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万見
- PDB-4zkl: Crystal structure of human histidine triad nucleotide-binding pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zkl
タイトルCrystal structure of human histidine triad nucleotide-binding protein 1 (hHINT1) complexed with JB419 (AP4A analog)
要素Histidine triad nucleotide-binding protein 1
キーワードHYDROLASE / HINT / HIT / Phosphoramidase / Complex / AP4A analog
機能・相同性
機能・相同性情報


purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / histone deacetylase complex / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity ...purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / histone deacetylase complex / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein kinase C binding / cytoskeleton / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / hydrolase activity / nucleotide binding / regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / proteolysis / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histidine triad (HIT) protein / HIT domain / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT domain profile. / HIT-like domain / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Chem-JB6 / Adenosine 5'-monophosphoramidase HINT1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Dolot, R.M. / Kaczmarek, R. / Seda, A. / Krakowiak, A. / Baraniak, J. / Nawrot, B.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2016
タイトル: Crystallographic studies of the complex of human HINT1 protein with a non-hydrolyzable analog of Ap4A.
著者: Dolot, R. / Kaczmarek, R. / Seda, A. / Krakowiak, A. / Baraniak, J. / Nawrot, B.
履歴
登録2015年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Histidine triad nucleotide-binding protein 1
B: Histidine triad nucleotide-binding protein 1
C: Histidine triad nucleotide-binding protein 1
D: Histidine triad nucleotide-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7877
ポリマ－55,2964
非ポリマー1,4913
水3,495194
1
A: Histidine triad nucleotide-binding protein 1
B: Histidine triad nucleotide-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7924
ポリマ－27,6482
非ポリマー1,1442
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area9910 Å2
手法PISA
2
C: Histidine triad nucleotide-binding protein 1
D: Histidine triad nucleotide-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9953
ポリマ－27,6482
非ポリマー3471
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area9720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.714, 46.419, 103.413
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROAA15 - 12515 - 125
21PROPROBB15 - 12515 - 125
12GLYGLYAA15 - 12615 - 126
22GLYGLYCC15 - 12615 - 126
13PROPROAA15 - 12515 - 125
23PROPRODD15 - 12515 - 125
14PROPROBB15 - 12515 - 125
24PROPROCC15 - 12515 - 125
15PROPROBB14 - 12514 - 125
25PROPRODD14 - 12514 - 125
16PROPROCC15 - 12515 - 125
26PROPRODD15 - 12515 - 125

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Histidine triad nucleotide-binding protein 1 / Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting ...Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting protein 1 / PKCI-1


分子量: 13823.931 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-126 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HINT1, HINT, PKCI1, PRKCNH1 / プラスミド: pSGA02 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P49773, 加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-JB6 / (2R,3R,4S,5R)-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-[2-[[(2S)-3-[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-sulfanyl-phosphoryl]oxy-2-oxidanyl-propoxy]-sulfanyl-phosphoryl]oxyethyl]oxolane-3,4-diol


分子量: 796.663 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H34N10O13P2S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.45 % / 解説: plates
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 19% w/v PEG4000, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9669 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月14日
放射モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9669 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→102.55 Å / Num. obs: 25059 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 36.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.34→2.42 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.692 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TW2

3tw2


解像度: 2.34→102.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 21.98 / SU ML: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.297 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23907 1222 4.9 %RANDOM
Rwork0.18642 ---
obs0.189 23826 97.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.124 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.12 Å2-0 Å20.19 Å2
2---4.22 Å2-0 Å2
3---1.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→102.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3495 0 97 194 3786
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0193705
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0130.023537
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1621.9845018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.91738176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8995451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.92424.013157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.1215624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6231517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0214095
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02830
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3922.6541810
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3922.6531809
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0883.9632259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0873.9642260
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5673.0251895
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5673.0251895
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.334.462760
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.23422.5084133
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.23322.524134
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A127980.08
12B127980.08
21A131280.07
22C131280.07
31A126280.1
32D126280.1
41B128000.08
42C128000.08
51B127240.11
52D127240.11
61C127180.09
62D127180.09
LS精密化 シェル解像度: 2.34→2.401 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.412 89 -
Rwork0.336 1774 -
obs--98.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5177-0.15530.42182.58030.01670.4080.0458-0.01970.1360.3373-0.05720.0710.00130.05350.01140.1131-0.00570.05140.2254-0.0250.735.5302-0.67244.1943
22.57970.765-0.03862.8175-0.17110.97030.13820.00750.00620.2403-0.0645-0.27410.02850.0361-0.07370.0833-0.0002-0.00620.2131-0.00910.727623.8975-1.23056.1359
31.3724-0.1365-0.73171.9582-1.32643.4605-0.0750.1124-0.03020.1057-0.0083-0.00020.1658-0.06560.08330.7197-0.02370.00780.0115-0.02860.368225.4825-12.484344.3633
42.3748-0.4197-0.03152.460.51233.75220.17310.1649-0.09840.08-0.1039-0.26750.1630.441-0.06920.51820.0529-0.01460.07390.01680.301535.5449-11.857128.8197
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A17 - 126
2X-RAY DIFFRACTION2B17 - 126
3X-RAY DIFFRACTION3C17 - 126
4X-RAY DIFFRACTION4D17 - 126

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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