PDB-4zlu: Lipomyces starkeyi levoglucosan kinase bound to levoglucosan, ADP...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zlu

タイトル

Lipomyces starkeyi levoglucosan kinase bound to levoglucosan, ADP and magnesium.

要素

Levoglucosan kinase

キーワード

TRANSFERASE / Sugar kinase / ATP-binding / carbohydrate metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

levoglucosan kinase / amino sugar metabolic process / phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / peptidoglycan turnover / kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lipomyces starkeyi (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Bacik, J.P.

資金援助

カナダ,

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Producing Glucose 6-Phosphate from Cellulosic Biomass: STRUCTURAL INSIGHTS INTO LEVOGLUCOSAN BIOCONVERSION.
著者: Bacik, J.P. / Klesmith, J.R. / Whitehead, T.A. / Jarboe, L.R. / Unkefer, C.J. / Mark, B.L. / Michalczyk, R.

履歴

登録	2015年5月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月23日	Group: Database references
改定 1.2	2015年11月11日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zlu.cif.gz	368.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zlu.ent.gz	297.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zlu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/4zlu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/4zlu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yh5SC 4zfvC 5bsbC 5bvcC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zfv-d 5bvc-1 5kda-d 5kd0-d 3nxl-1 4yh5-d 5kcl-d 5tkr-1 2znv-d 4v24-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Levoglucosan kinase

B: Levoglucosan kinase

ヘテロ分子

100 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.857, 114.857, 234.766
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1036- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Levoglucosan kinase 分子量: 49395.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lipomyces starkeyi (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: B3VI55, 転移酵素; リンを含む基を移すもの

-
非ポリマー , 5種, 1008分子

#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-4PW / Levoglucosan / (1R,2S,3S,4R,5R)-6,8-dioxabicyclo[3.2.1]octane-2,3,4-triol / レボグルコサン分子量: 162.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀O₅
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1001 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.61 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: Equal volumes of reservoir buffer (19% PEG4000, 0.1 M sodium acetate, 0.1 M Tris pH 6.8) and LGK (7 mg/ml) in crystallization buffer (50 mM NaCl, 2 mM ADP, 4 mM MgCl2, 0.5 mM TCEP, 1 mM ...詳細: Equal volumes of reservoir buffer (19% PEG4000, 0.1 M sodium acetate, 0.1 M Tris pH 6.8) and LGK (7 mg/ml) in crystallization buffer (50 mM NaCl, 2 mM ADP, 4 mM MgCl2, 0.5 mM TCEP, 1 mM aluminum nitrate, 10 mM sodium fluoride, 20 mM Tris pH 7.5) were mixed and a resulting crystal was then soaked with 100 mM levoglucosan for 10 minutes.

結晶

マシュー密度: 3.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.61 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: Equal volumes of reservoir buffer (19% PEG4000, 0.1 M sodium acetate, 0.1 M Tris pH 6.8) and LGK (7 mg/ml) in crystallization buffer (50 mM NaCl, 2 mM ADP, 4 mM MgCl2, 0.5 mM TCEP, 1 mM ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→47.57 Å / Num. obs: 145247 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.719 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YH5

4yh5

解像度: 1.8→47.057 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2179	7286	5.02 %
R_work	0.1877	-	-
obs	0.1892	145033	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.057 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6641	0	86	1001	7728

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6916
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.145	9414
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.722	2573
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	1051
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1258

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8205	0.2964	239	0.2771	4529	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8205-1.8419	0.3361	260	0.2799	4492	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8419-1.8643	0.311	232	0.2855	4517	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8643-1.8879	0.4109	255	0.3368	4493	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8879-1.9128	0.373	240	0.3385	4523	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9128-1.939	0.3904	243	0.3562	4505	X-RAY DIFFRACTION	100
1.939-1.9667	0.3045	235	0.2742	4526	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9667-1.996	0.2582	233	0.2255	4531	X-RAY DIFFRACTION	100
1.996-2.0272	0.2617	246	0.2198	4545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0272-2.0605	0.243	236	0.2196	4542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0605-2.096	0.2512	234	0.209	4550	X-RAY DIFFRACTION	100
2.096-2.1341	0.22	240	0.2052	4546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1341-2.1752	0.2102	244	0.197	4572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1752-2.2196	0.3028	236	0.2426	4533	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2196-2.2678	0.2997	237	0.2811	4566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2678-2.3206	0.2468	242	0.2105	4569	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3206-2.3786	0.2293	242	0.1757	4575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3786-2.4429	0.2118	245	0.179	4611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4429-2.5148	0.1874	237	0.1701	4547	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5148-2.596	0.2065	242	0.1684	4604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.596-2.6887	0.1834	243	0.17	4597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6887-2.7964	0.2133	243	0.1673	4617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7964-2.9236	0.2106	243	0.1701	4604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9236-3.0777	0.1818	237	0.1641	4617	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0777-3.2705	0.1702	250	0.1607	4637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2705-3.523	0.2071	245	0.157	4660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.523-3.8773	0.1793	242	0.1493	4679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8773-4.438	0.1595	250	0.1334	4715	X-RAY DIFFRACTION	100
4.438-5.59	0.1602	250	0.1369	4761	X-RAY DIFFRACTION	100
5.59-47.0735	0.1862	265	0.1747	4984	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6039	-0.0794	0.0997	0.9204	-0.5548	1.0449	0.0133	0.1454	0.0274	-0.0458	-0.103	-0.1492	0.0244	0.1249	0.0601	0.0668	0.0105	0.0089	0.1229	0.0314	0.1166	41.3245	13.5767	105.1911
2	3.0161	-0.2188	-1.0702	0.4246	0.2304	1.1298	-0.0762	-0.1467	0.0218	0.0287	0.0065	-0.1442	0.027	0.3002	0.0735	0.1127	-0.0119	-0.0232	0.1819	0.0368	0.1194	59.4158	17.288	121.2859
3	0.5888	-0.0712	0.23	0.5187	-0.306	1.0025	0.0005	0.0536	-0.0412	-0.016	-0.0159	-0.0124	0.0817	0.022	0.0041	0.0868	0.0016	0.0103	0.0953	0.0179	0.0845	35.1909	9.1259	112.1522
4	0.6389	-0.2662	0.5664	0.7507	-0.4176	1.5341	-0.0061	0.132	0.1651	0.0508	-0.142	-0.1887	-0.0519	0.1461	0.0844	0.0832	0.0092	0.0158	0.1722	0.071	0.1622	35.2731	34.832	88.9429
5	4.3524	-1.1493	-0.6307	0.9843	-0.2991	0.8728	0.0003	-0.3164	0.9218	0.0235	0.0864	-0.239	-0.1755	-0.0217	-0.0179	0.1182	0.0272	0.0254	0.1852	-0.0324	0.2838	45.9244	44.5727	69.6834
6	0.3284	0.2511	0.0372	0.5585	-0.35	1.1586	-0.0179	0.0709	0.0133	-0.0623	0.0182	-0.006	0.0755	-0.093	-0.0008	0.0869	0.0282	0.0251	0.2165	0.0385	0.1061	26.5278	28.0141	79.2191

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 10:212)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 213:319)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 320:441)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 10:174)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 175:354)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 355:442)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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