PDB-4zlc: Crystal structure of the ROQ domain of human Roquin-2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zlc

タイトル

Crystal structure of the ROQ domain of human Roquin-2

要素

Roquin-2

キーワード

RNA BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of miRNA metabolic process / T follicular helper cell differentiation / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / limb development / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / lung alveolus development / T cell homeostasis / B cell homeostasis / lymph node development / T cell proliferation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Sakurai, S. / Ohto, U. / Shimizu, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structure of human Roquin-2 and its complex with constitutive-decay element RNA
著者: Sakurai, S. / Ohto, U. / Shimizu, T.

履歴

登録	2015年5月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月19日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zlc.cif.gz	243.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zlc.ent.gz	199.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zlc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/4zlc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/4zlc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zldC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4qi0-1 4ulw-2 1a1l-d 2m63-d 1tlq-d 3vz8-1 1jk1-d 2crw-d 5ys0-1 1437 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (4) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Roquin-2

B: Roquin-2

C: Roquin-2

D: Roquin-2

70.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Roquin-2

登録者が定義した集合体
17.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Roquin-2

登録者が定義した集合体
17.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Roquin-2

登録者が定義した集合体
17.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Roquin-2

登録者が定義した集合体
17.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.760, 60.868, 169.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	PRO	PRO	A	A	173 - 324	3 - 154
2	1	PRO	PRO	PRO	PRO	B	B	173 - 324	3 - 154
1	2	SER	SER	GLN	GLN	A	A	177 - 322	7 - 152
2	2	SER	SER	GLN	GLN	C	C	177 - 322	7 - 152
1	3	GLN	GLN	LYS	LYS	A	A	171 - 320	1 - 150
2	3	GLN	GLN	LYS	LYS	D	D	171 - 320	1 - 150
1	4	SER	SER	GLN	GLN	B	B	177 - 322	7 - 152
2	4	SER	SER	GLN	GLN	C	C	177 - 322	7 - 152
1	5	PRO	PRO	LYS	LYS	B	B	173 - 320	3 - 150
2	5	PRO	PRO	LYS	LYS	D	D	173 - 320	3 - 150
1	6	SER	SER	LYS	LYS	C	C	177 - 320	7 - 150
2	6	SER	SER	LYS	LYS	D	D	177 - 320	7 - 150

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Roquin-2 / Membrane-associated nucleic acid-binding protein / RING finger and CCCH-type zinc finger domain- ...Membrane-associated nucleic acid-binding protein / RING finger and CCCH-type zinc finger domain-containing protein 2 / RING finger protein 164 分子量: 17593.250 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 171-325 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RC3H2, MNAB, RNF164 / プラスミド: pGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9HBD1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Roquin-2 / Membrane-associated nucleic acid-binding protein / RING finger and CCCH-type zinc finger domain- ...

分子量: 17593.250 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 171-325 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RC3H2, MNAB, RNF164 / プラスミド: pGEX6P-1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9HBD1

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 15% PEG6000, 100 mM Hepes, 100 mM KCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 17819 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 12.3 % / R_sym value: 0.169 / Net I/σ(I): 14.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 2.7→49.438 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 31.751 / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.381 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26009	910	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2241	-	-	-
obs	0.22596	16909	99.05 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.336 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.37 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.86 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.438 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4748	0	0	41	4789

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	4833
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	4721
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.43	1.967	6522
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.35	3	10822
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.461	5	602
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.627	23.548	217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.298	15	874
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.29	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	737
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5434
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1114
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.557	2.855	2420
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.558	2.855	2419
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.53	4.277	3018
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.53	4.278	3019
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.847	3.077	2413
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.846	3.077	2414
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.047	4.539	3505
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.612	22.519	5456
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.611	22.52	5455
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	9283	0.09
1	2	B	9283	0.09
2	1	A	8197	0.11
2	2	C	8197	0.11
3	1	A	8553	0.11
3	2	D	8553	0.11
4	1	B	8333	0.1
4	2	C	8333	0.1
5	1	B	8599	0.11
5	2	D	8599	0.11
6	1	C	7993	0.11
6	2	D	7993	0.11

LS精密化シェル

解像度: 2.699→2.769 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	75	-
R_work	0.302	1184	-
obs	-	-	94.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7755	-0.4333	-0.6118	1.7937	0.4799	2.91	0.1376	0.017	-0.0311	0.0682	-0.1125	-0.267	-0.0023	0.0242	-0.0251	0.0539	-0.0314	-0.0507	0.0687	0.086	0.2725	0.9577	1.4514	-0.2834
2	0.3755	0.0286	0.3153	1.9474	0.1992	2.2149	0.1585	0.0121	0.0006	0.0792	-0.0809	-0.1506	-0.0887	-0.0749	-0.0776	0.0964	0.0241	0.004	0.1421	0.0893	0.3065	0.8787	-30.2323	1.747
3	2.5927	-0.34	-0.3324	1.3617	-1.3013	2.4936	0.2221	0.4335	0.2002	-0.2674	-0.0838	0.2579	-0.2065	-0.184	-0.1383	0.3455	0.1713	-0.0519	0.1494	0.0476	0.1455	-3.5609	-25.8926	-33.6307
4	2.4328	-0.5824	-0.1978	0.9224	-0.9475	3.1849	-0.0742	-0.3386	-0.1138	0.321	0.0275	-0.0819	0.2327	0.0162	0.0467	0.3471	-0.0632	-0.0769	0.0871	0.0084	0.0866	-7.0779	-2.1058	35.335

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	171 - 325
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	173 - 325
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	177 - 323
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	171 - 321

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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