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- PDB-4zkj: Crystal structure of CRISPR-associated protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zkj
タイトルCrystal structure of CRISPR-associated protein
要素CRISPR-associated protein Cas1
キーワードUNKNOWN FUNCTION / CRISPR / Cas
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Cas1, NMENI subtype / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR associated protein Cas1
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated endonuclease Cas1
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes M1 476 (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Ka, D. / Bae, E.
資金援助 韓国, 3件
組織認可番号国
Rural Development AdministrationPJ009781 韓国
National Research Foundation2013R1A1A2010018 韓国
Rural Development AdministrationPJ01111201 韓国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Streptococcus pyogenes Cas1 and Its Interaction with Csn2 in the Type II CRISPR-Cas System
著者: Ka, D. / Lee, H. / Jung, Y.D. / Kim, K. / Seok, C. / Suh, N. / Bae, E.
履歴
登録2015年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月20日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated protein Cas1
B: CRISPR-associated protein Cas1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7278
ポリマ－68,1752
非ポリマー5536
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7210 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area23110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.205, 95.205, 210.843
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 289 / Label seq-ID: 4 - 291

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated protein Cas1


分子量: 34087.445 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-289 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes M1 476 (化膿レンサ球菌)
遺伝子: cas1, M1GAS476_0831 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: J7M1H5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.6/0.6M Na/KH2PO4, 27% (w/v) glycerol and 130 mM HEPES pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 579853 / Num. obs: 579520 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 21.25
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.657 / Mean I/σ(I) obs: 3.97 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.25→35.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 10.429 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21129 1961 3.8 %RANDOM
Rwork0.18185 ---
obs0.18295 546373 97.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 70.034 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20.18 Å20 Å2
2--0.37 Å20 Å2
3----1.19 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.25→35.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4657 0 36 249 4942
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0194793
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024570
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.761.9696467
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.429310506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.915570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.25124.279229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.31115794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8231523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2719
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025347
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.021150
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9214.6112289
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.94.612288
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.3416.8982856
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.3426.8992857
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.665.2122504
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.665.2122504
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.1447.5663612
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.83437.9575585
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.84137.8195520
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 16250 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.19 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.309 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 133 -
Rwork0.242 3446 -
obs--92.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1796-0.1908-0.05240.29570.10280.1202-0.04440.0108-0.10130.01690.0965-0.0387-0.0891-0.0177-0.05210.12260.01820.0340.2674-0.11720.352765.477255.598476.4031
20.0448-0.1126-0.01480.450.12910.2777-0.0421-0.0454-0.070.12030.0750.0153-0.031-0.0581-0.03290.13580.05840.0370.3140.01840.296152.430649.169895.2881
30.1122-0.0735-0.03870.28590.09740.1658-0.02980.0275-0.11370.05790.0666-0.0315-0.0827-0.0432-0.03680.10510.03380.01610.2634-0.07090.319566.76852.19274.968
41.5299-1.6149-0.71981.71960.76520.3406-0.4146-0.2054-0.24510.39430.29630.27050.17920.12580.11820.2324-0.17280.03370.46040.0970.06561.69343.475782.8998
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 83
2X-RAY DIFFRACTION1A88 - 289
3X-RAY DIFFRACTION2B2 - 289
4X-RAY DIFFRACTION3A401 - 494
5X-RAY DIFFRACTION4A301 - 302
6X-RAY DIFFRACTION4B301 - 304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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