.3273	57.5045	67.72	1.8806
10	1.9647	-0.6934	0.3515	0.8958	-0.2418	1.4466	0.0079	-0.049	-0.0266	0.051	0.0503	0.0254	-0.0649	-0.1438	-0	0.2139	-0.0175	0.0147	0.1745	0.0173	0.1842	69.665	65.1475	17.8415
11	0.9682	-0.9207	-0.0087	2.1635	-0.2742	1.3718	0.0053	-0.0058	0.1578	-0.0429	0.0071	0.0457	-0.1233	-0.1318	-0.003	0.2167	-0.0168	-0.0181	0.2189	-0.0072	0.2173	60.5126	81.6764	-4.1012
12	1.0747	-0.1533	0.1061	2.5297	-0.6626	1.3314	-0.0788	0.0058	0.1997	0.1928	0.0548	-0.1601	-0.2771	0.0455	-0.0002	0.2717	0.0123	-0.0365	0.2145	-0.0165	0.2508	66.34	90.5319	2.6139
13	1.6239	-0.0519	-0.9271	1.6647	-0.3393	0.7847	-0.0224	-0.2294	0.0872	0.2895	0.0589	0.1029	0.1654	-0.4165	-0.0095	0.3253	0.0499	-0.0408	0.2912	-0.0028	0.2717	60.3051	80.8134	-1.9469
14	0.4492	-0.1799	-0.1803	0.4003	-0.2084	0.3577	-0.0944	-0.0521	0.2008	-0.1446	-0.1818	-0.0222	-0.2808	0.2815	0.0003	0.3757	0.002	0.0202	0.3216	0.0311	0.3341	80.0277	72.7457	14.913
15	1.2336	-0.5158	-0.1161	1.9001	-1.0623	0.8878	-0.0426	-0.0098	0.1054	0.0292	-0.0176	-0.4718	-0.0092	0.1623	0.0001	0.2211	0.0201	-0.0152	0.2415	0.0113	0.2808	74.8515	78.6876	-3.4636
16	2.118	-0.9251	-0.1222	1.0654	0.1394	0.3172	0.1589	0.8427	0.1599	-0.6214	0.1108	-0.3061	-0.0374	0.203	-0.0081	0.4865	-0.1128	-0.016	0.3748	0.0622	0.6731	79.3146	100.1556	-6.3356

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 15:44)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 45:201)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 202:224)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 225:278)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 279:311)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 312:377)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 378:399)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 400:457)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 15:46)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 47:201)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 202:247)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 248:345)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 346:377)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 378:399)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 400:447)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 448:458)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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