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- PDB-4zmu: Dcsbis, a diguanylate cyclase from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zmu
タイトルDcsbis, a diguanylate cyclase from Pseudomonas aeruginosa
要素diguanylate cyclase
キーワードLYASE / cell motilities / diguanyl cyclase / GGDEF domain / GAF domain
機能・相同性
機能・相同性情報


diguanylate cyclase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain ...Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GGDEF domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.502 Å
データ登録者Chen, Y. / Liu, C. / Liu, S. / Chi, K. / Gu, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China (973 Program)2015CB150600 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: crystal structure of Dcsbis from Pseudomonas aeruginosa
著者: Chen, Y. / Liu, C. / Liu, S. / Chi, K. / Gu, L.
履歴
登録2015年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: diguanylate cyclase
B: diguanylate cyclase
C: diguanylate cyclase
D: diguanylate cyclase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,5304
ポリマ－153,5304
非ポリマー00
水2,468137
1
A: diguanylate cyclase
B: diguanylate cyclase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,7652
ポリマ－76,7652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area27620 Å2
手法PISA
2
C: diguanylate cyclase
D: diguanylate cyclase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,7652
ポリマ－76,7652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area27330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.609, 109.083, 111.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
diguanylate cyclase


分子量: 38382.602 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: PA2771 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I072
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.72 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 10% PEG8000, 0.1 M HEPES pH 7.5, 8% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月10日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 58687 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 19.86
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.81 / % possible all: 77.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
SCALEPACKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.502→42.259 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2456 1999 3.41 %
Rwork0.1877 --
obs0.1896 58646 96.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.502→42.259 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10633 0 0 137 10770
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910825
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24614676
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6094112
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751660
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051963
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5018-2.56430.32621090.28293081X-RAY DIFFRACTION74
2.5643-2.63360.35321270.26773592X-RAY DIFFRACTION86
2.6336-2.71110.30811380.27023895X-RAY DIFFRACTION94
2.7111-2.79860.33981450.25294129X-RAY DIFFRACTION98
2.7986-2.89860.32481460.24874130X-RAY DIFFRACTION100
2.8986-3.01460.32881470.24624183X-RAY DIFFRACTION100
3.0146-3.15180.29011460.23134149X-RAY DIFFRACTION100
3.1518-3.31790.26361490.21854211X-RAY DIFFRACTION100
3.3179-3.52570.27491480.20184194X-RAY DIFFRACTION100
3.5257-3.79770.25451480.18824170X-RAY DIFFRACTION100
3.7977-4.17960.23811480.17014209X-RAY DIFFRACTION100
4.1796-4.78370.18251480.15214196X-RAY DIFFRACTION100
4.7837-6.02420.23091500.16964234X-RAY DIFFRACTION100
6.0242-42.26470.17771500.13344274X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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