PDB-4zmj: Crystal Structure of Ligand-Free BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env Trimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zmj

タイトル

Crystal Structure of Ligand-Free BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env Trimer

要素

(Envelope glycoprotein gp160) x 2

キーワード

VIRAL PROTEIN / HIV-1 / Env trimer / unliganded / BG505 SOSIP

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.31 Å

データ登録者

Kwon, Y.D. / Kwong, P.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure, conformational fixation and entry-related interactions of mature ligand-free HIV-1 Env.
著者: Do Kwon, Y. / Pancera, M. / Acharya, P. / Georgiev, I.S. / Crooks, E.T. / Gorman, J. / Joyce, M.G. / Guttman, M. / Ma, X. / Narpala, S. / Soto, C. / Terry, D.S. / Yang, Y. / Zhou, T. / ...

履歴

登録	2015年5月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月8日	Group: Database references
改定 1.2	2015年7月29日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zmj.cif.gz	256.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zmj.ent.gz	206.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zmj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/4zmj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/4zmj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4tvpS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	21230 6vl5-d 6vfl-d 21186 6vrw-d 3n4f-d 2zm3-d 3ulk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (7) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (7) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (6)

登録構造単位

G: Envelope glycoprotein gp160

B: Envelope glycoprotein gp160

ヘテロ分子

76.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

G: Envelope glycoprotein gp160

B: Envelope glycoprotein gp160

ヘテロ分子

G: Envelope glycoprotein gp160

B: Envelope glycoprotein gp160

ヘテロ分子

G: Envelope glycoprotein gp160

B: Envelope glycoprotein gp160

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
229 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.180, 107.180, 103.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質

Envelope glycoprotein gp160

分子量: 54064.277 Da / 分子数: 1 / 変異: T332N, A501C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / プラスミド: pVRC8400 / Cell (発現宿主): HEK293 GNTI-/- / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6

#2: タンパク質

Envelope glycoprotein gp160

分子量: 17146.482 Da / 分子数: 1 / 変異: I559P, T605C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / プラスミド: pVRC8400 / Cell (発現宿主): HEK293 GNTI-/- / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6

#3: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 26% PEG 400, 3.2% PEG 3350, and 0.1M sodium acetate pH 5.5 PH範囲: 5.5-7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.31→50 Å / Num. all: 7041 / Num. obs: 7041 / % possible obs: 68.3 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 88.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / R_sym value: 0.073 / Net I/σ(I): 18.5
反射シェル	解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.16 / % possible all: 11.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4TVP

4tvp

解像度: 3.31→35.083 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 36.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2855	323	5.02 %
R_work	0.2664	-	-
obs	0.2676	6434	63.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.31→35.083 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4518	0	338	0	4856

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4983
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.166	6790
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.837	1245
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	831
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	842

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3097-3.6424	0.3767	3	0.3558	250	X-RAY DIFFRACTION	10
3.6424-4.1688	0.2937	54	0.2983	1153	X-RAY DIFFRACTION	48
4.1688-5.2494	0.3058	129	0.2917	2286	X-RAY DIFFRACTION	96
5.2494-35.0848	0.2687	137	0.2381	2422	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7995	-0.7796	0.3498	1.4188	1.3449	2.1112	-0.0268	0.5715	0.9827	-0.4998	-0.2497	-0.4866	-0.7163	0.5125	-0.0763	0.1412	-0.7552	0.0536	-0.6152	0.4712	0.1622	14.983	110.9796	20.6844
2	0.2816	-0.0281	-0.2158	-0.011	0.0112	0.2997	0.1346	0.2029	-0.0761	-0.1753	0.1749	-0.2599	-0.2023	0.0586	0.1604	-0.0335	0.5951	0.3731	0.0391	-0.1827	0.299	16.8138	113.9047	-23.9766
3	0.3332	0.0565	-0.0845	0.0423	0.0073	0.0313	-0.0121	0.5562	-0.045	-0.2447	0.0606	-0.093	-0.0402	-0.1904	0.18	0.279	-0.0518	0.4913	-0.3907	0.3737	-0.1769	16.9804	109.6895	5.6335
4	0.0285	0.0191	-0.073	0.0865	-0.0776	0.3943	0.0023	-0.075	0.0991	0.0986	0.1875	-0.1893	0.4712	0.0861	0.515	0.4405	-0.1025	0.515	-0.0458	0.5464	-0.3146	27.3235	101.765	2.4135
5	0.1341	0.0258	-0.0873	0.1179	0.1852	0.3959	0.288	-0.0493	-0.1074	0.2451	0.0512	0.045	0.3646	0.0282	0.6892	-0.2181	0.1244	0.4747	-0.8644	0.0485	-0.4236	24.859	96.4834	-3.5996
6	0.1326	-0.1133	0.0126	0.5631	-0.0681	0.174	-0.0154	-0.2031	-0.1025	0.3395	-0.0156	-0.0748	-0.0658	0.027	0.2721	0.4075	-0.1902	0.152	-0.0211	0.1403	0.3197	10.3283	104.6992	30.9633
7	0.0084	-0.0041	-0.0218	0.0333	0.0203	0.0532	-0.0199	-0.0008	0.0324	0.0264	-0.004	0.005	-0.0097	0.0655	-0.0043	0.7288	0.1185	-0.0867	0.9668	-0.2679	0.3355	18.0459	108.2936	37.0419
8	0.006	0.0064	-0.0044	0.0132	-0.018	0.0225	0.023	-0.0061	0.0531	-0.0332	0.0322	-0.0309	0.0053	-0.0176	0.0034	0.9154	0.013	0.178	1.0499	0.0343	0.3813	15.6722	103.25	45.9796
9	0.0194	-0.0031	0.0192	0.0022	0.0009	0.0352	0.008	0.0063	-0.0447	-0.0259	0.0534	-0.016	0.0593	0.0087	0.0172	1.0164	-0.2791	0.0699	0.7473	-0.342	0.6324	14.436	114.4172	40.1517
10	0.0917	0.0044	0.0851	-0.0004	-0.0124	0.4174	0.0919	0.1547	0.0125	-0.0795	-0.0223	-0.0362	0.0148	0.0231	0.1031	0.4542	0.4749	0.0825	0.2626	-0.1096	0.0255	9.4672	121.4393	18.0453
11	0.0002	0.0017	-0.0104	0.0934	-0.0359	0.0526	0.0958	-0.0812	0.0228	-0.142	-0.1606	0.0882	0.1384	0.0026	-0.052	0.5354	0.0782	0.051	0.378	-0.0012	0.1926	1.6112	117.1595	30.086
12	0.0012	0.0034	0.0024	0.025	0.0183	0.0151	-0.0513	0.0109	-0.0733	-0.0157	-0.0299	0.0451	-0.0544	-0.0569	-0.0665	0.2947	-0.3043	0.2662	0.816	0.0135	0.5009	1.7196	114.3403	48.1038
13	0.0022	0.0031	0.0009	0.0035	0.0029	0.0037	-0.081	-0.0908	-0.063	0.0999	0.0036	-0.0096	-0.1119	-0.0738	0	1.2164	-0.4324	0.2267	1.009	0.2116	1.0983	-3.2931	98.9629	51.5357
14	-0.0004	-0.0002	0.001	0.0012	-0.0034	0.0065	0.0689	0.0286	-0.0122	-0.0346	0.0806	-0.0278	0.0664	-0.0555	-0	1.2269	-0.3975	0.2263	1.484	0.5658	1.0997	10.1041	95.39	51.9414
15	0.0218	-0.0178	-0.0065	0.1087	-0.0181	0.1125	-0.1065	-0.0099	-0.1144	-0.1216	0.0249	0.1141	0.0934	0.0811	-0.056	1.2479	-0.1743	-0.0574	0.5836	0.297	0.3452	1.1602	100.0308	42.1991
16	0.0038	-0.0052	0.0018	0.0056	-0.0028	0.0016	0.0273	-0.0118	-0.037	-0.0398	-0.0654	0.002	-0.0045	0.0928	0	0.9975	0.2443	0.0629	1.0748	-0.1396	0.8833	-12.5781	113.806	52.2712
17	0.0005	0.0006	-0.0006	-0.0002	-0.0019	0.0025	0.0172	0.0098	0.0813	0.0021	0.0134	-0.0243	-0.0552	0.0137	-0	0.6655	0.287	0.3623	1.2344	0.1473	0.7569	-16.1391	122.8633	60.6855

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'G' and (resid 34 through 114 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'G' and (resid 115 through 190 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'G' and (resid 191 through 235 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'G' and (resid 236 through 353 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'G' and (resid 354 through 474 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'G' and (resid 475 through 505 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 521 through 526 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 527 through 534 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 535 through 544 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 545 through 572 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 573 through 595 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 596 through 605 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 606 through 615 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 616 through 625 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 626 through 647 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 648 through 657 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 658 through 664 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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