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- PDB-4zkb: The chemokine binding protein of orf virus complexed with CCL3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zkb
タイトルThe chemokine binding protein of orf virus complexed with CCL3
要素
  • C-C motif chemokine 3
  • Chemokine binding protein
キーワードViral Protein/cytokine / Complex / Orf chemokine binding protein / CCL3 / Viral Protein-cytokine complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lymphocyte chemotaxis / granulocyte chemotaxis / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of microglial cell migration / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / regulation of behavior / astrocyte cell migration / CCR5 chemokine receptor binding / eosinophil degranulation / regulation of sensory perception of pain ...lymphocyte chemotaxis / granulocyte chemotaxis / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of microglial cell migration / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / regulation of behavior / astrocyte cell migration / CCR5 chemokine receptor binding / eosinophil degranulation / regulation of sensory perception of pain / CCR chemokine receptor binding / negative regulation of bone mineralization / signaling / positive regulation of microglial cell activation / cell activation / chemokine-mediated signaling pathway / T cell chemotaxis / eosinophil chemotaxis / positive regulation of calcium ion transport / response to cholesterol / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / phospholipase activator activity / positive regulation of calcium ion import / chemoattractant activity / exocytosis / macrophage chemotaxis / negative regulation of osteoclast differentiation / Interleukin-10 signaling / monocyte chemotaxis / cellular response to interleukin-1 / host-mediated suppression of viral transcription / cytoskeleton organization / neutrophil chemotaxis / positive regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of interleukin-1 beta production / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / cellular response to type II interferon / response to toxic substance / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of inflammatory response / chemotaxis / osteoblast differentiation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of tumor necrosis factor production / calcium ion transport / positive regulation of neuron apoptotic process / kinase activity / MAPK cascade / cellular response to tumor necrosis factor / cell-cell signaling / regulation of cell shape / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / inflammatory response / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Major secreted virus protein, 35kDa / Poxvirus chemokine inhibitor superfamily / Viral chemokine binding protein / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like ...Major secreted virus protein, 35kDa / Poxvirus chemokine inhibitor superfamily / Viral chemokine binding protein / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 3 / Chemokine binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Orf virus (オルフウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Knapp, K.M. / Nakatani, Y. / Krause, K.L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structures of Orf Virus Chemokine Binding Protein in Complex with Host Chemokines Reveal Clues to Broad Binding Specificity.
著者: Counago, R.M. / Knapp, K.M. / Nakatani, Y. / Fleming, S.B. / Corbett, M. / Wise, L.M. / Mercer, A.A. / Krause, K.L.
履歴
登録2015年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月15日Group: Database references
改定 1.22018年6月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct.title / _struct_keywords.text
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id / _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id / _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chemokine binding protein
B: C-C motif chemokine 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9374
ポリマ－38,9262
非ポリマー1,0112
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area13080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.000, 78.000, 186.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Chemokine binding protein


分子量: 30374.613 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 17-286 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Orf virus (strain NZ2) (ウイルス)
プラスミド: PTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2F862
#2: タンパク質 C-C motif chemokine 3 / G0/G1 switch regulatory protein 19-1 / Macrophage inflammatory protein 1-alpha / MIP-1-alpha / PAT ...G0/G1 switch regulatory protein 19-1 / Macrophage inflammatory protein 1-alpha / MIP-1-alpha / PAT 464.1 / SIS-beta / Small-inducible cytokine A3 / Tonsillar lymphocyte LD78 alpha protein


分子量: 8551.468 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-92 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL3, G0S19-1, MIP1A, SCYA3 / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10147
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.16 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate pH5.6, 2.0M ammonium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 93.2 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→47.44 Å / Num. obs: 13416 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.757 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P5I

4p5i


解像度: 2.9→47.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.837 / SU B: 41.375 / SU ML: 0.353 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.492 / ESU R Free: 0.372 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32302 692 5.2 %RANDOM
Rwork0.26769 ---
obs0.27041 12641 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 78.862 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.08 Å20 Å20 Å2
2--2.08 Å20 Å2
3----4.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1852 0 67 0 1919
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0191959
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021675
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4442.0042684
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79533811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4845262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.42624.32867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.64915241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.997159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212247
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02406
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5874.3021063
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5874.31062
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6356.4491320
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6346.4511321
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6594.73896
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6574.731897
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2857.0121364
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.33536.5412176
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.33436.5522177
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.424 53 -
Rwork0.375 902 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.09540.3791-1.1722.4897-1.01957.99930.0397-0.43710.0142-0.1541-0.02690.4306-0.1817-0.6727-0.01280.02730.0475-0.03040.3164-0.00450.0789-27.4148-13.671512.0863
26.69211.6936-2.04565.70280.5487.79060.1814-1.01551.14180.2215-0.6392-0.1688-1.6641-0.15580.45780.89620.1602-0.07280.7882-0.20880.4088-24.61065.482619.8154
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 269
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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