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- PDB-4zlt: Crystal structure of viral chemokine binding protein R17 in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zlt
タイトルCrystal structure of viral chemokine binding protein R17 in complex with CCL3
要素
  • C-C motif chemokine 3
  • Putative uncharacterized protein
キーワードChemokine binding protein/Chemokine / RHVP chemokine binding protein in complex with chemokine CCL3 / Chemokine binding protein-Chemokine complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Chemokine receptors bind chemokines / lymphocyte chemotaxis / granulocyte chemotaxis / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / astrocyte cell migration / eosinophil degranulation / regulation of sensory perception of pain / signaling / cell activation / T cell chemotaxis ...Chemokine receptors bind chemokines / lymphocyte chemotaxis / granulocyte chemotaxis / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / astrocyte cell migration / eosinophil degranulation / regulation of sensory perception of pain / signaling / cell activation / T cell chemotaxis / eosinophil chemotaxis / response to cholesterol / positive regulation of calcium ion transport / positive regulation of osteoclast differentiation / chemokine activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / phospholipase activator activity / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / negative regulation of osteoclast differentiation / monocyte chemotaxis / exocytosis / host-mediated suppression of viral transcription / neutrophil chemotaxis / cytoskeleton organization / positive regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of interleukin-1 beta production / calcium-mediated signaling / response to toxic substance / intracellular calcium ion homeostasis / chemotaxis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / osteoblast differentiation / calcium ion transport / kinase activity / cell-cell signaling / positive regulation of neuron apoptotic process / regulation of cell shape / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein phosphorylation / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / response to xenobiotic stimulus / inflammatory response / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / C-C motif chemokine 3
類似検索 - 構成要素
生物種Cricetid herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Lubman, O.Y. / Fremont, D.H.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI019687 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54 AI057160 米国
Center for Women Infectious Disease Research 米国
Washington University/Pfizer Agreement 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Parallel Evolution of Chemokine Binding by Structurally Related Herpesvirus Decoy Receptors.
著者: Lubman, O.Y. / Fremont, D.H.
履歴
登録2015年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月30日Group: Database references
改定 1.22016年1月20日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52018年8月22日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.62019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.72020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.82023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.92024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Putative uncharacterized protein
A: Putative uncharacterized protein
F: C-C motif chemokine 3
L: C-C motif chemokine 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,6268
ポリマ－110,7414
非ポリマー8854
水00
1
B: Putative uncharacterized protein
F: C-C motif chemokine 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8134
ポリマ－55,3712
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area20740 Å2
手法PISA
2
A: Putative uncharacterized protein
L: C-C motif chemokine 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8134
ポリマ－55,3712
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.493, 109.482, 210.956
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細dimer according to multi-angle static light scattering

-
要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 47388.625 Da / 分子数: 2 / 変異: K333D, R335E, R336E, K337D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cricetid herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: RHVP-L.R17, RHVP.R17 / Cell (発現宿主): endothelial / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Mammalian expression vector pBGSA (その他) / 参照: UniProt: E9M5R0
#2: タンパク質 C-C motif chemokine 3 / Heparin-binding chemotaxis protein / L2G25B / Macrophage inflammatory protein 1-alpha / MIP-1-alpha ...Heparin-binding chemotaxis protein / L2G25B / Macrophage inflammatory protein 1-alpha / MIP-1-alpha / SIS-alpha / Small-inducible cytokine A3 / TY-5


分子量: 7982.065 Da / 分子数: 2 / 変異: D27A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ccl3, Mip1a, Scya3 / プラスミド: pet28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10855
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15-20% PEG 3350 0.2-0.4M MgFormate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.761→50 Å / Num. obs: 26825 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Diffraction-ID
2.78-3.6811
19.68-49.22

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZKQ and 2X6G

4zkq

2x6g


解像度: 3→49.247 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 1618 7.47 %
Rwork0.2152 --
obs0.2195 21657 93.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→49.247 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6977 0 56 0 7033
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037203
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4629779
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9934342
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041112
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031239
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0002-3.08840.4558950.32931219X-RAY DIFFRACTION70
3.0884-3.18810.34491190.30481470X-RAY DIFFRACTION83
3.1881-3.3020.31681350.27641656X-RAY DIFFRACTION93
3.302-3.43420.34641370.24621684X-RAY DIFFRACTION96
3.4342-3.59040.26261420.25011711X-RAY DIFFRACTION96
3.5904-3.77970.28451400.22421731X-RAY DIFFRACTION97
3.7797-4.01640.26581310.2221659X-RAY DIFFRACTION93
4.0164-4.32630.26321360.20191684X-RAY DIFFRACTION95
4.3263-4.76140.22141420.17211758X-RAY DIFFRACTION97
4.7614-5.44960.24141430.17381765X-RAY DIFFRACTION98
5.4496-6.8630.26041430.22411796X-RAY DIFFRACTION99
6.863-49.25310.27981550.19881906X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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