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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zjl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of AcrB in complex with antibiotic in P21 space group | ||||||
要素 | Multidrug efflux pump subunit AcrB | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / periplasmic side of plasma membrane / bile acid transmembrane transporter activity / bile acid and bile salt transport / xenobiotic transport ...alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / periplasmic side of plasma membrane / bile acid transmembrane transporter activity / bile acid and bile salt transport / xenobiotic transport / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / fatty acid transport / response to toxic substance / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.47 Å | ||||||
データ登録者 | Ababou, A. / Koronakis, V. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2016 タイトル: Structures of Gate Loop Variants of the AcrB Drug Efflux Pump Bound by Erythromycin Substrate. 著者: Ababou, A. / Koronakis, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4zjl.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4zjl.ent.gz | 958.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4zjl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4zjl_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4zjl_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4zjl_validation.xml.gz | 239.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4zjl_validation.cif.gz | 316.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/4zjl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/4zjl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 113665.180 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31224 #2: 化合物 | #3: 糖 | ChemComp-LMT / #4: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.06 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M MgAc, 10% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.47→108.52 Å / Num. obs: 127313 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.8 % / Net I/σ(I): 6.4 |
反射 シェル | 解像度: 3.47→3.67 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2GIF 解像度: 3.47→19.974 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.81 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.47→19.974 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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