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- PDB-4zij: Crystal structure of E.Coli DsbA in complex with 2-(4-iodophenyls... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zij
タイトルCrystal structure of E.Coli DsbA in complex with 2-(4-iodophenylsulfonamido) benzoic acid
要素Thiol:disulfide interchange protein DsbA
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / DISULFIDE OXIDOREDUCTASE / REDOX PROTEIN / DSBA / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-{[(4-iodophenyl)sulfonyl]amino}benzoic acid / Thiol:disulfide interchange protein DsbA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Vazirani, M. / Ilyichova, O.V. / Scanlon, M.J.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1009785 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)CE0562063 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FT110100925 オーストラリア
引用ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2016
タイトル: Determination of ligand binding modes in weak protein-ligand complexes using sparse NMR data.
著者: Mohanty, B. / Williams, M.L. / Doak, B.C. / Vazirani, M. / Ilyichova, O. / Wang, G. / Bermel, W. / Simpson, J.S. / Chalmers, D.K. / King, G.F. / Mobli, M. / Scanlon, M.J.
履歴
登録2015年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Database references
改定 1.22016年12月7日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5174
ポリマ－42,0522
非ポリマー4652
水6,972387
1
A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4292
ポリマ－21,0261
非ポリマー4031
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0882
ポリマ－21,0261
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.965, 46.982, 62.288
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Thiol:disulfide interchange protein DsbA


分子量: 21025.846 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-207 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEG4
#2: 化合物 ChemComp-SFQ / 2-{[(4-iodophenyl)sulfonyl]amino}benzoic acid


分子量: 403.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H10INO4S
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100-200 mM KBr, 22-27% PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月3日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) water-cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→46.25 Å / Num. obs: 34294 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.78→1.88 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1FVK

1fvk


解像度: 1.78→41.497 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2171 1728 5.04 %Random selection
Rwork0.1735 ---
obs0.1758 34289 99.55 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→41.497 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2907 0 24 387 3318
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063056
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8794157
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4191113
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036455
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004545
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.78-1.83250.26491330.1882605X-RAY DIFFRACTION96
1.8325-1.89160.2691390.20372692X-RAY DIFFRACTION100
1.8916-1.95930.25951580.20822713X-RAY DIFFRACTION100
1.9593-2.03770.23141330.19042682X-RAY DIFFRACTION100
2.0377-2.13040.21481410.18562735X-RAY DIFFRACTION100
2.1304-2.24270.26581400.17812695X-RAY DIFFRACTION100
2.2427-2.38320.23451410.18482724X-RAY DIFFRACTION100
2.3832-2.56720.22911680.18512678X-RAY DIFFRACTION100
2.5672-2.82550.23091450.18482737X-RAY DIFFRACTION100
2.8255-3.23430.22881410.18642735X-RAY DIFFRACTION100
3.2343-4.07430.18491590.15392736X-RAY DIFFRACTION100
4.0743-41.50810.1741300.14382829X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5866-0.1276-0.02263.647-1.02141.70330.07020.10830.1354-0.0103-0.08380.078-0.1412-0.10130.00360.1624-0.04-0.01350.15830.03070.1323-19.435528.782313.825
22.29240.5616-0.17781.665-0.471.1786-0.03990.0629-0.0565-0.07690.07220.0796-0.0222-0.1266-0.02480.1276-0.0219-0.00230.1048-0.02010.0763-20.361519.932717.1251
31.1922-2.59862.67715.767-5.87276.06840.141-0.0105-0.2935-0.6790.02140.34050.3448-0.1579-0.04890.1946-0.0267-0.03530.1209-0.02150.23215.6397-4.17956.0752
43.0457-0.1262-0.94953.24010.74392.97350.1011-0.1708-0.03120.1651-0.1013-0.10560.17460.10580.00030.1064-0.0411-0.01850.12520.00780.11138.026911.519714.5814
52.9071-2.8451-0.18493.13460.06485.47960.2582-0.1111-0.176-0.2268-0.30720.13730.10610.04210.00870.1415-0.04630.00190.1604-0.0160.210811.063115.593412.3175
64.7328-0.0196-0.4061.91810.23141.66490.0501-0.37050.0154-0.0202-0.1093-0.02310.0093-0.01460.05370.1146-0.06860.01950.1433-0.02690.10719.481924.70919.2051
72.5034-0.2702-0.96411.1659-0.66852.04020.0871-0.54860.36160.0902-0.2010.0047-0.3197-0.10450.11010.1463-0.0750.00970.2717-0.1080.188310.448732.116123.1623
84.57683.60282.8914.89132.64371.8878-0.12490.5028-0.0502-0.76330.2999-0.3358-0.57390.4469-0.10450.2549-0.06990.07480.23760.00840.13514.614624.55495.3953
93.5385-1.2547-0.02244.1609-0.41553.28480.1473-0.1532-0.41610.3707-0.14040.02660.2515-0.0841-0.00870.2008-0.0862-0.03470.15630.00010.16416.63712.808212.0064
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:65 )A1 - 65
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 66:188 )A66 - 188
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 1:11 )B1 - 11
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 12:49 )B12 - 49
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 50:65 )B50 - 65
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 66:97 )B66 - 97
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 98:128 )B98 - 128
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 129:144 )B129 - 144
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 145:188 )B145 - 188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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