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- PDB-4zkt: Crystal structure of the progenitor M complex of Clostridium botu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zkt
タイトルCrystal structure of the progenitor M complex of Clostridium botulinum type E neurotoxin
要素
  • Bontoxilysin A
  • Botulinum neurotoxin type E, nontoxic-nonhemagglutinin component, NTNH
キーワードHydrolase/Toxin / BoNT/E-NTNHE hetero-dimer / acidic cluster / domain swap / progenitor complex / Hydrolase-Toxin complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of neurotransmitter secretion / bontoxilysin / : / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Nontoxic nonhaemagglutinin C-terminal / Nontoxic nonhaemagglutinin C-terminal / Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain / Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain / Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease ...Nontoxic nonhaemagglutinin C-terminal / Nontoxic nonhaemagglutinin C-terminal / Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain / Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain / Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bontoxilysin A / Botulinum neurotoxin type E, nontoxic-nonhemagglutinin component, NTNH / : / :
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Eswaramoorthy, S. / Swaminathan, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA) 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Molecular Assembly of Clostridium botulinum progenitor M complex of type E.
著者: Eswaramoorthy, S. / Sun, J. / Li, H. / Singh, B.R. / Swaminathan, S.
履歴
登録2015年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bontoxilysin A
C: Bontoxilysin A
E: Bontoxilysin A
B: Botulinum neurotoxin type E, nontoxic-nonhemagglutinin component, NTNH
D: Botulinum neurotoxin type E, nontoxic-nonhemagglutinin component, NTNH
F: Botulinum neurotoxin type E, nontoxic-nonhemagglutinin component, NTNH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)843,0279
ポリマ－842,8316
非ポリマー1963
水00
1
A: Bontoxilysin A
B: Botulinum neurotoxin type E, nontoxic-nonhemagglutinin component, NTNH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)281,0093
ポリマ－280,9442
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6920 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area101440 Å2
手法PISA
2
C: Bontoxilysin A
D: Botulinum neurotoxin type E, nontoxic-nonhemagglutinin component, NTNH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)281,0093
ポリマ－280,9442
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6980 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area101360 Å2
手法PISA
3
E: Bontoxilysin A
F: Botulinum neurotoxin type E, nontoxic-nonhemagglutinin component, NTNH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)281,0093
ポリマ－280,9442
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7180 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area101180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)192.601, 192.601, 286.538
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13C
23E
14B
24D
15B
25F
16D
26F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROLYSLYSAA2 - 12522 - 1252
21PROPROLYSLYSCB2 - 12522 - 1252
12PROPROLYSLYSAA2 - 12522 - 1252
22PROPROLYSLYSEC2 - 12522 - 1252
13PROPROLYSLYSCB2 - 12522 - 1252
23PROPROLYSLYSEC2 - 12522 - 1252
14LYSLYSLEULEUBD2 - 11602 - 1160
24LYSLYSLEULEUDE2 - 11602 - 1160
15LYSLYSLEULEUBD2 - 11602 - 1160
25LYSLYSLEULEUFF2 - 11602 - 1160
16LYSLYSLEULEUDE2 - 11602 - 1160
26LYSLYSLEULEUFF2 - 11602 - 1160

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質 Bontoxilysin A


分子量: 143990.359 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Clostridium botulinum (strain Alaska E43 / Type E3) (ボツリヌス菌)
株: Alaska E43 / Type E3
参照: UniProt: B2V3U7, UniProt: A0A0X1KH89*PLUS, bontoxilysin
#2: タンパク質 Botulinum neurotoxin type E, nontoxic-nonhemagglutinin component, NTNH


分子量: 136953.344 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Clostridium botulinum (strain Alaska E43 / Type E3) (ボツリヌス菌)
株: Alaska E43 / Type E3 / 参照: UniProt: B2V3U8, UniProt: A0A0X1KH90*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 % / 解説: Three hetero-dimers per asymmetric unit
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 5.0ul sample was equilibrated against 600ul of 6 - 8% PEG 4000 and 0.1M sodium acetate of pH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 165586 / % possible obs: 69.8 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 110.6 Å2 / Net I/σ(I): 2.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FFZ, 3V0A

3ffz

3v0a


解像度: 3.05→49.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 38.792 / SU ML: 0.597 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.762 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32083 1334 1 %RANDOM
Rwork0.24338 ---
obs0.24415 133607 59.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 134.999 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.03 Å21.03 Å20 Å2
2--1.03 Å20 Å2
3----3.33 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.05→49.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数56949 0 3 0 56952
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0258077
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0254825
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4381.94378768
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.943125793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.84156987
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.4225.9622994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.7341510098
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.00115150
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.28820
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0266846
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.0213842
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it12.4912.48428128
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other12.48812.48428127
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it19.91418.63435055
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other19.91418.63435056
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it12.95814.20329949
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other12.95714.20329950
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other21.83120.70443714
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined30.73170663
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other30.73170664
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.01 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A78703
12C78703
21A78715
22E78715
31C78710
32E78710
41B70289
42D70289
51B70269
52F70269
61D70301
62F70301
LS精密化 シェル解像度: 3.05→3.133 Å
Rfactor反射数%反射
Rwork0.673 3 -
Rfree-0 -
obs--0.02 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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