PDB-4znd: 2.55 Angstrom resolution structure of 3-phosphoshikimate 1-carbox...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4znd

タイトル

2.55 Angstrom resolution structure of 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase (AroA) from Coxiella burnetii in complex with shikimate-3-phosphate, phosphate, and potassium

要素

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxiella burnetii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Light, S.H. / Minasov, G. / Krishna, S.N. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.55 Angstrom resolution structure of 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase (AroA) from Coxiella burnetii in complex with shikimate-3-phosphate, phosphate, and potassium
著者: Light, S.H. / Minasov, G. / Krishna, S.N. / Kwon, K. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2015年5月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4znd.cif.gz	181.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4znd.ent.gz	142.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4znd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4znd_validation.pdf.gz	848.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4znd_full_validation.pdf.gz	850.3 KB	表示
XML形式データ	4znd_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	4znd_validation.cif.gz	25.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/4znd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/4znd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3slhS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4egr-5 4egr-2 4egr-6 4egr-4 4egr-3 3slh-1 3slh-3 6kih-6 6kih-11 1rf4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-idp01842

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (10) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

47.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.795, 94.795, 233.668
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase / EPSPS 分子量: 46753.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Coxiella burnetii (strain RSA 493 / Nine Mile phase I) (バクテリア) 株: RSA 493 / Nine Mile phase I / 遺伝子: aroA, CBU_0526 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q83E11, 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

#1: タンパク質

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase / EPSPS

分子量: 46753.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Coxiella burnetii (strain RSA 493 / Nine Mile phase I) (バクテリア)
株: RSA 493 / Nine Mile phase I / 遺伝子: aroA, CBU_0526 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q83E11, 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 87分子

#2: 化合物	ChemComp-S3P / SHIKIMATE-3-PHOSPHATE / シキミ酸3-りん酸分子量: 254.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₁O₈P
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.05 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein solution: 7.5 mg/ml, 0.25 M NaCl, 0.01 M Tris-HCl pH 8.3 Crystallization condition: Classics II F8 (Qiagen): 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 m Hepes pH 7.5, 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→30 Å / Num. obs: 21004 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.538 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0107	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SLH

3slh

解像度: 2.55→29.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 17.838 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.309 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23801	1007	4.8 %	RANDOM
R_work	0.16553	-	-	-
obs	0.16892	19891	99.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.513 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.45 Å²	0.23 Å²	0 Å²
2-	-	0.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.55→29.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3236	0	31	82	3349

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	3311
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.007	1.994	4490
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.366	5	435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.161	24.56	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.8	15	571
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.887	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	533
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	2433
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.947	4.146	1743
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.542	6.205	2177
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.835	4.526	1568
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.966	18.968	4821
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	63	-
R_work	0.218	1429	-
obs	-	-	99.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7983	-0.5014	-0.2868	0.7241	-0.5606	1.2759	-0.0078	0.0424	-0.0227	-0.0311	0.0806	0.0937	0.0868	-0.3668	-0.0727	0.0109	-0.0264	0.0083	0.2673	0.0435	0.0617	-5.7887	35.8831	-4.7662
2	1.7344	-0.0115	-0.4758	1.2057	-0.3527	2.7717	0.0277	0.5037	-0.0854	-0.4931	0.0005	0.1072	0.4217	-0.5133	-0.0282	0.2477	-0.0772	-0.0584	0.4631	-0.0302	0.0357	-9.3092	30.4794	-22.4561
3	1.0838	0.3559	1.3904	2.5455	0.7429	7.5498	-0.0689	0.206	-0.3451	0.0367	-0.0661	0.2338	0.9817	0.0392	0.135	0.2795	-0.1807	0.0475	0.4107	-0.0113	0.3087	-15.8957	19.5023	-11.659
4	2.0471	0.4423	-0.2728	2.0201	-0.5431	1.0704	-0.0763	-0.1613	-0.3693	0.0216	-0.0655	-0.0558	0.4386	0.0871	0.1418	0.2151	0.0255	0.0545	0.1342	0.0568	0.1477	11.457	19.1082	-2.3324
5	13.0103	-1.6016	4.5832	0.9406	1.1377	5.5452	-0.0929	-0.4361	-0.475	0.1816	-0.0586	0.2145	0.3259	-0.4346	0.1515	0.1369	-0.0836	0.0592	0.1455	0.0231	0.2187	-2.4098	13.9225	0.9452
6	1.8209	-0.3181	0.2514	0.9761	-0.6804	2.5396	-0.0516	0.1667	-0.4215	-0.234	-0.0622	-0.0936	0.6492	0.0337	0.1138	0.2798	0.0681	0.0872	0.1439	0.0155	0.1867	16.5518	19.5357	-11.4491
7	1.0803	0.16	0.8009	1.0229	0.1474	2.3656	0.0523	-0.0204	-0.0002	-0.2038	-0.026	-0.1232	0.1241	0.1165	-0.0262	0.0741	0.0575	0.0586	0.203	0.0474	0.0988	20.4072	33.0981	-12.5977
8	3.5118	-0.4573	1.3583	1.5886	-1.2891	1.8163	-0.0553	-0.2006	0.252	0.1243	-0.0396	-0.0264	0.042	-0.013	0.0949	0.0766	0.0262	0.0214	0.2598	-0.0228	0.1208	14	37.9563	1.7371

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 121
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	122 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	200 - 228
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	229 - 279
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	280 - 288
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	289 - 336
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	337 - 405
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	406 - 435

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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