PDB-4zka: High Resolution Crystal Structure of Fox1 RRM

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zka

タイトル

High Resolution Crystal Structure of Fox1 RRM

要素

RNA binding protein fox-1 homolog 1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / RRM RNA Binding

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA transport / nuclear stress granule / MECP2 regulates transcription factors / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / RNA splicing / trans-Golgi network / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / nervous system development / mRNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Blatter, M. / Allain, F.H.-T.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: High Resolution Crystal Structure of Fox1 RRM
著者: Blatter, M. / Allain, F.H.-T.

履歴

登録	2015年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zka.cif.gz	305.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zka.ent.gz	256.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zka.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zka_validation.pdf.gz	498.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zka_full_validation.pdf.gz	502.5 KB	表示
XML形式データ	4zka_validation.xml.gz	24.7 KB	表示
CIF形式データ	4zka_validation.cif.gz	34.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/4zka ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/4zka	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1oq3-d 5inz-d 2fn5-d 3h8m-2 1u4a-d 4lwt-d 3ax3-3 2dog-d 3mdf-1 4j9f-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RNA binding protein fox-1 homolog 1

B: RNA binding protein fox-1 homolog 1

C: RNA binding protein fox-1 homolog 1

D: RNA binding protein fox-1 homolog 1

E: RNA binding protein fox-1 homolog 1

F: RNA binding protein fox-1 homolog 1

ヘテロ分子

70.2 kDa, 6 ポリマー
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1

A: RNA binding protein fox-1 homolog 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: RNA binding protein fox-1 homolog 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: RNA binding protein fox-1 homolog 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: RNA binding protein fox-1 homolog 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.7 kDa, 1 ポリマー
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5

E: RNA binding protein fox-1 homolog 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.7 kDa, 1 ポリマー
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6

F: RNA binding protein fox-1 homolog 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.980, 77.617, 106.386
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.99, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	RNA binding protein fox-1 homolog 1 / Ataxin-2-binding protein 1 / Fox-1 homolog A / Hexaribonucleotide-binding protein 1 分子量: 11417.867 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 109-208 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBFOX1, A2BP, A2BP1, FOX1, HRNBP1 / プラスミド: pTYB11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NWB1
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID 分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 3350 12.5%w/v PEG 1000 12.5%w/v NPS 6.6% MPD 12.5%w/v MES 0.1M, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→45.41 Å / Num. obs: 50898 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / R_merge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 4.02 / Num. measured obs: 26029 / Num. unique all: 7510 / CC_1/2: 0.876 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8_1069	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
MR-Rosetta		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→45.407 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.92 / 位相誤差: 23.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2265	3735	3.9 %
R_work	0.1938	-	-
obs	0.1951	50885	93.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.407 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3908	0	96	331	4335

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4102
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.112	5492
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.348	1581
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	553
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	731

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8228	0.3013	138	0.2821	3277	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8228-1.8468	0.3028	117	0.281	3398	X-RAY DIFFRACTION	91
1.8468-1.8721	0.3279	161	0.2548	3354	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8721-1.8988	0.2974	112	0.2495	3443	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8988-1.9272	0.2727	146	0.2346	3543	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9272-1.9573	0.3121	142	0.2213	3367	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9573-1.9894	0.2951	140	0.2227	3487	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9894-2.0237	0.2677	137	0.2107	3422	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0237-2.0605	0.2356	140	0.2073	3494	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0605-2.1001	0.2797	111	0.1991	3413	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1001-2.143	0.2342	185	0.1943	3408	X-RAY DIFFRACTION	95
2.143-2.1896	0.2544	122	0.1901	3474	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1896-2.2405	0.266	135	0.194	3374	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2405-2.2965	0.2301	148	0.178	3449	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2965-2.3586	0.2154	125	0.1765	3540	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3586-2.428	0.2267	156	0.1822	3368	X-RAY DIFFRACTION	95
2.428-2.5064	0.2393	140	0.1845	3448	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5064-2.5959	0.2618	143	0.1861	3463	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5959-2.6999	0.2144	150	0.1923	3355	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6999-2.8227	0.22	121	0.1971	3351	X-RAY DIFFRACTION	93
2.8227-2.9715	0.2353	153	0.1985	3358	X-RAY DIFFRACTION	92
2.9715-3.1577	0.2461	132	0.1906	3375	X-RAY DIFFRACTION	93
3.1577-3.4014	0.2056	136	0.1916	3325	X-RAY DIFFRACTION	92
3.4014-3.7435	0.2003	125	0.1747	3382	X-RAY DIFFRACTION	92
3.7435-4.2849	0.2006	135	0.1703	3276	X-RAY DIFFRACTION	90
4.2849-5.3971	0.1549	149	0.1696	3365	X-RAY DIFFRACTION	94
5.3971-45.4216	0.2257	136	0.219	3456	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 49.3479 Å / Origin y: 7.0787 Å / Origin z: 26.6213 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.171 Å²	0.0074 Å²	-0.0292 Å²	-	0.0938 Å²	0.0059 Å²	-	-	0.1531 Å²
L	0.1281 °²	0.0075 °²	0.2197 °²	-	-0.0295 °²	0.0793 °²	-	-	0.4711 °²
S	0.0133 Å °	0.0176 Å °	-0.0016 Å °	0.0262 Å °	0.0009 Å °	-0.0109 Å °	0.0027 Å °	0.0311 Å °	-0.0154 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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