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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zlt | |||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of viral chemokine binding protein R17 in complex with CCL3 | |||||||||||||||
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![]() | Chemokine binding protein/Chemokine / RHVP chemokine binding protein in complex with chemokine CCL3 / Chemokine binding protein-Chemokine complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Chemokine receptors bind chemokines / lymphocyte chemotaxis / granulocyte chemotaxis / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / astrocyte cell migration / eosinophil degranulation / regulation of sensory perception of pain / signaling / cell activation / T cell chemotaxis ...Chemokine receptors bind chemokines / lymphocyte chemotaxis / granulocyte chemotaxis / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / astrocyte cell migration / eosinophil degranulation / regulation of sensory perception of pain / signaling / cell activation / T cell chemotaxis / eosinophil chemotaxis / positive regulation of calcium ion transport / response to cholesterol / positive regulation of osteoclast differentiation / chemokine activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / phospholipase activator activity / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / exocytosis / negative regulation of osteoclast differentiation / monocyte chemotaxis / negative regulation by host of viral transcription / cytoskeleton organization / neutrophil chemotaxis / positive regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of interleukin-1 beta production / calcium-mediated signaling / response to toxic substance / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of inflammatory response / chemotaxis / calcium ion transport / positive regulation of tumor necrosis factor production / osteoblast differentiation / kinase activity / positive regulation of neuron apoptotic process / cell-cell signaling / regulation of cell shape / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / protein phosphorylation / inflammatory response / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Lubman, O.Y. / Fremont, D.H. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Parallel Evolution of Chemokine Binding by Structurally Related Herpesvirus Decoy Receptors. 著者: Lubman, O.Y. / Fremont, D.H. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 187.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 148.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | dimer according to multi-angle static light scattering |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47388.625 Da / 分子数: 2 / 変異: K333D, R335E, R336E, K337D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: RHVP-L.R17, RHVP.R17 / Cell (発現宿主): endothelial / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Mammalian expression vector pBGSA (その他) / 参照: UniProt: E9M5R0 #2: タンパク質 | 分子量: 7982.065 Da / 分子数: 2 / 変異: D27A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 糖 | ChemComp-NAG / Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15-20% PEG 3350 0.2-0.4M MgFormate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月13日 | |||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||
反射 | 解像度: 2.761→50 Å / Num. obs: 26825 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 7.4 | |||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4ZKQ and 2X6G 解像度: 3→49.247 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.94 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→49.247 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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