PDB-4zn2: Glycosyl hydrolase from Pseudomonas aeruginosa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zn2

タイトル

Glycosyl hydrolase from Pseudomonas aeruginosa

要素

PslG

キーワード

HYDROLASE / biofilm / exopolysaccharides

機能・相同性

: / single-species biofilm formation / polysaccharide biosynthetic process / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Glycoside hydrolase superfamily / PslG

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Su, T. / Liu, S. / Gu, L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Res. / 年: 2015
タイトル: PslG, a self-produced glycosyl hydrolase, triggers biofilm disassembly by disrupting exopolysaccharide matrix
著者: Yu, S. / Su, T. / Wu, H. / Liu, S. / Wang, D. / Zhao, T. / Jin, Z. / Du, W. / Zhu, M.J. / Chua, S.L. / Yang, L. / Zhu, D. / Gu, L. / Ma, L.Z.

履歴

登録	2015年5月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年1月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zn2.cif.gz	369.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zn2.ent.gz	298.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zn2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zn2_validation.pdf.gz	450.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zn2_full_validation.pdf.gz	474 KB	表示
XML形式データ	4zn2_validation.xml.gz	75.2 KB	表示
CIF形式データ	4zn2_validation.cif.gz	111.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/4zn2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/4zn2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5e4r-d 5bx9-d 3ey4-2 2rbe-1 1dkq-d 2irw-3 3h6k-1 6wni-1 6xsj-1 4f0e-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PslG

B: PslG

C: PslG

D: PslG

189 kDa, 4 ポリマー
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1

A: PslG

登録者が定義した集合体
47.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: PslG

登録者が定義した集合体
47.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: PslG

登録者が定義した集合体
47.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: PslG

登録者が定義した集合体
47.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	55.559, 88.206, 222.394
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.92, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PslG / glycosyl hydrolase 分子量: 47265.535 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 31-442 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: pslG / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9I1N2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1626 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.01 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 3%(w/v) Dextran sulfate sodium salt, 0.1 M BICINE, 7%(w/v) PEG20000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月7日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 143014 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.4 % / R_sym value: 0.122 / Net I/σ(I): 21.85
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.87 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
SCALEPACK		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→47.12 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.18 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2241	7234	5.06 %
R_work	0.1932	-	-
obs	0.1954	142993	99.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 8.229 Å² / k_sol: 0.314 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3695 Å²	0 Å²	0.6728 Å²
2-	-	5.5762 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.9457 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→47.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13316	0	0	1626	14942

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	13680
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.031	18648
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.676	5036
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	1972
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2428

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0003-2.0347	0.338	367	0.2846	6544	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0347-2.0717	0.3044	355	0.2738	6742	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0717-2.1116	0.2846	395	0.2614	6691	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1116-2.1546	0.2728	344	0.2556	6779	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1546-2.2015	0.2962	341	0.2446	6767	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2015-2.2526	0.2689	358	0.2377	6761	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2526-2.3089	0.2629	357	0.2319	6778	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3089-2.3713	0.2577	353	0.2274	6756	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3713-2.4411	0.2642	345	0.2255	6797	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4411-2.5198	0.2279	361	0.2187	6799	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5198-2.6098	0.2564	357	0.2166	6757	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6098-2.7141	0.2483	341	0.2102	6764	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7141-2.8375	0.2575	364	0.2028	6846	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8375-2.9869	0.2228	373	0.1979	6787	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9869-3.1737	0.2305	365	0.1962	6804	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1737-3.4182	0.2099	384	0.1846	6827	X-RAY DIFFRACTION	94
3.4182-3.7613	0.1927	360	0.17	6817	X-RAY DIFFRACTION	95
3.7613-4.3033	0.1885	359	0.1426	6858	X-RAY DIFFRACTION	95
4.3033-5.4133	0.1491	368	0.1345	6842	X-RAY DIFFRACTION	94
5.4133-25.6027	0.201	324	0.174	7048	X-RAY DIFFRACTION	95

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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